| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | REL606 | 4,275,717 | 57510 bp→GTACA | 100% | [yjcO]–[lysU] | 52 genes [yjcO], fdhF, yjcP, yjcQ, yjcR, yjcS, alsK, alsE, alsC, alsA, alsB, rpiR, rpiB, yjdP, phnP, phnO, phnN, phnM, phnL, phnK, phnJ, phnI, phnH, phnG, phnF, phnE, phnD, phnC, phnB, phnA, yjdA, yjcZ, proP, basS, basR, yjdB, yjdE, adiY, adiA, melR, melA, melB, yjdF, fumB, dcuB, dcuR, dcuS, dcuS, yjdI, yjdJ, yjdK, [lysU] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | REL606 | 4275717 | 4333226 | 57510 | 156 [1] | [0] 158 | [yjcO]–[lysU] | [yjcO],fdhF,yjcP,yjcQ,yjcR,yjcS,alsK,alsE,alsC,alsA,alsB,rpiR,rpiB,yjdP,phnP,phnO,phnN,phnM,phnL,phnK,phnJ,phnI,phnH,phnG,phnF,phnE,phnD,phnC,phnB,phnA,yjdA,yjcZ,proP,basS,basR,yjdB,yjdE,adiY,adiA,melR,melA,melB,yjdF,fumB,dcuB,dcuR,dcuS,dcuS,yjdI,yjdJ,yjdK,[lysU] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 4275716 | 0 (0.000) | 110 (1.330) +GTACA |
57/70 | NT | 100% | coding (232/690 nt) | yjcO | hypothetical protein |
| ? | REL606 | 4333227 = | 0 (0.000) | coding (211/1518 nt) | lysU | lysine tRNA synthetase, inducible | |||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
CGTTACAAAGGAGGCTTTCCCCATGATACGACGGGTCATCATTCGGCCAGCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCGCAT > REL606/4333177‑4333277 | aagaacttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacac > 1:2967250‑M2/51‑51 (MQ=255)aagaacttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacac > 1:647204‑M2/51‑51 (MQ=255) agaacttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaca < 1:6645983‑M2/2‑1 (MQ=255) agaacttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaca < 1:7839180‑M2/2‑1 (MQ=255) agaacttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaca > 1:10906275‑M2/50‑51 (MQ=255) agaacttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaca < 1:6937839‑M2/2‑1 (MQ=255) aacttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAAc < 1:2083963‑M2/4‑1 (MQ=255) acttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAAcc < 1:593124‑M2/5‑1 (MQ=255) acttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAAcc < 1:3533057‑M2/5‑1 (MQ=255) acttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAAcc < 1:3955770‑M2/5‑1 (MQ=255) acttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAAcc < 1:3409886‑M2/5‑1 (MQ=255) acttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAAcc < 1:1976008‑M2/5‑1 (MQ=255) cttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCg > 1:3432264‑M2/46‑51 (MQ=255) ttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCga > 1:3982250‑M2/45‑51 (MQ=255) ttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCga < 1:6683112‑M2/7‑1 (MQ=255) ttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCga < 1:4756017‑M2/7‑1 (MQ=255) tttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCgag < 1:7588655‑M2/8‑1 (MQ=255) tttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCgag > 1:271984‑M2/44‑51 (MQ=255) tgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGAc > 1:7056760‑M2/42‑51 (MQ=255) gcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACt > 1:9589603‑M2/41‑51 (MQ=255) gcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACt > 1:3080840‑M2/41‑51 (MQ=255) ttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTc > 1:4344752‑M2/39‑51 (MQ=255) tgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCa < 1:8105989‑M2/14‑1 (MQ=255) tgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCa > 1:10936570‑M2/38‑51 (MQ=255) tgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCa > 1:2563562‑M2/38‑51 (MQ=255) tgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCa > 1:6117134‑M2/38‑51 (MQ=255) tgtggatagtccagactgaccggattggggatgtacaCAACCGAGACTTCa > 1:10250835‑M2/38‑51 (MQ=255) gtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCaa > 1:6205120‑M2/37‑51 (MQ=255) gtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCaa < 1:1763556‑M2/15‑1 (MQ=255) tggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCg < 1:2939127‑M2/6‑1 (MQ=255) tggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGAc < 1:9707807‑M2/10‑1 (MQ=255) tggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACt < 1:5822671‑M2/11‑1 (MQ=255) tggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAAt > 1:2279445‑M2/36‑51 (MQ=255) tggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAAt < 1:10221668‑M2/16‑1 (MQ=255) tggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAAt > 1:8298789‑M2/36‑51 (MQ=255) ggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAAt < 1:7945475‑M2/16‑1 (MQ=255) ggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATg < 1:10314783‑M2/17‑1 (MQ=255) ggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATg < 1:10538043‑M2/17‑1 (MQ=255) gatagcccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCaa < 1:8679574‑M2/15‑1 (MQ=255) atagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGtt < 1:637457‑M2/19‑1 (MQ=255) agtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTa > 1:3561823‑M2/31‑51 (MQ=255) gtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTaa < 1:2489801‑M2/22‑1 (MQ=255) gtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTaa < 1:4501523‑M2/22‑1 (MQ=255) gtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTa > 1:4194934‑M2/30‑50 (MQ=255) tccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAg < 1:3929315‑M2/23‑1 (MQ=255) tccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAg < 1:3634893‑M2/23‑1 (MQ=255) tccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAg < 1:7896863‑M2/23‑1 (MQ=255) ccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAgg < 1:3208645‑M2/24‑1 (MQ=255) ccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAgg < 1:4390189‑M2/24‑1 (MQ=255) ccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAgg < 1:6488666‑M2/24‑1 (MQ=255) cagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGa > 1:10407693‑M2/27‑51 (MQ=255) agactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGAt > 1:10207067‑M2/26‑51 (MQ=255) agactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGAt < 1:1156258‑M2/26‑1 (MQ=255) agactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGAt < 1:4044246‑M2/26‑1 (MQ=255) gactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGAtt > 1:337916‑M2/25‑51 (MQ=255) gactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGAtt < 1:3348739‑M2/27‑1 (MQ=255) gactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGAtt > 1:7492071‑M2/25‑51 (MQ=255) ctgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTcc < 1:2951480‑M2/29‑1 (MQ=255) tgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCa < 1:10373814‑M2/30‑1 (MQ=255) tgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCa > 1:4651118‑M2/22‑51 (MQ=255) tgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCa < 1:1474069‑M2/30‑1 (MQ=255) gaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAg < 1:6579910‑M2/31‑1 (MQ=255) accggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGt > 1:9268189‑M2/20‑51 (MQ=255) ccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGtt < 1:8377898‑M2/33‑1 (MQ=255) ccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGtt > 1:2885496‑M2/19‑51 (MQ=255) cggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTc < 1:96531‑M2/34‑1 (MQ=255) cggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTc > 1:1296451‑M2/18‑51 (MQ=255) cggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTc < 1:3627887‑M2/34‑1 (MQ=255) ggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTcc > 1:9526892‑M2/17‑51 (MQ=255) ggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTcc < 1:5441243‑M2/35‑1 (MQ=255) ggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTcc > 1:8158307‑M2/17‑51 (MQ=255) gattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCt > 1:8940193‑M2/16‑51 (MQ=255) gattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCt > 1:7818193‑M2/16‑51 (MQ=255) gattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCt < 1:8600432‑M2/36‑1 (MQ=255) attggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTg < 1:2494800‑M2/37‑1 (MQ=255) attggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTg > 1:8033790‑M2/15‑51 (MQ=255) ttggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTgg > 1:4753702‑M2/14‑51 (MQ=255) ttggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTgg < 1:6880498‑M2/38‑1 (MQ=255) tggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGt > 1:10650426‑M2/13‑51 (MQ=255) ggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGtt > 1:3310339‑M2/12‑51 (MQ=255) ggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGtt < 1:7136815‑M2/40‑1 (MQ=255) gtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTa > 1:7120167‑M2/11‑51 (MQ=255) gtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTa > 1:1691104‑M2/11‑51 (MQ=255) gtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTa > 1:7208564‑M2/11‑51 (MQ=255) tgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTAt < 1:9039854‑M2/42‑1 (MQ=255) tgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTAt > 1:5234880‑M2/10‑51 (MQ=255) tgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTAt < 1:7238477‑M2/42‑1 (MQ=255) gatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATc > 1:10935184‑M2/9‑51 (MQ=255) gatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATc < 1:6307985‑M2/43‑1 (MQ=255) gtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCtt > 1:7930477‑M2/6‑51 (MQ=255) tacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTc < 1:2555148‑M2/47‑1 (MQ=255) tacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTc > 1:1607962‑M2/5‑51 (MQ=255) tacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTc > 1:3518498‑M2/5‑51 (MQ=255) acaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCg < 1:1611491‑M2/48‑1 (MQ=255) acaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCg > 1:6365967‑M2/4‑51 (MQ=255) acaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCg < 1:3801532‑M2/48‑1 (MQ=255) caCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCGc < 1:3791609‑M2/49‑1 (MQ=255) cAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCGCAt < 1:5561534/51‑1 (MQ=255) cAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCGCAt < 1:9642479/51‑1 (MQ=255) cAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCGCAt > 1:4114828/1‑51 (MQ=255) | CGTTACAAAGGAGGCTTTCCCCATGATACGACGGGTCATCATTCGGCCAGCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCGCAT > REL606/4333177‑4333277 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |