| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | REL606 | 3,894,997 | Δ6,934 bp | IS150‑mediated | rbsD–[yieO] | rbsD, rbsA, rbsC, rbsB, rbsK, rbsR, [yieO] |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | REL606 | 3893578–3894995 | 3901930 | 6936–8353 | 16 [14] | [1] 40 | insJ‑5–[yieO] | insJ‑5, insK‑5, rbsD, rbsA, rbsC, rbsB, rbsK, rbsR, [yieO] |
| New junction evidence | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 3894996 | NA (NA) | 34 (0.680) | 23/64 | 0.8 | noncoding (1443/1443 nt) | IS150 | repeat region |
| ? | REL606 | 3901931 = | 1 (0.020) | coding (489/1428 nt) | yieO | predicted multidrug or homocysteine efflux system | ||||
CTATGGGGATATTGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGG > REL606/3901897‑3901966
|
gtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacagg < 1:3831686‑M2/2‑1 (MQ=255)
gtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacagg < 1:6955034‑M2/2‑1 (MQ=255)
tttttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt < 1:4247111‑M2/3‑1 (MQ=255)
taactgtccaactttttggggtcggtacaGGTTGcc < 1:5130190‑M2/7‑1 (MQ=255)
aactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGccc > 1:3926955‑M2/29‑36 (MQ=255)
aactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGccc > 1:7481372‑M2/29‑36 (MQ=255)
aactgtccaactttttgcggtcagtacaGGTTGccc > 1:4034641‑M2/29‑36 (MQ=255)
actgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCa < 1:1658625‑M2/9‑1 (MQ=255)
tccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg < 1:2228018‑M2/13‑1 (MQ=255)
ccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGa > 1:6447153‑M2/23‑36 (MQ=255)
aactttttggggtcagtacaGGTTGCCCCGGTGAcc > 1:3417914‑M2/21‑36 (MQ=255)
actttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCa > 1:2205068‑M2/20‑36 (MQ=255)
ctttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAg < 1:203217‑M2/18‑1 (MQ=255)
ctttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAg < 1:2242740‑M2/18‑1 (MQ=255)
ttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCa > 1:2638320‑M2/17‑36 (MQ=255)
ttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGAGACCAGCa > 1:3329157‑M2/17‑36 (MQ=255)
tttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAc > 1:2738077‑M2/16‑36 (MQ=255)
ttggggtcagtataGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcg > 1:7456912‑M2/15‑36 (MQ=255)
ttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCCGCAcg > 1:5447161‑M2/15‑36 (MQ=255)
ttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCCGCAcg > 1:5293304‑M2/15‑36 (MQ=255)
tggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgc > 1:5677896‑M2/14‑36 (MQ=255)
ggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgcc < 1:2078368‑M2/24‑1 (MQ=255)
ggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgcc < 1:1266118‑M2/24‑1 (MQ=255)
ggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgcc < 1:768231‑M2/24‑1 (MQ=255)
gggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgccg > 1:1498292‑M2/12‑36 (MQ=255)
gtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACgcagcc > 1:2400219‑M2/10‑36 (MQ=255)
tcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCa > 1:5588095‑M2/9‑36 (MQ=255)
tcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCa < 1:1217590‑M2/28‑1 (MQ=255)
agtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAg < 1:4928452‑M2/30‑1 (MQ=255)
agtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAg > 1:1819558‑M2/7‑36 (MQ=255)
tacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGaa < 1:2226448‑M2/32‑1 (MQ=255)
agaGGTTGCGCAGGTGACCGGCACGCCGCCAAGAAc < 1:1993256/34‑1 (MQ=21)
acaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAAc < 1:404236‑M2/33‑1 (MQ=255)
acaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAAc > 1:7459675‑M2/4‑36 (MQ=255)
acaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAAc < 1:1221608‑M2/33‑1 (MQ=255)
caGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACg > 1:3403329‑M2/3‑36 (MQ=255)
caGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACg > 1:947199‑M2/3‑36 (MQ=255)
GGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACggg > 1:4434522‑M2/1‑36 (MQ=255)
GGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACggg < 1:6316423‑M2/36‑1 (MQ=255)
GGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACggg > 1:776216‑M2/1‑36 (MQ=255)
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CTATGGGGATATTGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGG > REL606/3901897‑3901966
Base quality scores:
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 10 ≤
ATCG
< 21 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
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