Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | REL606 | 4,275,717 | 57510 bp→GTACA | [yjcO]–[lysU] | 52 genes [yjcO], fdhF, yjcP, yjcQ, yjcR, yjcS, alsK, alsE, alsC, alsA, alsB, rpiR, rpiB, yjdP, phnP, phnO, phnN, phnM, phnL, phnK, phnJ, phnI, phnH, phnG, phnF, phnE, phnD, phnC, phnB, phnA, yjdA, yjcZ, proP, basS, basR, yjdB, yjdE, adiY, adiA, melR, melA, melB, yjdF, fumB, dcuB, dcuR, dcuS, dcuS, yjdI, yjdJ, yjdK, [lysU] |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | REL606 | 4275717 | 4333226 | 57510 | 108 [1] | [0] 110 | [yjcO]–[lysU] | [yjcO],fdhF,yjcP,yjcQ,yjcR,yjcS,alsK,alsE,alsC,alsA,alsB,rpiR,rpiB,yjdP,phnP,phnO,phnN,phnM,phnL,phnK,phnJ,phnI,phnH,phnG,phnF,phnE,phnD,phnC,phnB,phnA,yjdA,yjcZ,proP,basS,basR,yjdB,yjdE,adiY,adiA,melR,melA,melB,yjdF,fumB,dcuB,dcuR,dcuS,dcuS,yjdI,yjdJ,yjdK,[lysU] |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 4275716 | 1 (0.010) | 98 (1.370) +GTACA |
56/90 | 0.0 | 99.5% | coding (232/690 nt) | yjcO | hypothetical protein |
? | REL606 | 4333227 = | 0 (0.000) | coding (211/1518 nt) | lysU | lysine tRNA synthetase, inducible |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CGTTACAAAGGAGGCTTTCCCCATGATACGACGGGTCATCATTCGGCCAGCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCGCAT > REL606/4333177‑4333277 | aagaacttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacac > 1:2967250‑M2/51‑51 (MQ=255) aagaacttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacac > 1:647204‑M2/51‑51 (MQ=255) agaacttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaca < 1:6735734‑M2/2‑1 (MQ=255) agaacttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaca < 1:370742‑M2/2‑1 (MQ=255) agaacttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaca < 1:6645983‑M2/2‑1 (MQ=255) agaacttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaca < 1:3401558‑M2/2‑1 (MQ=255) aacttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAAc < 1:2083963‑M2/4‑1 (MQ=255) acttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAAcc < 1:3533057‑M2/5‑1 (MQ=255) acttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAAcc < 1:3409886‑M2/5‑1 (MQ=255) acttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAAcc < 1:593124‑M2/5‑1 (MQ=255) acttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAAcc < 1:4245171‑M2/5‑1 (MQ=255) acttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAAcc < 1:1976008‑M2/5‑1 (MQ=255) acttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAAcc < 1:3955770‑M2/5‑1 (MQ=255) cttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCg > 1:3432264‑M2/46‑51 (MQ=255) ttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCga < 1:1900692‑M2/7‑1 (MQ=255) ttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCga > 1:3982250‑M2/45‑51 (MQ=255) ttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCga < 1:6584407‑M2/7‑1 (MQ=255) ttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCga < 1:6683112‑M2/7‑1 (MQ=255) ttttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCga < 1:4756017‑M2/7‑1 (MQ=255) tttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCgag > 1:395372‑M2/44‑51 (MQ=255) tttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCgag > 1:3589997‑M2/44‑51 (MQ=255) tttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCgag < 1:6517085‑M2/8‑1 (MQ=255) tttgcttgtggatagtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCgag > 1:271984‑M2/44‑51 (MQ=255) 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agtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTa > 1:1048919‑M2/31‑51 (MQ=255) agtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTa > 1:3561823‑M2/31‑51 (MQ=255) agtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTa < 1:1562509‑M2/21‑1 (MQ=255) agtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTa > 1:4653854‑M2/31‑51 (MQ=255) agtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTa > 1:2366871‑M2/31‑51 (MQ=255) gtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTaa < 1:2489801‑M2/22‑1 (MQ=255) gtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTaa < 1:5967381‑M2/22‑1 (MQ=255) gtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTaa < 1:850457‑M2/22‑1 (MQ=255) gtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTaa < 1:4501523‑M2/22‑1 (MQ=255) gtccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTa > 1:4194934‑M2/30‑50 (MQ=255) tccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAg < 1:3634893‑M2/23‑1 (MQ=255) tccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAg < 1:5353670‑M2/23‑1 (MQ=255) ccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAgg > 1:7125527‑M2/28‑51 (MQ=255) ccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAgg < 1:6488666‑M2/24‑1 (MQ=255) ccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAgg < 1:3208645‑M2/24‑1 (MQ=255) ccagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAgg > 1:2979824‑M2/28‑51 (MQ=255) cagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGa < 1:3319563‑M2/25‑1 (MQ=255) cagactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGa > 1:6238289‑M2/27‑51 (MQ=255) agactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGAt < 1:1156258‑M2/26‑1 (MQ=255) agactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGAt < 1:4044246‑M2/26‑1 (MQ=255) gactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGAtt < 1:3348739‑M2/27‑1 (MQ=255) gactgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGAtt > 1:337916‑M2/25‑51 (MQ=255) actgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTc < 1:6358283‑M2/28‑1 (MQ=255) ctgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTcc < 1:2951480‑M2/29‑1 (MQ=255) tgaccggattggtgatgtaccCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCa < 1:728718‑M2/30‑1 (MQ=255) tgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCa > 1:4651118‑M2/22‑51 (MQ=255) tgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCa > 1:1639582‑M2/22‑51 (MQ=255) tgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCa > 1:4169365‑M2/22‑51 (MQ=255) tgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCa > 1:4919036‑M2/22‑51 (MQ=255) tgaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCa < 1:1474069‑M2/30‑1 (MQ=255) gaccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAg < 1:6579910‑M2/31‑1 (MQ=255) ccggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGtt > 1:2885496‑M2/19‑51 (MQ=255) cggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTc < 1:3627887‑M2/34‑1 (MQ=255) cggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTc > 1:1296451‑M2/18‑51 (MQ=255) ggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTcc < 1:5441243‑M2/35‑1 (MQ=255) ggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTcc > 1:3915105‑M2/17‑51 (MQ=255) ggattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTcc > 1:3281702‑M2/17‑51 (MQ=255) gattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCt < 1:2546646‑M2/36‑1 (MQ=255) gattggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCt > 1:2677316‑M2/16‑51 (MQ=255) attggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTg > 1:2049201‑M2/15‑51 (MQ=255) attggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTg < 1:2494800‑M2/37‑1 (MQ=255) attggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTg < 1:6450777‑M2/37‑1 (MQ=255) ttggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTgg < 1:6880498‑M2/38‑1 (MQ=255) ttggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTgg > 1:4753702‑M2/14‑51 (MQ=255) tggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGt > 1:4016484‑M2/13‑51 (MQ=255) tggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGt > 1:4423610‑M2/13‑51 (MQ=255) ggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGtt > 1:3310339‑M2/12‑51 (MQ=255) ggtgatgtacaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGtt < 1:3494142‑M2/40‑1 (MQ=255) 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acaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCg < 1:3801532‑M2/48‑1 (MQ=255) acaCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCg < 1:1611491‑M2/48‑1 (MQ=255) caCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCGc < 1:3791609‑M2/49‑1 (MQ=255) aCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCGCa < 1:5782850‑M2/50‑1 (MQ=255) cAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCGCAt > 1:4114828/1‑51 (MQ=255) | CGTTACAAAGGAGGCTTTCCCCATGATACGACGGGTCATCATTCGGCCAGCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCGCAT > REL606/4333177‑4333277 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |