| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 3,724,534 | C→T | 100% | G121S (GGT→AGT) | secB ← | export protein SecB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 3,724,534 | 0 | C | T | 92.6% | 423.3 / 16.7 | 143 | G121S (GGT→AGT) | secB | export protein SecB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/0); new base T (65/67); total (76/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.12e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
ACAGCGCATCGAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACCGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACGGGAACAGAATGT > REL606/3724486‑3724584 | aCAGCGCATCGAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACtgc < 1:6004004/51‑1 (MQ=255) cAGCGCATCGAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACtgcg < 1:7952716/51‑1 (MQ=255) cAGCGCATCGAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACtgcg > 1:3553232/1‑51 (MQ=255) cAGCGCATCGAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACtgcg > 1:8418800/1‑51 (MQ=255) aGCGCATCGAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCgg > 1:9328255/1‑51 (MQ=255) cgcATCGAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGa > 1:3479397/1‑51 (MQ=255) gcATCGAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGAt > 1:10043883/1‑51 (MQ=255) gcATCGAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGAt > 1:10320861/1‑51 (MQ=255) gcATCGAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACCGCGGGAt > 1:7519723/1‑51 (MQ=255) cATCGAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATa > 1:244786/1‑51 (MQ=255) cATCGAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATa > 1:1989470/1‑51 (MQ=255) cATCGAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATa < 1:5144793/51‑1 (MQ=255) aTCGAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATAc > 1:1500980/1‑51 (MQ=255) aTCGAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATAc > 1:3466983/1‑51 (MQ=255) aTCGAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATAc < 1:7249220/51‑1 (MQ=255) gAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCAt > 1:10921598/1‑51 (MQ=255) gAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCAt > 1:8372354/1‑51 (MQ=255) gAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCAt < 1:8706262/51‑1 (MQ=255) gAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCAt < 1:2271787/51‑1 (MQ=255) gAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACCGCGGGATACCAt > 1:3359958/1‑51 (MQ=255) gAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACCGCGGGATACCAt > 1:8033719/1‑51 (MQ=255) aaGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATg < 1:1034430/51‑1 (MQ=255) aaGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATg < 1:6601053/51‑1 (MQ=255) aaGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATg < 1:9611895/51‑1 (MQ=255) aaGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATg < 1:1287218/51‑1 (MQ=255) aaGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATg > 1:5506121/1‑51 (MQ=255) aGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGc > 1:7110419/1‑51 (MQ=255) aGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGc > 1:3026867/1‑51 (MQ=255) tAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTgg > 1:10359702/1‑51 (MQ=255) tAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTgg > 1:585069/1‑51 (MQ=255) tAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTgg < 1:4991908/51‑1 (MQ=255) tAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTgg < 1:3185900/51‑1 (MQ=255) tAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTgg < 1:9730239/51‑1 (MQ=255) tAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTgg < 1:6698852/51‑1 (MQ=255) aaCCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGt > 1:8760832/1‑51 (MQ=255) aaCCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACCGCGGGATACCATGCTGGt > 1:4117331/1‑51 (MQ=255) ccGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGa > 1:3795945/1‑51 (MQ=255) ccGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGa > 1:4832860/1‑51 (MQ=255) cGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGAt < 1:5117704/51‑1 (MQ=255) cGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGAt > 1:6600480/1‑51 (MQ=255) cGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGAt < 1:6016272/51‑1 (MQ=255) ggCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACCGCGGGATACCATGCTGGTGATg > 1:6132270/1‑51 (MQ=255) gcgcAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGc > 1:6830774/1‑51 (MQ=255) gcgcAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGc < 1:9146842/51‑1 (MQ=255) gcgcAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGc > 1:4326473/1‑51 (MQ=255) cgcAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCa > 1:10601664/1‑51 (MQ=255) gcAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCAc > 1:3267797/1‑51 (MQ=255) aaGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTc < 1:3171561/51‑1 (MQ=255) aaGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTc > 1:4786345/1‑51 (MQ=255) aaGGTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTc > 1:7821839/1‑51 (MQ=255) ggTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCAc < 1:9151784/51‑1 (MQ=255) ggTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCAc < 1:8871442/51‑1 (MQ=255) ggTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCAc > 1:10817803/1‑51 (MQ=255) ggTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCAc > 1:1067871/1‑51 (MQ=255) gTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACg > 1:10738289/1‑51 (MQ=255) gTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACg < 1:8183230/51‑1 (MQ=255) gTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACg < 1:5538166/51‑1 (MQ=255) gTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACg < 1:10118763/51‑1 (MQ=255) gTTCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACg < 1:2819875/51‑1 (MQ=255) ttCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGa < 1:1915151/51‑1 (MQ=255) ttCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGa < 1:4526804/51‑1 (MQ=255) ttCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGa < 1:10169538/51‑1 (MQ=255) ttCAGTTGCGGGAATGTACCGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGa > 1:9505299/1‑51 (MQ=255) tCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCa > 1:113560/1‑47 (MQ=255) tCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAg < 1:3028207/51‑1 (MQ=255) tCAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAg < 1:3782379/51‑1 (MQ=255) cAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGc > 1:9265930/1‑51 (MQ=255) cAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGc > 1:5063398/1‑51 (MQ=255) cAGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGc < 1:1387611/51‑1 (MQ=255) aGTTGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCa < 1:7572257/51‑1 (MQ=255) gTTGCGGGAATGTACCGCGGGATACCATGCTgg > 1:8680266/1‑33 (MQ=255) ttGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATa < 1:10028809/51‑1 (MQ=255) ttGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATa > 1:1578216/1‑51 (MQ=255) ttGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATa < 1:7849673/51‑1 (MQ=255) ttGCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATa > 1:9484191/1‑51 (MQ=255) gCGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACg > 1:2505363/1‑51 (MQ=255) cGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACgg > 1:6242792/1‑51 (MQ=255) cGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACgg < 1:7454026/51‑1 (MQ=255) cGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACgg < 1:526675/51‑1 (MQ=255) cGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACgg > 1:6188168/1‑51 (MQ=255) cGGGAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACgg < 1:7943065/51‑1 (MQ=255) gggAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACggg > 1:6430238/1‑51 (MQ=255) gggAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACggg > 1:5316233/1‑51 (MQ=255) gggAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACggg < 1:5274790/51‑1 (MQ=255) gggAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACggg > 1:9767145/1‑51 (MQ=255) gggAATGTACCGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACggg > 1:3641746/1‑51 (MQ=255) ggAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACGGGa > 1:6259834/1‑51 (MQ=255) ggAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACGGGa > 1:4818710/1‑51 (MQ=255) ggAATGTACCGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACGGGa > 1:4816546/1‑51 (MQ=255) gAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACGGGaa < 1:6901649/51‑1 (MQ=255) gAATGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACGGGaa < 1:1056563/51‑1 (MQ=255) aaTGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACGGGAAc < 1:9811702/51‑1 (MQ=255) aTGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACGGGAACa < 1:1863623/51‑1 (MQ=255) aTGTACTGCGGGATACCATACTGGTGATGCACTCACGAGCATACGGGAACa < 1:4546027/51‑1 (MQ=255) tGTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACGGGAACAg > 1:693714/1‑51 (MQ=255) gTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACGGGAACAGa < 1:2018159/51‑1 (MQ=255) gTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACGGGAACAGa > 1:10442197/1‑51 (MQ=255) gTACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACGGGAACAGa > 1:141000/1‑51 (MQ=255) tACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACGGGAACAGaa > 1:7657954/1‑51 (MQ=255) tACTGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACGGGAACAGaa > 1:6378489/1‑51 (MQ=255) | ACAGCGCATCGAAGTTAACCGGCGCAAGGTTCAGTTGCGGGAATGTACCGCGGGATACCATGCTGGTGATGCACTCACGAGCATACGGGAACAGAATGT > REL606/3724486‑3724584 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |