Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
MC JC	REL606	1,974,040	Δ8,273 bp	100%	IS1‑mediated	[yedU]–[yeeI]	[yedU], yedV, yedW, yedX, yedY, yedZ, yodA, yodB, serU, [yeeI]

Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	REL606	1973302–1974039	1982312	8274–9011	53 [50]	[1] 107	insA‑13–[yeeI]	insA‑13,insB‑13,yedU,yedV,yedW,yedX,yedY,yedZ,yodA,yodB,serU,[yeeI]

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	REL606	= 1974039	NA (NA)	80 (0.840)	50/80	NT	100%	noncoding (768/768 nt)	IS1	repeat region
	?	REL606	1982313 =	0 (0.000)					coding (664/798 nt)	yeeI	hypothetical protein

CGATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAG  >  REL606/1973251‑1973318                                                   |                  cGATGCCTCACCGATGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgtgt                   >  1:8958071/1‑51 (MQ=255) cGATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgtgt                   <  1:2164428/51‑1 (MQ=255) cGATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgtgt                   >  1:2251091/1‑51 (MQ=255)  gATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTa                  >  1:2798737/1‑51 (MQ=255)  gATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTa                  <  1:9656188/51‑1 (MQ=255)  gATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTa                  <  1:1877064/51‑1 (MQ=255)   aTGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTat                 >  1:5430837/1‑51 (MQ=255)   aTGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTat                 >  1:7876905/1‑51 (MQ=255)   aTGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTat                 <  1:2218384/51‑1 (MQ=255)    tGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatg                >  1:3361546/1‑51 (MQ=255)    tGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatg                >  1:3823259/1‑51 (MQ=255)    tGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatg                >  1:6789311/1‑51 (MQ=255)    tGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatg                >  1:7632797/1‑51 (MQ=255)    tGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatg                >  1:6202686/1‑51 (MQ=255)     gCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatga               <  1:5510753/51‑1 (MQ=255)      ccTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatgat              <  1:4380290/51‑1 (MQ=255)      ccTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatgat              >  1:5882385/1‑51 (MQ=255)      ccTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatgat              >  1:6426936/1‑51 (MQ=255)       cTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatgatg             <  1:10412764/51‑1 (MQ=255)       cTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatgatg             <  1:7602535/51‑1 (MQ=255)        tCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATgg            >  1:9977042/1‑51 (MQ=255)        tCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATgg            <  1:4222130/51‑1 (MQ=255)        tCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATgg            <  1:2755003/51‑1 (MQ=255)        tCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATgg            >  1:1994504/1‑51 (MQ=255)        tCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATgg            >  1:2654948/1‑51 (MQ=255)        tCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATgg            >  1:2596263/1‑51 (MQ=255)         cACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGgt           <  1:3615168/51‑1 (MQ=255)         cACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGgt           >  1:6452586/1‑51 (MQ=255)          aCCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGgtg          <  1:1027960/51‑1 (MQ=255)          aCCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGgtg          <  1:1429225/51‑1 (MQ=255)           ccGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGgtgt         >  1:3778207/1‑51 (MQ=255)            cnacgaCTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGtt        >  1:824973/1‑51 (MQ=255)            cgacgaCTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGtt        <  1:1988923/51‑1 (MQ=255)            cgacgaCTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGtt        <  1:4614072/51‑1 (MQ=255)             gacgacTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGttt       >  1:7854336/1‑51 (MQ=255)             gacgacTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGttt       >  1:9945549/1‑51 (MQ=255)             gacgacTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGttt       <  1:4750561/51‑1 (MQ=255)              acgacTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGtttt      >  1:1633222/1‑51 (MQ=255)              acgacTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGtttt      <  1:1054757/51‑1 (MQ=255)               cgacTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGttttt     <  1:10829200/51‑1 (MQ=255)               cgacTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGttttt     >  1:9421720/1‑51 (MQ=255)               cgacTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGttttt     >  1:8260660/1‑51 (MQ=255)               cgacTTTGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGttttt     <  1:6892496/51‑1 (MQ=255)                gacTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTg    >  1:5271553/1‑51 (MQ=40)                gacTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTg    >  1:9248075/1‑51 (MQ=40)                gacTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTg    >  1:3964334/1‑51 (MQ=40)                gacTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTg    >  1:7828368/1‑51 (MQ=40)                 acTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGa   <  1:306530/51‑1 (MQ=38)                 acTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGa   >  1:5268199/1‑51 (MQ=38)                 acTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGa   >  1:1547097/1‑51 (MQ=38)                  cTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAg  <  1:2879646/51‑1 (MQ=35)                  cTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAg  >  1:8887466/1‑51 (MQ=35)                  cTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAg  <  1:6919198/51‑1 (MQ=35)                                                   |                  CGATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAG  >  REL606/1973251‑1973318

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑