Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	178	1,128	C→T	intergenic (–/–)	– / –	–/–

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	178	1,128	0	C	T	100.0%	217.1 / NA	62	intergenic (–/–)	–/–	–/–
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (27/35);  total (27/35)

CGATCAGTTTCTGGATGAAAAAGAGGGGAATCACACCACTGCATACCGCGATGGCTCCGGCATATGGACCATCTGTCGGGGAGCAACGATGGTGGACGGTAAACCTGTTATTCCGGGAATGAAACTGTCGAAGGAAAAATGCGCCCAGGTTAACGCCATTGAGCGGGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAGCGC  >  178/1032‑1224                                                                                                 |                                                                                                 cGACCAGTTTCTGGATGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTa                                                                                              <  2:1385940/101‑1 (MQ=255)  gaccAGTTTCTGGATGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTaa                                                                                             >  2:896720/4‑101 (MQ=255)   accAGTTTCTGGATGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTaag                                                                                            <  2:779067/99‑2 (MQ=255)   accAGTTTCTGGATGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTaag                                                                                            <  2:32139/99‑2 (MQ=255)       gTTTCTGGATGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGcccg                                                                                        <  2:1430999/101‑3 (MQ=255)        tttCTGGATGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGt                                                                                       >  2:345800/1‑101 (MQ=255)          tCTGGATGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGtca                                                                                     <  2:874989/101‑3 (MQ=255)           cTGGATGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCAt                                                                                    >  2:1491552/1‑101 (MQ=255)            tGGATGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCAta                                                                                   >  2:115537/1‑100 (MQ=255)             ggATGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCAtac                                                                                  <  1:1373759/101‑3 (MQ=255)               aTGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCg                                                                                <  2:855774/101‑1 (MQ=255)               aTGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCg                                                                                <  1:241240/101‑1 (MQ=255)                    aaaGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAAt                                                                           <  1:345800/101‑1 (MQ=255)                    aaaGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAAt                                                                           <  1:1196651/101‑1 (MQ=255)                      agaaGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGa                                                                         <  1:577048/101‑1 (MQ=255)                      agaaGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGa                                                                         <  2:1242356/101‑1 (MQ=255)                       gaaggtaaccacacaACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGag                                                                        <  1:1449265/92‑2 (MQ=255)                        aaggtaaccacacaACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGagg                                                                       >  1:27652/9‑99 (MQ=255)                         aggtaaccacacaACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGaggc                                                                      >  2:75768/8‑98 (MQ=255)                          ggtaaccacacaACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGaggct                                                                     <  2:1167194/95‑5 (MQ=255)                            taaccacacaACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGt                                                                   >  2:1492213/5‑101 (MQ=255)                                  cacaacGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAgg                                                             >  2:1436920/1‑101 (MQ=255)                                  cacaacGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAgg                                                             <  1:1629750/101‑1 (MQ=255)                                   acaacggCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGa                                                            >  2:1385013/7‑101 (MQ=255)                                     aacggCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGaaa                                                          >  1:323094/5‑101 (MQ=255)                                         gCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATg                                                      >  1:110419/1‑101 (MQ=255)                                         gCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATg                                                      <  1:1093363/101‑1 (MQ=255)                                         gCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATg                                                      <  1:86296/101‑1 (MQ=255)                                           aTACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATgcg                                                    >  2:1676486/1‑101 (MQ=255)                                              ccGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGacc                                                 <  2:1405349/101‑1 (MQ=255)                                               cgcgATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCa                                                >  1:103084/1‑101 (MQ=255)                                                 cgATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAgg                                              <  2:891984/101‑1 (MQ=255)                                                 cgATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAgg                                              <  1:196779/101‑1 (MQ=255)                                                   aTGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGtt                                            <  2:1057145/101‑1 (MQ=255)                                                    tGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTa                                           >  1:1046513/1‑101 (MQ=255)                                                    tGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTa                                           <  1:773091/101‑1 (MQ=255)                                                     ggttCCGGTATCTGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGCAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTaa                                          >  2:202164/4‑101 (MQ=255)                                                     ggttCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTaa                                          <  1:863838/98‑1 (MQ=255)                                                     ggttCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTaa                                          >  1:1079338/4‑101 (MQ=255)                                                      gttCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAAc                                         >  1:1525428/3‑101 (MQ=255)                                                          cGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGcta                                     <  1:1557336/101‑3 (MQ=255)                                                           ggtatatGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTAt                                    <  2:1302635/98‑1 (MQ=255)                                                            gtatatGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTAtt                                   >  2:1479118/3‑101 (MQ=255)                                                            gtatatGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTAtt                                   >  1:830573/3‑101 (MQ=255)                                                               tatGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGaa                                <  2:754573/101‑2 (MQ=255)                                                               tatGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGaa                                <  2:630295/101‑2 (MQ=255)                                                                atGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGaac                               <  2:1250661/101‑3 (MQ=255)                                                                   gACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACgtg                            >  2:678512/1‑99 (MQ=255)                                                                      cATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATa                         <  1:456782/101‑1 (MQ=255)                                                                      cATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATa                         >  1:1343216/1‑101 (MQ=255)                                                                       aTCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATaa                        >  1:3315/1‑101 (MQ=255)                                                                       aTCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATaa                        <  1:438007/101‑1 (MQ=255)                                                                       aTCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATaa                        <  2:1666489/101‑1 (MQ=255)                                                                       aTCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATaa                        >  2:308636/1‑101 (MQ=255)                                                                       aTCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATaa                        >  2:1451688/1‑101 (MQ=255)                                                                                   gccacaaTGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATg            <  1:1508771/95‑1 (MQ=255)                                                                                    ccacaaTGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATgg           >  2:33263/6‑101 (MQ=255)                                                                                      acaaTGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGt         <  2:631206/98‑1 (MQ=255)                                                                                        aaTGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGTgg       <  2:830568/100‑1 (MQ=255)                                                                                            gtggATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAgcg   <  2:323094/101‑1 (MQ=255)                                                                                             tggATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAgcgc  >  1:939818/1‑101 (MQ=255)                                                                                             tggATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAgcgc  >  2:1283315/1‑101 (MQ=255)                                                                                                 |                                                                                                 CGATCAGTTTCTGGATGAAAAAGAGGGGAATCACACCACTGCATACCGCGATGGCTCCGGCATATGGACCATCTGTCGGGGAGCAACGATGGTGGACGGTAAACCTGTTATTCCGGGAATGAAACTGTCGAAGGAAAAATGCGCCCAGGTTAACGCCATTGAGCGGGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAGCGC  >  178/1032‑1224

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑