Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,536,881 | A→G | E148G (GAA→GGA) | yhhN → | conserved inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,536,881 | 0 | A | G | 94.0% | 229.5 / 1.2 | 67 | E148G (GAA→GGA) | yhhN | conserved inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/1); new base G (26/37); total (29/38) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
GCTGTTACTGGCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGAACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTCTGGCTGGGGAGCCACTA > REL606/3536783‑3536977 | gcTGTTACTGGCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGAc > 2:1555960/1‑101 (MQ=255) cTGTTACTGGCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACt < 2:310864/101‑1 (MQ=255) tGTTACTGGCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACtg < 2:250294/101‑1 (MQ=255) gTTACTGGCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGAACtgt > 1:168490/1‑101 (MQ=255) aCTGGCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGGCTGTGGt > 2:1171783/1‑101 (MQ=255) ggCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGttct < 2:956182/101‑1 (MQ=255) cGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGttcttc < 1:1073516/101‑1 (MQ=255) gATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGCCGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtcc < 1:1565938/101‑1 (MQ=255) gATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGGCTGTGGTTCTtcc > 2:1322761/1‑101 (MQ=255) gATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtcc < 2:1242625/101‑1 (MQ=255) aTTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtccg < 1:876924/101‑1 (MQ=255) tCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtccgtccg < 2:334684/101‑1 (MQ=255) cgcgGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGGCTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCt > 2:222124/1‑101 (MQ=255) cgGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTcc > 1:1583024/1‑101 (MQ=255) cTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGgc < 1:861154/101‑1 (MQ=255) cTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGGGATGGTGTGGCTGGCAGGCGGGCTGTGGTTATTCCGTCCGACCGCCCCggg > 2:1109694/1‑100 (MQ=255) ggAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGACAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGgcgc > 2:1269914/1‑101 (MQ=255) gAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGct < 2:484554/101‑1 (MQ=255) aaGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGGTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGctc > 1:830262/1‑101 (MQ=255) aaGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGGCTGTGGTTTTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGctc > 2:1453993/1‑101 (MQ=255) gTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTg > 2:368985/1‑101 (MQ=255) aCCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCg < 1:1003170/101‑1 (MQ=255) cGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGtt > 2:944684/1‑101 (MQ=255) gTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGTTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGttt < 1:563458/101‑1 (MQ=255) gTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGttt < 1:1033978/101‑1 (MQ=255) gTTGGCCTATCTGCACGGTTATCGGCATGACGCTGGAGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGAGGGTCTTCCGTCCGGCCGCTCCGGGCCTCTCCTCGttt > 2:506863/1‑101 (MQ=255) ttGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttg > 1:1178279/1‑101 (MQ=255) ttGGCCTATCTGCACCTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttg < 2:605888/101‑1 (MQ=255) tctcTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgtt < 2:807182/98‑1 (MQ=255) ggCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgtt < 2:260572/101‑1 (MQ=255) ggCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgtt < 1:1328071/101‑1 (MQ=255) gCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgttg < 1:883344/101‑1 (MQ=255) cTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTTCGTCCGACCCCTCCGGGGCTCTCTGCGTTTGTTGgc > 1:1281080/1‑101 (MQ=255) cTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgttaga > 1:807187/1‑98 (MQ=255) cTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGgc > 2:1565569/1‑101 (MQ=255) aTCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGgcgc > 2:813543/1‑101 (MQ=255) cTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCtt < 1:1382750/101‑1 (MQ=255) cTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCtt < 2:1704803/101‑1 (MQ=255) tGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGATTc < 1:276327/101‑1 (MQ=255) cACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGt > 1:386067/1‑101 (MQ=255) aCGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGtt < 2:1318217/101‑1 (MQ=255) tttATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCt < 2:1178274/101‑1 (MQ=255) aTCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGGTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGGTTGTTGGCGCTTCGCTGCTGtt > 1:307676/1‑101 (MQ=255) tCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGttt < 1:835868/101‑1 (MQ=255) tgCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTGCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTAt < 1:495157/100‑1 (MQ=255) ggCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTAt < 1:895721/101‑1 (MQ=255) ggCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTAt < 2:571345/101‑1 (MQ=255) gCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATc < 1:964573/101‑1 (MQ=255) cATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGAACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCa > 1:965689/1‑101 (MQ=255) aTGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAg > 1:978869/1‑101 (MQ=255) aTGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAg > 2:23245/1‑101 (MQ=255) aCGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTaa > 1:866527/1‑101 (MQ=255) cGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAAc < 1:1303594/101‑1 (MQ=255) gCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGAACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACt < 2:168490/101‑1 (MQ=255) ccggTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTACGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACtt < 2:619609/99‑1 (MQ=255) cTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACtt > 2:329874/1‑101 (MQ=255) tGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACttt > 2:1436162/1‑101 (MQ=255) tGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACttt < 2:576199/101‑1 (MQ=255) ggTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTg > 2:568173/1‑101 (MQ=255) ggTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTg < 2:950177/101‑1 (MQ=255) gTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGt < 2:649770/101‑1 (MQ=255) tGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTc > 1:1191662/1‑101 (MQ=255) tGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTc < 2:980755/101‑1 (MQ=255) gctGGTGTGGCTGGCAGGGGAACTGTGGTTCTTGCGTCCGCCCGATCCGGCGCTCCCTACGTTTGTTGGGGATTAGTTGATGTTTATCAGTAAATTTGtat > 1:1556323/3‑99 (MQ=255) gATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTct < 1:132862/101‑1 (MQ=255) aTGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTctg < 1:464370/101‑1 (MQ=255) aTGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTACGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTctg > 2:1189622/1‑101 (MQ=255) ggTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTctggc > 2:327727/1‑101 (MQ=255) gtgtGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTctggct > 1:857965/1‑101 (MQ=255) tggctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTCTGGCTggg > 1:769993/1‑101 (MQ=255) ggctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTCTGGCTgggg < 1:1555966/101‑1 (MQ=255) tgggAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTCTGGCTGGGGAGc < 2:1587694/101‑1 (MQ=255) ggTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTCTGGCTGGGGAGCCACTa > 1:987779/1‑101 (MQ=255) | GCTGTTACTGGCGATTATCTGGACGCGGCTGGAAGAGTACCGTTGGCCTATCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGAACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTGGCGCTTCGTTGCTGTTTATCAGTAACTTTGTCTGGCTGGGGAGCCACTA > REL606/3536783‑3536977 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |