Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 735,660 | T→A | intergenic (‑401/‑308) | gltA ← / → sdhC | citrate synthase/succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 735,660 | 0 | T | A | 94.6% | 262.9 / 5.4 | 74 | intergenic (‑401/‑308) | gltA/sdhC | citrate synthase/succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/3); new base A (39/31); total (40/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.06e-01 |
TTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGTGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGTCTCCG > REL606/735564‑735754 | tttACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAAATTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGAcc < 2:1362277/101‑1 (MQ=255) cATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATc < 1:476487/101‑1 (MQ=255) aTTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCa > 2:1188164/1‑101 (MQ=255) aTTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCa > 2:581419/1‑101 (MQ=255) aTTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCa > 1:335496/1‑101 (MQ=255) aTTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCa > 2:352534/1‑101 (MQ=255) ttATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGTGACCTAGATCAc > 1:1179615/1‑101 (MQ=255) ttATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCAc > 1:392801/1‑101 (MQ=255) tataTGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACt > 1:1079045/1‑101 (MQ=255) atatGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTg > 1:1335084/1‑101 (MQ=255) tatGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGt < 2:1560897/101‑1 (MQ=255) cTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAg > 1:109589/1‑101 (MQ=255) cTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAg < 2:392796/101‑1 (MQ=255) ttCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGAt < 1:507660/101‑1 (MQ=255) tCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATa < 2:611440/101‑1 (MQ=255) ccTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATaa > 2:618075/1‑101 (MQ=255) cTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATaaa > 1:36172/1‑101 (MQ=255) tGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATaaaa > 1:682380/1‑101 (MQ=255) tGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATaaaa > 1:1634296/1‑101 (MQ=255) tAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAAccc > 1:1036622/1‑101 (MQ=255) aaTGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCg > 2:688296/1‑101 (MQ=255) aTGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGa > 2:1281503/1‑101 (MQ=255) tGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGAc < 1:334916/101‑1 (MQ=255) tGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGAc < 1:1187520/101‑1 (MQ=255) tGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGAc < 1:783090/101‑1 (MQ=255) ttGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACaaa < 2:904996/101‑1 (MQ=255) ttGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACaaa > 1:1510994/1‑101 (MQ=255) gTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACt > 1:438058/1‑101 (MQ=255) gTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACt > 1:1657241/1‑101 (MQ=255) caacTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGTGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTatat < 2:40679/101‑1 (MQ=255) acTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGt < 2:603737/101‑1 (MQ=255) tttGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAg < 2:1079040/101‑1 (MQ=255) tttGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAg < 2:1170484/101‑1 (MQ=255) tttGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAg < 1:472059/101‑1 (MQ=255) ttgttgAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAgg < 2:123604/101‑1 (MQ=255) gttgAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGtt < 2:180922/101‑1 (MQ=255) tgAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTaa > 1:513899/1‑101 (MQ=255) gAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAAt < 2:626140/101‑1 (MQ=255) aTGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTTAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTg < 2:231055/101‑1 (MQ=255) aTTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTaa > 2:1202239/1‑101 (MQ=255) ttGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAAt < 2:1634290/101‑1 (MQ=255) ttGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAAt < 1:706839/101‑1 (MQ=255) tCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGAt < 2:159745/101‑1 (MQ=255) aaaTTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGTGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGAttt < 2:1179610/101‑1 (MQ=255) ttAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTtgt > 2:1157419/1‑101 (MQ=255) tAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGTGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTtgtg < 2:830448/101‑1 (MQ=255) gatgatTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGaa > 2:1381380/1‑101 (MQ=255) gatgatTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGaa > 1:79485/1‑101 (MQ=255) atgatTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTTGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAAc < 1:1617996/101‑1 (MQ=255) atgatTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAGCCCGACAAACTATATGGAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAAc < 1:688301/101‑1 (MQ=255) atgatTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAAc > 1:112835/1‑101 (MQ=255) atgatTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAAc < 2:523107/101‑1 (MQ=255) tgcttAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACCATTCAGGATAAAACCCGTCAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGCTTTTGTGAAca > 2:1068037/4‑100 (MQ=255) tgatTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACg > 1:807876/1‑101 (MQ=255) gatTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGa > 2:1713563/1‑101 (MQ=255) tAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCt < 2:1036617/101‑1 (MQ=255) aaaaaTTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCta < 2:1381819/101‑1 (MQ=255) aaaaTTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCtat > 1:329104/1‑101 (MQ=255) aTTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACt < 1:352534/101‑1 (MQ=255) ttAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTg > 2:788261/1‑101 (MQ=255) ttAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTg > 2:254636/1‑101 (MQ=255) taaataaaTGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTgc > 1:1013609/1‑101 (MQ=255) aataaatGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTgccg < 2:1335078/101‑1 (MQ=255) aaatGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCa > 1:607636/1‑101 (MQ=255) aatGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAg > 1:281946/1‑101 (MQ=255) tgttgtTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGt > 1:583004/1‑101 (MQ=255) gttgttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGCCAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGtc > 2:116766/1‑101 (MQ=255) gttgttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGtc > 1:214387/1‑101 (MQ=255) ttgttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGtct < 2:1570023/101‑1 (MQ=255) ttgttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGtct > 2:1681112/1‑101 (MQ=255) gttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGTCTcc > 2:1261630/1‑101 (MQ=255) gttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGTCTcc < 1:1201478/101‑1 (MQ=255) ttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGTCTCCg < 1:379377/101‑1 (MQ=255) ttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGTCTCCg > 2:1576213/1‑101 (MQ=255) | TTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTTTGTAACAACTTTGTTGAATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGTGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGTTAATTGTAATGATTTTGTGAACGACCTATACTGCCGCCAGGTCTCCG > REL606/735564‑735754 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |