| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 2,448,493 | IS186 (–) +6 bp | intergenic (+24/+21) | nupC → / ← yfeA | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted diguanylate cyclase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2448493 = | 0 (0.000) | 99 (1.320) | 53/94 | 0.1 | 100% | intergenic (+24/+26) | nupC/yfeA | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted diguanylate cyclase |
| ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region | |||||
| * | ? | REL606 | = 2448498 | 0 (0.000) | 90 (1.200) | 50/94 | 0.2 | 100% | intergenic (+29/+21) | nupC/yfeA | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted diguanylate cyclase |
| ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region | |||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
AATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAAT > REL606/2448448‑2448548 | aaTCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAAtt < 1:3780362/51‑1 (MQ=255) aTCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTc < 1:5100306‑M1/51‑2 (MQ=255) tCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTcc < 1:4266790‑M1/51‑3 (MQ=255) atatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgggATAATTcc > 1:2562081‑M1/44‑51 (MQ=255) atatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgggATAATTcc < 1:275257‑M1/8‑1 (MQ=255) gcagcaCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTccca > 1:2642278‑M1/1‑47 (MQ=255) gcagcaCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTccca > 1:828519‑M1/1‑47 (MQ=255) tcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgggATAATTCCCCg > 1:1326115‑M1/41‑51 (MQ=255) cagcaCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTcccat > 1:5785699‑M1/1‑46 (MQ=255) agcaCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTcccata > 1:4922820‑M1/1‑45 (MQ=255) gcaCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTcccataa < 1:757932‑M1/51‑8 (MQ=255) ggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgggATAATTCCCCGGtt > 1:7056395‑M1/38‑51 (MQ=255) caCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTcccataag > 1:4099086‑M1/1‑43 (MQ=255) caCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTcccataag < 1:7216932‑M1/51‑9 (MQ=255) aCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTcccataagc > 1:5311689‑M1/1‑42 (MQ=255) aCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTcccataagc < 1:6332460‑M1/51‑10 (MQ=255) cTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTcccataagcg > 1:6364190‑M1/1‑41 (MQ=255) tGGTTCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTccca < 1:68866‑M1/44‑5 (MQ=255) tGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTcccataagcgc > 1:1179464‑M1/1‑40 (MQ=255) tGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTcccataagcgc > 1:4535221‑M1/1‑40 (MQ=255) tGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTcccataagcgc > 1:3831840‑M1/1‑40 (MQ=255) gTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTcccataagcgcta < 1:4949841‑M1/51‑14 (MQ=255) gTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTcccataagcgcta < 1:2712740‑M1/51‑14 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |