| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,916,109 | A→G | intergenic (+12/‑116) | yebK → / → pykA | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/pyruvate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,916,109 | 0 | A | G | 98.1% | 197.1 / ‑4.5 | 53 | intergenic (+12/‑116) | yebK/pykA | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/pyruvate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (18/34); total (19/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.89e-01 | |||||||||||
TTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCACTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCAACACCTGGTTGTTT > REL606/1916011‑1916206 | ttCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGactgtcgct > 2:563261/1‑101 (MQ=255)ttCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGactgtcgct > 1:1317834/1‑101 (MQ=255) cAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGactgtcgctgt > 2:1674762/1‑101 (MQ=255) agaTAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCt > 1:359175/1‑101 (MQ=255) tAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAAt > 2:1233497/1‑101 (MQ=255) aCTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCt < 1:1641688/101‑1 (MQ=255) aCTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCt > 2:1333110/1‑101 (MQ=255) cTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCtt < 1:359011/101‑1 (MQ=255) ttGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTta < 2:1179664/101‑1 (MQ=255) tGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTtat < 1:369033/101‑1 (MQ=255) aaGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATAc < 1:85343/101‑1 (MQ=255) gggTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACa < 2:102443/101‑1 (MQ=255) ggTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACAt < 1:860362/101‑1 (MQ=255) gTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATc < 2:1670675/101‑1 (MQ=255) cAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCg > 2:815825/1‑101 (MQ=255) aagCGGTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATga > 2:1714852/1‑101 (MQ=255) gcTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGAtt < 1:9468/101‑1 (MQ=255) gcTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCACTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGAtt > 1:692863/1‑101 (MQ=255) cTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTa < 1:883788/101‑1 (MQ=255) tGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTaa < 1:1272902/101‑1 (MQ=255) aaGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAAtt < 1:155026/101‑1 (MQ=255) aGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAAttt < 1:80857/101‑1 (MQ=255) aaTCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATc < 1:1443517/101‑1 (MQ=255) aaTCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATc < 1:1233502/101‑1 (MQ=255) aTCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCg < 2:1534166/101‑1 (MQ=255) cgcgTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGcc < 2:797327/101‑1 (MQ=255) cgcgTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGcc > 1:957821/1‑101 (MQ=255) gcgTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCa > 2:1022990/1‑101 (MQ=255) gTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATc > 1:106785/1‑101 (MQ=255) gTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATc < 2:1545466/101‑1 (MQ=255) tGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCAGCgcgg > 1:717423/1‑101 (MQ=255) gCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTAt < 1:461547/101‑1 (MQ=255) gTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTc > 1:833157/1‑101 (MQ=255) ttACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCa < 2:108191/101‑1 (MQ=255) tACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCAt > 1:956155/1‑101 (MQ=255) cTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTc < 2:1504694/101‑1 (MQ=255) ttAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCg > 2:1228135/1‑101 (MQ=255) aaTTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGa > 2:1433388/1‑101 (MQ=255) aTTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGAt < 2:1317828/101‑1 (MQ=255) tAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTc > 2:908366/1‑101 (MQ=255) tAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTc < 1:1146320/101‑1 (MQ=255) aaGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCa < 2:80962/101‑1 (MQ=255) aGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCAt < 1:1003660/101‑1 (MQ=255) tGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGt > 1:1516006/1‑101 (MQ=255) aCGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTc < 1:215676/101‑1 (MQ=255) cGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCa < 2:531504/101‑1 (MQ=255) cGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCa > 2:765007/1‑101 (MQ=255) gCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCaa < 2:856441/101‑1 (MQ=255) tAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCAaca > 2:1242176/1‑101 (MQ=255) aaaaaCGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCAacac < 2:614174/101‑1 (MQ=255) aaaaCGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCAACAcc < 2:1707048/101‑1 (MQ=255) aaaaCGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCAACAcc < 1:683131/101‑1 (MQ=255) aaaaCGACTGTCGCTGCCCTAATCTTATACGACCTCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCAACAcc > 2:213281/1‑101 (MQ=255) aaaCGACTGTCGCTGNCCTAANCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCAACACCt < 2:900844/101‑1 (MQ=255) aaCGACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCAACACCTg < 2:509778/101‑1 (MQ=255) gACTGTCGCTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCAACACCTGgtt < 2:1330144/101‑1 (MQ=255) actgtcgctgtcCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCAACACCTGgttg > 2:1404228/1‑101 (MQ=255) actgtcgctgtcCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCAACACCTGgttg > 1:1347275/1‑101 (MQ=255) ctgtcgctgtcCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCAACACCTGgttgt < 1:1146235/101‑1 (MQ=255) ctgtcgctgtcCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCAACACCTGgttgt > 2:723173/1‑101 (MQ=255) gtcgctgtcCTAATCTTATACGACATCCCAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCAACACCTGGTTGttt > 2:1704967/1‑101 (MQ=255) | TTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCACTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCAACACCTGGTTGTTT > REL606/1916011‑1916206 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |