Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | 78 | 1,407 | 0 | A | G | 60.7% | 131.9 / 176.3 | 163 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/24); new base G (64/35); total (104/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
AGCTGCGCAGGGAACCACTTTAGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGAATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGAG > 78/1309‑1506 | aGCTGCGCAGGGAAGCACTTTTGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGat > 2:1036614/1‑101 (MQ=255) aGCTGCGCAGGGAACCACTTTAGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGat < 2:1061321/101‑1 (MQ=255) gCTGCGCAGGGAACCACTTTAGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGAata < 1:1300302/101‑1 (MQ=255) cTGCGCAGGGAACCACTTTAGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGAatat < 2:268564/101‑1 (MQ=255) gcgcAGGGAACCACTTTAGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGACTGATTCAGGAAATGt < 2:1714601/101‑1 (MQ=255) cAGGGAACCACTTTAGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGa > 2:510341/1‑101 (MQ=255) cAGGGAACCACTTTAGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGAATATGTTGa < 1:106191/101‑1 (MQ=255) gAACCACTTTAGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTta > 1:1584888/1‑101 (MQ=255) gAACCACTTTAGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGAATATGTTGACTta > 2:34604/1‑101 (MQ=255) gAACCACTTTAGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGAATATGTTGACTta < 1:658465/101‑1 (MQ=255) gAACCACTTTAGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGAATATGTTGACTta < 2:1621796/101‑1 (MQ=255) aaCCACTTTAGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTtat < 1:1497772/101‑1 (MQ=255) aCCACTTTAGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTtata < 2:761131/101‑1 (MQ=255) aCTTTAGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACAt > 2:1450870/1‑101 (MQ=255) aCTTTAGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACAt < 1:516477/101‑1 (MQ=255) cTTTAGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATc > 2:935383/1‑101 (MQ=255) tttAGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCg > 1:1427560/1‑101 (MQ=255) aGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGtt < 2:922585/101‑1 (MQ=255) ggTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGtttt < 2:1112319/101‑1 (MQ=255) ggTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGtttt < 2:834204/101‑1 (MQ=255) gtgtCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTg > 1:548353/1‑101 (MQ=255) 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2:638662/1‑101 (MQ=255) ttttGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTgg > 2:1066987/1‑101 (MQ=255) ttttGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTgg > 2:1327270/1‑101 (MQ=255) ttGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGt > 1:1291428/1‑101 (MQ=255) tGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGtt > 2:789755/1‑101 (MQ=255) aTTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTAt < 1:1106186/101‑1 (MQ=255) aTTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGAATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTAt < 2:499333/101‑1 (MQ=255) aTTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGAATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTAt > 1:1261852/1‑101 (MQ=255) tttCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGAATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTAtt > 2:126759/1‑101 (MQ=255) cATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGa > 2:1251174/1‑101 (MQ=255) tGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGata > 1:362599/1‑101 (MQ=255) gAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGatat < 2:855406/101‑1 (MQ=255) gAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGatat > 1:1394502/1‑101 (MQ=255) aaGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATg > 2:1370935/1‑101 (MQ=255) aGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGc > 1:170055/1‑101 (MQ=255) aGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGc > 2:238506/1‑101 (MQ=255) gATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGAATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGcc > 1:1363446/1‑101 (MQ=255) atatTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCa > 2:1312063/1‑101 (MQ=255) atatTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGAATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCa > 2:653667/1‑101 (MQ=255) atatTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGAATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCa > 1:1710489/1‑101 (MQ=255) atatTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGAATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCa > 2:1306845/1‑101 (MQ=255) tatTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCaa > 1:1009946/1‑101 (MQ=255) tatTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCaa > 2:63288/1‑101 (MQ=255) 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< 2:1686650/101‑1 (MQ=255) atatTGTATGTCTGATTCAGAATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATg < 1:487165/101‑1 (MQ=255) tatTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGc > 1:1570347/1‑101 (MQ=255) ttGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTg > 1:186575/1‑101 (MQ=255) ttGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTg < 1:1036619/101‑1 (MQ=255) tGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTGa > 1:888503/1‑101 (MQ=255) gTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTGaa < 2:1348751/101‑1 (MQ=255) tATGTCTGATTCAGAATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTGAat < 1:34604/101‑1 (MQ=255) tGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTGAatat > 2:1561607/1‑101 (MQ=255) gTCTGATTCAGAATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTGAATATg > 2:182707/1‑101 (MQ=255) tCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTGAATATGa < 2:1462869/101‑1 (MQ=255) tCTGATTCAGAATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTGAATATGa > 2:1149157/1‑101 (MQ=255) gATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATaa < 1:1327276/101‑1 (MQ=255) gATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATaa < 1:202307/101‑1 (MQ=255) gATTCAGAATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATaa < 2:622372/101‑1 (MQ=255) aTTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAg < 2:1009941/101‑1 (MQ=255) aTTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAg > 1:33964/1‑101 (MQ=255) cAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGgag < 1:119935/101‑1 (MQ=255) aGAATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGgaga < 1:625106/101‑1 (MQ=255) gAATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGgagag > 1:1270812/1‑101 (MQ=255) | AGCTGCGCAGGGAACCACTTTAGGGTGTCTTTTGATTTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGAATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGGGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGAG > 78/1309‑1506 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |