New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 2774435 = | NA (NA) | 115 (1.210) | 57/80 | NT | 99.1% | noncoding (1443/1443 nt) | IS150 | repeat region |
? | REL606 | = 2999596 | 1 (0.010) | coding (33/2847 nt) | flu | antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
AAGAAGAGACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCATATAGGT > REL606/2774385‑2774481 | aagaagAGACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGtt > 1:7651139/1‑51 (MQ=255) aagaagAGACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGtt > 1:6395412/1‑51 (MQ=255) aagaagAGACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGtt < 1:10635529/51‑1 (MQ=255) aagaagAGACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGtt < 1:2405509/51‑1 (MQ=255) aagaagAGACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGtt > 1:8499324/1‑51 (MQ=255) gaagaGACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGt < 1:10838678/51‑1 (MQ=255) aagaGACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTa < 1:4759074/51‑1 (MQ=255) aagaGACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTa < 1:2707023/51‑1 (MQ=255) agagACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTAc > 1:716142/1‑51 (MQ=255) agagACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTAc < 1:5334111/51‑1 (MQ=255) agagACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTAc > 1:8431148/1‑51 (MQ=255) agagACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTAc < 1:6773118/51‑1 (MQ=255) agagACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTAc > 1:2337729/1‑51 (MQ=255) agaCTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTg < 1:5721692/51‑1 (MQ=255) agaCTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTg < 1:5460292/51‑1 (MQ=255) aCTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAc > 1:5542942/1‑51 (MQ=255) aCTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAc > 1:2576192/1‑51 (MQ=255) aCTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAc > 1:9603306/1‑51 (MQ=255) cTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAcc > 1:4127258/1‑51 (MQ=255) cTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAcc > 1:4400325/1‑51 (MQ=255) cTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAcc > 1:3895151/1‑51 (MQ=255) cTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAcc > 1:5520896/1‑51 (MQ=255) tAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAccc < 1:8557602/51‑1 (MQ=255) tAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAccc > 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1:6721510/1‑51 (MQ=255) tttGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACa < 1:4034207/51‑1 (MQ=255) tttGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACa < 1:3894673/51‑1 (MQ=255) tttGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACa > 1:8080184/1‑51 (MQ=255) tttGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACa > 1:616195/1‑51 (MQ=255) ttGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCCAAAAGTTGGACAg < 1:4825652/51‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAg > 1:4262876/1‑51 (MQ=255) ttGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAg > 1:10104561/1‑51 (MQ=255) ttGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAg < 1:9125894/51‑1 (MQ=255) tGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAg > 1:190699/1‑50 (MQ=255) tGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGt > 1:645393/1‑51 (MQ=255) tGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGt < 1:8409836/51‑1 (MQ=255) gggTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGtt > 1:9283807/1‑51 (MQ=255) ggTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTa < 1:3859744/51‑1 (MQ=255) ggTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTa < 1:10568029/51‑1 (MQ=255) gTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTaa < 1:10807493/51‑1 (MQ=255) gTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTaa > 1:3629093/1‑51 (MQ=255) ttCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTaaa > 1:3607000/1‑51 (MQ=255) ttCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTaaa < 1:376371/51‑1 (MQ=255) tCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAac < 1:4792728/51‑1 (MQ=255) tCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAac > 1:626252/1‑51 (MQ=255) tCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAac > 1:9431299/1‑51 (MQ=255) tCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAac > 1:5348125/1‑51 (MQ=255) cGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAaca < 1:3285349/51‑1 (MQ=255) cGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAaca < 1:1258096/51‑1 (MQ=255) cGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAaca > 1:8579662/1‑51 (MQ=255) gAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAacac > 1:9569071/1‑51 (MQ=255) aaCGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACg < 1:7653755/51‑1 (MQ=255) aaCGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACg < 1:3789880/51‑1 (MQ=255) aaCGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACg < 1:4110409/51‑1 (MQ=255) aCGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGa < 1:10284625/51‑1 (MQ=255) aCGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGa > 1:9330419/1‑51 (MQ=255) aCGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGa < 1:8784297/51‑1 (MQ=255) cGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAg < 1:5917008/51‑1 (MQ=255) cGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAg < 1:5802637/51‑1 (MQ=255) gTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAgg > 1:2939214/1‑51 (MQ=255) gTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAg < 1:7061678/50‑1 (MQ=255) aaGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCa > 1:10020723/1‑51 (MQ=255) 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(MQ=35) aGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCATATAGGt > 1:10278842/1‑51 (MQ=35) | AAGAAGAGACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCATATAGGT > REL606/2774385‑2774481 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |