Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6063,361,4730T→C26.0% 12.150intergenic (‑8/‑122)smf/defhypothetical protein/peptide deformylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (0/13):  ref base (25/12):  total (25/25)

AACGCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCTTTGC  >  REL606/3361438‑3361504
                                   |                               
aaCGCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTAtct                                 <  1:7380114/36‑1 (MQ=255)
aaCGCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTAtct                                 >  1:46091/1‑36 (MQ=255)
 aCGCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTAtctc                                >  1:1081873/1‑36 (MQ=255)
 aCGCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTAtctc                                >  1:1178581/1‑36 (MQ=255)
 aCGCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTAtctc                                >  1:3343171/1‑36 (MQ=255)
  cGCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTcc                               >  1:5526047/1‑36 (MQ=255)
   gCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTccc                              <  1:4596350/36‑1 (MQ=255)
   gCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTccc                              <  1:3534491/36‑1 (MQ=255)
    cAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCt                             <  1:5717780/36‑1 (MQ=255)
    cAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCt                             >  1:4394770/1‑36 (MQ=255)
    cAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTANCTCCCt                             >  1:5708353/1‑36 (MQ=255)
     acccAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTg                            >  1:6783681/3‑36 (MQ=255)
     aGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTg                            <  1:4503813/36‑1 (MQ=255)
     aGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTg                            >  1:4248958/1‑36 (MQ=255)
       ccAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGcc                          <  1:1618229/36‑1 (MQ=255)
       ccAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGcc                          <  1:2538030/36‑1 (MQ=255)
       ccAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGcc                          <  1:3397286/36‑1 (MQ=255)
        cAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCCa                         <  1:2989890/36‑1 (MQ=255)
        cAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCCa                         >  1:5616252/1‑36 (MQ=255)
         aaaTTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCCAt                        >  1:5965608/1‑36 (MQ=255)
         aaaTTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCCAt                        >  1:5751656/1‑36 (MQ=255)
          aaTTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCTATa                       >  1:6203555/1‑36 (MQ=255)
           aTTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCCATaa                      >  1:5206712/1‑36 (MQ=255)
            tttCTGTATCGACCATCCTTATCCCCCTGCCATAag                     <  1:1554057/36‑1 (MQ=255)
             ttCTGTATCGACCATCCTTATCCCCCTGCCATAagc                    <  1:4514444/36‑1 (MQ=255)
              tCTGTATCGGCCATCCTTATCTCCCTGCCATAagca                   <  1:2079260/36‑1 (MQ=255)
                tGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCCATAagcagc                 >  1:4108327/1‑36 (MQ=255)
                 gTATCGGCCACCCTTGCGCCCCTGCCATAAGCAGcc                <  1:5462260/36‑1 (MQ=9)
                 gTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCCATAAGCAGcc                >  1:1099113/1‑36 (MQ=255)
                   aTCGACCATCCTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCtt              >  1:474773/1‑36 (MQ=255)
                     caaCCTTCCTTACCCCCCTGCCATAAGCAGCCTTAg            <  1:4375325/34‑1 (MQ=21)
                       ataaTCTTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCa          <  1:503900/33‑1 (MQ=255)
                        ccATCCTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCaa         >  1:5239052/1‑36 (MQ=255)
                         cacccTTACCCCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCGAt        <  1:1063089/33‑1 (MQ=18)
                         cATCCTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCTTTAGTAAt        >  1:3336608/1‑36 (MQ=255)
                         cATCCTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAAt        >  1:7098375/1‑36 (MQ=255)
                         cATCCTTATCCCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAAt        <  1:5090277/36‑1 (MQ=255)
                          acccTTACCCCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATc       <  1:2297266/34‑1 (MQ=25)
                          acccTTACCCCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATc       <  1:3066509/34‑1 (MQ=25)
                          aTCCTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATc       >  1:5963552/1‑36 (MQ=255)
                          aTCCTACTCCCCCTGGCATAAGCAGCCTTAGCAATc       <  1:7336467/36‑1 (MQ=18)
                           tCCTTTTCCCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCt      <  1:4513352/36‑1 (MQ=25)
                            ctttATCCCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCtt     <  1:6104975/34‑1 (MQ=37)
                            ccTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCtt     >  1:6674409/1‑36 (MQ=255)
                            ccTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCtt     >  1:5198732/1‑36 (MQ=255)
                            ccTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGAAATCtt     >  1:264062/1‑36 (MQ=255)
                             cTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCttt    >  1:2371331/1‑36 (MQ=255)
                             cTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCttt    >  1:7266358/1‑36 (MQ=255)
                             cTTATCTCCCTGCCATAACCAGCCTTAGCAATCttt    >  1:6788256/1‑36 (MQ=255)
                             cTTACCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCttt    <  1:6225168/36‑1 (MQ=255)
                              ttATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCTTTg   <  1:1874307/36‑1 (MQ=255)
                              ttATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCTTTg   >  1:4824397/1‑36 (MQ=255)
                              ttATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCTTTg   >  1:4937501/1‑36 (MQ=255)
                              taaTCCCCCAGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCTTTg   <  1:2053657/34‑1 (MQ=21)
                               tATCCCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCTTTGc  <  1:312044/36‑1 (MQ=255)
                                   |                               
AACGCAGCCAAATTTCTGTATCGACCATCCTTATCTCCCTGCCATAAGCAGCCTTAGCAATCTTTGC  >  REL606/3361438‑3361504

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 7 ≤  ATCG  < 18 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG