New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 2815108 | 89 (1.400) | 13 (0.200) | 10/198 | 5.3 | 12.8% | coding (832/849 nt) | yqcD | hypothetical protein |
? | REL606 | 2822187 = | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGCACTTCAACTTCATGCGCCAGCCATAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACT > REL606/2822088‑2822281 | agcactaacacttaaCGCCCCAGCCATAACGCTTTTTCCAGATTCCCCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTggg < 2:285503/92‑1 (MQ=255) aGCACTTCAACTTCATGCGCCAGCCATAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTggg < 2:193887/101‑1 (MQ=255) acttcaacttcaTGCGCCAGCCATAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTaa < 1:1550944/101‑1 (MQ=255) acttcaacttcaTGCGCCAGCCATAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTaa > 1:1463280/1‑101 (MQ=255) acttcaacttcaTGCGCCAGCCATAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTaa > 2:1355647/1‑101 (MQ=255) ttcaacttcaTGCGCCAGCCATAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGNCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATg > 1:614715/1‑101 (MQ=255) tcaacttcaTGCGCCAGCCATAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGa > 2:1097283/1‑101 (MQ=255) tcaacttcaTGCGCCAGCCATAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGa > 2:1183684/1‑101 (MQ=255) caacttcaTGCGCCAGCCATAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGAc < 2:1463274/101‑1 (MQ=255) gcgcCAGCCATAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTa < 1:1640259/101‑1 (MQ=255) cgcCAGCCATAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTAt < 2:723610/101‑1 (MQ=255) cgcCAGCCATAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTAt < 2:1207519/101‑1 (MQ=255) ggcagccaTAACGCTTTTTCCAGATTCTCCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGGAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTAtt < 2:1654670/99‑1 (MQ=255) ccagccaTAGCGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTg < 1:857709/101‑1 (MQ=255) ccagccaTAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTg < 1:1287588/101‑1 (MQ=255) ccagccaTAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTg < 2:721391/101‑1 (MQ=255) agccaTAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGAt < 1:271813/101‑1 (MQ=255) agccaTAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGAt > 1:1113518/1‑101 (MQ=255) ccaTAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAg > 2:35540/1‑101 (MQ=255) caTAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgt < 1:161996/101‑1 (MQ=255) aTAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtg < 2:1382422/101‑1 (MQ=255) tAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtgt < 1:157459/101‑1 (MQ=255) tAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtgt < 2:665430/101‑1 (MQ=255) tAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtgt > 1:1407338/1‑101 (MQ=255) cTTGTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAt < 2:1379115/101‑1 (MQ=255) tttttCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATg > 1:1572730/1‑101 (MQ=255) ttCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTc > 1:134425/1‑101 (MQ=255) ttCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTc < 2:58087/101‑1 (MQ=255) tCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCa < 1:1290309/101‑1 (MQ=255) aGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:1109787/101‑1 (MQ=255) aGATGCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 2:1074920/101‑1 (MQ=255) cACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGc > 2:841220/1‑101 (MQ=255) ccTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGccc > 1:390459/1‑101 (MQ=255) ccTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGccc < 2:1215658/101‑1 (MQ=255) aaGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGAc < 1:142463/101‑1 (MQ=255) cGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACttt < 1:207400/101‑1 (MQ=255) gATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTg > 2:1088698/1‑101 (MQ=255) aTAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt > 1:967662/1‑101 (MQ=255) aTAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt < 2:1107174/101‑1 (MQ=255) tAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTc < 2:1667238/101‑1 (MQ=255) tAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTc > 2:438278/1‑101 (MQ=255) aaGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCa > 1:1296436/1‑101 (MQ=255) aGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCAt < 2:967657/101‑1 (MQ=255) cccATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGc < 1:1664640/101‑1 (MQ=255) cATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAg < 1:535399/101‑1 (MQ=255) atgatgTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGc > 1:71246/1‑101 (MQ=255) atgatgTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGc > 1:1065313/1‑101 (MQ=255) tgatgTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCt > 1:49897/1‑101 (MQ=255) tgttgtAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCa < 2:775005/101‑1 (MQ=255) tgtAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCg > 1:276681/1‑101 (MQ=255) gtAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGa > 2:896612/1‑101 (MQ=255) aCAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGAttt < 2:528779/101‑1 (MQ=255) aCAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGAttt < 2:614710/101‑1 (MQ=255) ttGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGaa < 1:368636/101‑1 (MQ=255) tGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAAc > 2:1321666/1‑101 (MQ=255) tGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAAc > 1:185864/1‑101 (MQ=255) gCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACg < 2:659046/101‑1 (MQ=255) gCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACg > 2:903387/1‑101 (MQ=255) ccTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGa > 1:117422/1‑101 (MQ=255) cTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGAc > 2:1608052/1‑101 (MQ=40) ttACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACa < 2:1407332/101‑1 (MQ=40) ttACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCAACCGATTTTGAGAACGACa < 2:49897/101‑1 (MQ=255) tACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAg < 1:1266974/101‑1 (MQ=38) aCGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGc < 1:914565/101‑1 (MQ=38) aCGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGc > 1:490406/1‑101 (MQ=38) aTTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGAc < 2:1572724/101‑1 (MQ=33) tttttGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACt > 1:202740/1‑101 (MQ=32) tttttGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACt < 2:185864/101‑1 (MQ=32) | AGCACTTCAACTTCATGCGCCAGCCATAACGCTTTTTCCAGATTCACCTCACAAGCGATAAGCCCATGATGTTGTAACAAAGTTGCCTTACGATTTTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACT > REL606/2822088‑2822281 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |