| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | REL606 | 4,275,717 | 57510 bp→GTACA | 100% | [yjcO]–[lysU] | 52 genes [yjcO], fdhF, yjcP, yjcQ, yjcR, yjcS, alsK, alsE, alsC, alsA, alsB, rpiR, rpiB, yjdP, phnP, phnO, phnN, phnM, phnL, phnK, phnJ, phnI, phnH, phnG, phnF, phnE, phnD, phnC, phnB, phnA, yjdA, yjcZ, proP, basS, basR, yjdB, yjdE, adiY, adiA, melR, melA, melB, yjdF, fumB, dcuB, dcuR, dcuS, dcuS, yjdI, yjdJ, yjdK, [lysU] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | REL606 | 4275717 | 4333226 | 57510 | 156 [1] | [0] 158 | [yjcO]–[lysU] | [yjcO],fdhF,yjcP,yjcQ,yjcR,yjcS,alsK,alsE,alsC,alsA,alsB,rpiR,rpiB,yjdP,phnP,phnO,phnN,phnM,phnL,phnK,phnJ,phnI,phnH,phnG,phnF,phnE,phnD,phnC,phnB,phnA,yjdA,yjcZ,proP,basS,basR,yjdB,yjdE,adiY,adiA,melR,melA,melB,yjdF,fumB,dcuB,dcuR,dcuS,dcuS,yjdI,yjdJ,yjdK,[lysU] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 4275716 | 0 (0.000) | 110 (1.330) +GTACA |
57/70 | NT | 100% | coding (232/690 nt) | yjcO | hypothetical protein |
| ? | REL606 | 4333227 = | 0 (0.000) | coding (211/1518 nt) | lysU | lysine tRNA synthetase, inducible | |||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
CTGCAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/4275668‑4275716‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCGCA > REL606/4333227‑4333276 ||||| CTGCAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGT > 1:1554020/1‑51 TGCAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTA > 1:6808281/1‑51 TGCAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTA < 1:2626345/51‑1 GCAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTAC > 1:7330993/1‑51 GCAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTAC > 1:10265535/1‑51 CAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACA > 1:3878911/1‑51 AAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACAC > 1:2967250/1‑51 AAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACAC > 1:647204/1‑51 AGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACA > 1:10906275/1‑51 AGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACA < 1:3401558/51‑1 AGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACA < 1:6645983/51‑1 AGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACA < 1:6735734/51‑1 AGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACA < 1:7839180/51‑1 AGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACA < 1:6937839/51‑1 AGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACA < 1:370742/51‑1 GAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAA > 1:10359429/1‑51 AACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAAC < 1:2083963/51‑1 ACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACC < 1:8013227/51‑1 ACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACC < 1:3533057/51‑1 ACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACC < 1:1976008/51‑1 ACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACC < 1:4245171/51‑1 ACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACC < 1:3409886/51‑1 ACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACC < 1:593124/51‑1 TTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGA < 1:1900692/51‑1 TTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGA > 1:3982250/1‑51 TTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGA < 1:4756017/51‑1 TTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAG > 1:271984/1‑51 TTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAG > 1:3589997/1‑51 TTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAG < 1:6517085/51‑1 TTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAG > 1:395372/1‑51 TGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGAC > 1:9213555/1‑51 GCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACT > 1:3080840/1‑51 TTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTC < 1:8134177/51‑1 TGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCA < 1:8105989/51‑1 TGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCA > 1:2563562/1‑51 TGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCA > 1:6117134/1‑51 TGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCA > 1:10936570/1‑51 TGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGGGATGTACACAACCGAGACTTCA > 1:10250835/1‑51 TGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAAT < 1:10221668/51‑1 TGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAAT > 1:8298789/1‑51 TGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGAC < 1:9707807/45‑1 TGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCG < 1:2939127/41‑1 GATAGCCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAA < 1:8679574/48‑1 ATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTT < 1:637457/51‑1 ATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTT < 1:10632007/51‑1 AGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTA > 1:2366871/1‑51 AGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTA > 1:1048919/1‑51 GTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAA < 1:2489801/51‑1 GTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAA < 1:5967381/51‑1 TCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAG < 1:5353670/51‑1 TCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAG < 1:3929315/51‑1 CCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGG < 1:4390189/51‑1 CAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGA > 1:10407693/1‑51 CAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGA > 1:6238289/1‑51 AGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGAT > 1:10207067/1‑51 AGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGAT < 1:4044246/51‑1 GACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATT < 1:3348739/51‑1 GACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATT > 1:9596955/1‑51 GACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATT > 1:7492071/1‑51 CTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCC < 1:2951480/51‑1 TGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCA > 1:1639582/1‑51 TGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCA > 1:4169365/1‑51 TGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCA > 1:4651118/1‑51 TGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCA < 1:1474069/51‑1 GACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAG > 1:7839798/1‑51 GACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAG < 1:6579910/51‑1 ACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGT > 1:9268189/1‑51 CCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTT < 1:8377898/51‑1 CCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTT > 1:2885496/1‑51 CGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTC < 1:3627887/51‑1 CGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTC > 1:1296451/1‑51 CGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTC < 1:96531/51‑1 GGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCC > 1:3281702/1‑51 GGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCC > 1:9526892/1‑51 GATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCT < 1:2546646/51‑1 GATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCT < 1:8600432/51‑1 GATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCT > 1:8940193/1‑51 TTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGG > 1:4753702/1‑51 TGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGT > 1:4423610/1‑51 GGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTT < 1:3494142/51‑1 GGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTT > 1:3310339/1‑51 GGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTT < 1:7136815/51‑1 GTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTA > 1:1691104/1‑51 GTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTA > 1:7120167/1‑51 GTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTA < 1:8184088/51‑1 TGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTAT > 1:5234880/1‑51 TGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTAT < 1:7238477/51‑1 GATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATC < 1:6307985/51‑1 GATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATC < 1:7030739/51‑1 ATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCC > 1:7925828/1‑51 GTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTT > 1:1145902/1‑51 GTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTT > 1:7930477/1‑51 TACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTC > 1:3518498/1‑51 TACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTC < 1:7183792/51‑1 TACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTC > 1:1607962/1‑51 ACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCG < 1:3801532/51‑1 ACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCG > 1:6365967/1‑51 CACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCGC > 1:7619137/1‑51 ACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCGCA < 1:10930978/51‑1 ACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCGCA < 1:5782850/51‑1 ||||| CTGCAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/4275668‑4275716‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCGCA > REL606/4333227‑4333276 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |