Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
MC JC	REL606	1,974,040	Δ8,273 bp	IS1‑mediated	[yedU]–[yeeI]	[yedU], yedV, yedW, yedX, yedY, yedZ, yodA, yodB, serU, [yeeI]

Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	REL606	1973304–1974039	1982312	8274–9009	34 [32]	[1] 74	insA‑13–[yeeI]	insA‑13,insB‑13,yedU,yedV,yedW,yedX,yedY,yedZ,yodA,yodB,serU,[yeeI]

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	REL606	= 1974039	NA (NA)	73 (0.920)	49/100	0.4	98.7%	noncoding (768/768 nt)	IS1	repeat region
	?	REL606	1982313 =	1 (0.010)					coding (664/798 nt)	yeeI	hypothetical protein

ATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAG  >  REL606/1973253‑1973318                                                   |                aTGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTat                 <  1:2218384/51‑1 (MQ=255) aTGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTat                 >  1:5430837/1‑51 (MQ=255)  tGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatg                >  1:6789311/1‑51 (MQ=255)  tGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatg                >  1:3823259/1‑51 (MQ=255)  tGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatg                >  1:6202686/1‑51 (MQ=255)  tGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatg                >  1:3361546/1‑51 (MQ=255)   gCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatga               <  1:5510753/51‑1 (MQ=255)    ccTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatgat              <  1:4380290/51‑1 (MQ=255)    ccTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatgat              >  1:6426936/1‑51 (MQ=255)    ccTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatgat              >  1:5882385/1‑51 (MQ=255)      tCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATgg            <  1:2755003/51‑1 (MQ=255)      tCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATgg            >  1:2654948/1‑51 (MQ=255)      tCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATgg            >  1:2596263/1‑51 (MQ=255)      tCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATgg            >  1:1994504/1‑51 (MQ=255)      tCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATgg            <  1:4222130/51‑1 (MQ=255)       cACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGgt           <  1:3615168/51‑1 (MQ=255)       cACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGgt           >  1:6452586/1‑51 (MQ=255)        aCCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGgtg          <  1:1429225/51‑1 (MQ=255)        aCCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGgtg          <  1:1027960/51‑1 (MQ=255)         ccGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGgtgt         >  1:3778207/1‑51 (MQ=255)          cnacgaCTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGtt        >  1:824973/1‑51 (MQ=255)          cgacgaCTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGtt        <  1:1988923/51‑1 (MQ=255)          cgacgaCTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGtt        <  1:4614072/51‑1 (MQ=255)           gacgacTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGttt       <  1:4750561/51‑1 (MQ=255)            acgacTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGtttt      <  1:1054757/51‑1 (MQ=255)            acgacTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGtttt      >  1:1633222/1‑51 (MQ=255)             cgacTTTGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGttttt     <  1:6892496/51‑1 (MQ=255)              gacTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTg    >  1:3964334/1‑51 (MQ=40)              gacTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTg    >  1:5271553/1‑51 (MQ=40)               acTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGa   >  1:5268199/1‑51 (MQ=38)               acTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGa   <  1:306530/51‑1 (MQ=38)               acTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGa   >  1:1547097/1‑51 (MQ=38)                cTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAg  <  1:2879646/51‑1 (MQ=35)                cTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAg  <  1:6919198/51‑1 (MQ=35)                                                   |                ATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAG  >  REL606/1973253‑1973318

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑