| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | ADP1‑WT | 1722721 = | 0 (0.000) | 36 (2.070) | 30/250 | 0.2 | 100% | coding (1536/2397 nt) | quiA | quinate/shikimate dehydrogenase [pyrroloquinoline‑quinone] (NAD(P)‑independent quinate dehydrogenase) |
| ? | pYTK001_with_tdk_kan | = 1688 | 0 (NA) | intergenic (–/+123) | –/CamR | –/– | |||||
TTTTCTCCTTCACTACAGAAACGGCTTTTTCAAAAATATGGTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGGCTGTGAGACCAGACCAATAAAAAACGCCCGGCGGCAACCGAGCGTTCTGAACAAATCCAGATGGAGTTCTGAGGTCATTACTGGATCTATCAACAGGAGTCCAAGCGAGCTCGATAT > pYTK001_with_tdk_kan/1573‑1806 | ttttCTCCTTCACTACAGAAACGGCTTTTTCAAAAATATGGTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatc < 2:46426‑M2/126‑11 (MQ=255) tACAGAAACGGCTTTTTCAAAAATATGGTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaatta < 1:8407‑M2/126‑24 (MQ=255) aaaCGGCTTTTTCAAAAATATGGTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtg < 1:168612‑M2/126‑29 (MQ=255) aaaCGGCTTTTTCAAAAATATGGTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtg < 1:370382‑M2/126‑29 (MQ=255) aaCGGCTTTTTCAAAAATATGGTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtgg < 2:468816‑M2/126‑30 (MQ=255) tttttCAAAAATATGGTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgata < 2:363910‑M2/126‑36 (MQ=255) ttttCAAAAATATGGTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatat > 2:93799‑M2/1‑90 (MQ=255) cAAAAATATGGTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcct > 1:355707‑M2/1‑86 (MQ=255) aaTATGGTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcg < 2:207364‑M2/126‑45 (MQ=255) aaTATGGTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcg < 1:15285‑M2/126‑45 (MQ=255) tGGTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcgaaca > 2:306983‑M2/1‑78 (MQ=255) tGGTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcgaaca > 1:46482‑M2/1‑78 (MQ=255) ggTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagctaattaaagtggctgatattcctggcgaacaa > 1:416661‑M2/1‑77 (MQ=255) ggTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcgaacaa > 1:377554‑M2/1‑77 (MQ=255) gTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcgaacaat < 1:247045‑M2/126‑51 (MQ=255) aTTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcgaacaatac < 2:280916‑M2/126‑53 (MQ=255) aTCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcgaacaatacagtaaaa < 1:47881‑M2/126‑60 (MQ=255) tCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgttattcctggcgaacaatacagtaaaac < 2:276991‑M2/126‑61 (MQ=255) tCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcgaacaatacagtaaaac > 2:246665‑M2/1‑66 (MQ=255) tGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcgaacaatacagtaaaactca > 2:201379‑M2/1‑63 (MQ=255) aaTAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgttattcctggcgaacaatacagtaaaactcagccgcgt > 1:277407‑M2/1‑56 (MQ=255) aaaTTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcgaacaatacagtaaaactcagccgcgttca > 2:177859‑M2/1‑53 (MQ=255) 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cTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcgaacaatacagtaaaactcagccgcgttcagttgaaatgccgcaaattggt > 2:8396‑M2/1‑32 (MQ=255) cTAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcgaacaatacagtaaaactcagccgcgttcagttgaaatgccgcaaattggtaatcagacacttaa < 2:48825‑M2/126‑109 (MQ=255) tAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcgaacaatacagtaaaactcagccgcgttcagttgaaatgccgcaaattggtaatcagacacttaaa > 2:369863‑M2/1‑17 (MQ=255) tAAGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcgaacaatacagtaaaactcagccgcgttcagttgaaatgccgcaaattggtaatcagacacttaaa > 2:168363‑M2/1‑17 (MQ=255) aaGCATGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcgaacaatacagtaaaactcagccgcgttcagttgaaatgccgcaaattggtaatcagacacttaaag < 2:111902‑M2/126‑111 (MQ=255) aTGCGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcgaacaatacagtaaaactcagccgcgttcagttgaaatgccgcaaattggtaatcagacacttaaagagtc < 1:18236‑M2/126‑115 (MQ=255) cGGAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcgaacaatacagtaaaactcagccgcgttcagttgaaatgccgcaaattggtaatcagacacttaaagagtctga > 2:47821‑M2/1‑9 (MQ=255) ggAGCTGGtaaagtgatcgagcagccaattaaagtggctgatattcctggcgaacaatacagtaaaactcagccgcgttcagttgaaatgccgcaaattggtaatcagacacttaaagagtctgat > 1:48888‑M2/1‑8 (MQ=255) | TTTTCTCCTTCACTACAGAAACGGCTTTTTCAAAAATATGGTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAAGCATGCGGAGCTGGGCTGTGAGACCAGACCAATAAAAAACGCCCGGCGGCAACCGAGCGTTCTGAACAAATCCAGATGGAGTTCTGAGGTCATTACTGGATCTATCAACAGGAGTCCAAGCGAGCTCGATAT > pYTK001_with_tdk_kan/1573‑1806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |