Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | REL606 | 4,275,717 | 57510 bp→GTACA | [yjcO]–[lysU] | 52 genes [yjcO], fdhF, yjcP, yjcQ, yjcR, yjcS, alsK, alsE, alsC, alsA, alsB, rpiR, rpiB, yjdP, phnP, phnO, phnN, phnM, phnL, phnK, phnJ, phnI, phnH, phnG, phnF, phnE, phnD, phnC, phnB, phnA, yjdA, yjcZ, proP, basS, basR, yjdB, yjdE, adiY, adiA, melR, melA, melB, yjdF, fumB, dcuB, dcuR, dcuS, dcuS, yjdI, yjdJ, yjdK, [lysU] |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | REL606 | 4275717 | 4333226 | 57510 | 108 [1] | [0] 110 | [yjcO]–[lysU] | [yjcO],fdhF,yjcP,yjcQ,yjcR,yjcS,alsK,alsE,alsC,alsA,alsB,rpiR,rpiB,yjdP,phnP,phnO,phnN,phnM,phnL,phnK,phnJ,phnI,phnH,phnG,phnF,phnE,phnD,phnC,phnB,phnA,yjdA,yjcZ,proP,basS,basR,yjdB,yjdE,adiY,adiA,melR,melA,melB,yjdF,fumB,dcuB,dcuR,dcuS,dcuS,yjdI,yjdJ,yjdK,[lysU] |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 4275716 | 1 (0.010) | 98 (1.370) +GTACA |
56/90 | 0.0 | 99.5% | coding (232/690 nt) | yjcO | hypothetical protein |
? | REL606 | 4333227 = | 0 (0.000) | coding (211/1518 nt) | lysU | lysine tRNA synthetase, inducible |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CTGCAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/4275668‑4275716 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTCGCA > REL606/4333227‑4333276 ||||| CTGCAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGT > 1:1554020/1‑51 TGCAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTA < 1:2626345/51‑1 TGCAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTA > 1:6808281/1‑51 TGCAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTA < 1:6067147/51‑1 CAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACA > 1:3878911/1‑51 AAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACAC > 1:2967250/1‑51 AAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACAC > 1:647204/1‑51 AGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACA < 1:3401558/51‑1 AGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACA < 1:6735734/51‑1 AGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACA < 1:6645983/51‑1 AGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACA < 1:6937839/51‑1 AACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAAC < 1:2083963/51‑1 ACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACC < 1:3955770/51‑1 ACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACC < 1:1976008/51‑1 ACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACC < 1:593124/51‑1 ACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACC < 1:3533057/51‑1 ACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACC < 1:4245171/51‑1 ACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACC < 1:3409886/51‑1 TTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGA < 1:4756017/51‑1 TTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGA < 1:1900692/51‑1 TTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGA < 1:6683112/51‑1 TTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAG < 1:3522841/51‑1 TTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAG > 1:3589997/1‑51 TTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAG < 1:6517085/51‑1 TTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAG > 1:395372/1‑51 TGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGAC > 1:7056760/1‑51 CTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTT > 1:2816041/1‑51 TTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTC > 1:4344752/1‑51 TGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCA > 1:2563562/1‑51 TGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCA > 1:6117134/1‑51 GTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAA < 1:1763556/51‑1 GTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAA > 1:6205120/1‑51 TGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACT < 1:5822671/46‑1 TGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCG < 1:2939127/41‑1 ATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTT > 1:1336471/1‑51 ATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTT < 1:637457/51‑1 AGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTA > 1:3561823/1‑51 AGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTA < 1:1562509/51‑1 AGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTA > 1:2366871/1‑51 AGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTA > 1:4653854/1‑51 AGTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTA > 1:1048919/1‑51 GTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAA < 1:850457/51‑1 GTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAA < 1:5967381/51‑1 GTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAA < 1:2489801/51‑1 GTCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTA > 1:4194934/1‑50 TCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAG < 1:5353670/51‑1 TCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAG < 1:3634893/51‑1 TCCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAG < 1:3929315/51‑1 CCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGG > 1:7125527/1‑51 CCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGG < 1:4390189/51‑1 CCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGG > 1:2979824/1‑51 CCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGG < 1:3208645/51‑1 CCAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGG < 1:6488666/51‑1 CAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGA > 1:6238289/1‑51 CAGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGA < 1:3319563/51‑1 AGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGAT < 1:4044246/51‑1 AGACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGAT < 1:1156258/51‑1 GACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATT < 1:3348739/51‑1 GACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATT > 1:337916/1‑51 ACTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTC < 1:6358283/51‑1 CTGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCC < 1:2951480/51‑1 TGACCGGATTGGTGATGTACCCAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCA < 1:728718/51‑1 TGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCA > 1:4651118/1‑51 TGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCA > 1:1639582/1‑51 TGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCA < 1:1474069/51‑1 TGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCA > 1:4169365/1‑51 TGACCGGATTGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCA > 1:4919036/1‑51 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TGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGT > 1:4016484/1‑51 TGGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGT > 1:4423610/1‑51 GGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTT < 1:3494142/51‑1 GGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTT < 1:7136815/51‑1 GGTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTT > 1:3310339/1‑51 GTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTA > 1:2942321/1‑51 GTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTA > 1:7208564/1‑51 GTGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTA > 1:1691104/1‑51 TGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTAT > 1:5234880/1‑51 TGATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTAT < 1:7238477/51‑1 GATGTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATC < 1:7030739/51‑1 GTACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTT > 1:1145902/1‑51 TACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTC < 1:2555148/51‑1 TACACAACCGAGACTTCAATGTTTAAGGATTCCAGTTCCTGGTTATCCTTC > 1:3518498/1‑51 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |