Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,536,881 | A→G | 100% | E148G (GAA→GGA) | yhhN → | conserved inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,536,881 | 0 | A | G | 100.0% | 372.2 / NA | 98 | E148G (GAA→GGA) | yhhN | conserved inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (45/53); total (45/53) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGAACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTG > REL606/3536833‑3536928 | tCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGAc > 1:7953759/1‑51 (MQ=255) cTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACt < 1:6779627/51‑1 (MQ=255) tGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCATGTGGACtg > 1:9256922/1‑51 (MQ=38) tGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACtg > 1:9289880/1‑51 (MQ=38) gCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACtg > 1:6046136/1‑50 (MQ=255) cACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACtgtg < 1:3350436/51‑1 (MQ=255) aCGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTgg < 1:2547403/51‑1 (MQ=255) aCGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTgg > 1:5120080/1‑51 (MQ=255) cGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTGGt > 1:3493535/1‑51 (MQ=38) gTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGtt > 1:9054154/1‑51 (MQ=255) gTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGtt < 1:5927009/51‑1 (MQ=255) gTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGtt > 1:5573176/1‑51 (MQ=255) tttATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGttc < 1:10290997/51‑1 (MQ=255) tttATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGtt > 1:5455953/1‑50 (MQ=255) tttATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGtt > 1:10065491/1‑50 (MQ=255) aTCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGttcttc > 1:9985752/1‑51 (MQ=255) aTCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGttctt < 1:10045497/50‑1 (MQ=255) tCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtcc < 1:10007435/51‑1 (MQ=255) tCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtcc > 1:10458840/1‑51 (MQ=255) tCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTgg > 1:8451194/1‑44 (MQ=38) cGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtccg < 1:10703184/51‑1 (MQ=255) cGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtcc > 1:8607749/1‑50 (MQ=255) cGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTGGTTCTtcc > 1:7731217/1‑50 (MQ=255) ggCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtccgt < 1:7303447/51‑1 (MQ=255) gCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTGGTTCTtccgtc > 1:9645858/1‑51 (MQ=39) cATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtccgtcc < 1:9242894/51‑1 (MQ=255) cATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtccgtcc < 1:8205103/51‑1 (MQ=255) cATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtccgtcc < 1:6737473/51‑1 (MQ=255) aTGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtccgtccg < 1:7868730/51‑1 (MQ=255) aTGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtccgtccg < 1:4850894/51‑1 (MQ=255) aTGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtccgtccg < 1:1534040/51‑1 (MQ=255) tGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGa < 1:2554592/51‑1 (MQ=255) tGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTGGTTCTtccgtc > 1:1664971/1‑48 (MQ=38) gACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGAc < 1:9472074/51‑1 (MQ=255) gACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGAc > 1:2469371/1‑51 (MQ=39) aCGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGAcc < 1:10148679/51‑1 (MQ=255) aCGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGAcc > 1:4107748/1‑51 (MQ=255) aCGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGAcc < 1:3911173/51‑1 (MQ=255) aCGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGAcc > 1:433433/1‑51 (MQ=39) cGCTGGTGATGGTGTGGCTGGTAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCg < 1:4995978/51‑1 (MQ=255) cGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCg < 1:4317625/51‑1 (MQ=255) cGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCg < 1:5525495/51‑1 (MQ=255) gCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGAcc > 1:6136695/1‑49 (MQ=255) gCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGc > 1:27970/1‑51 (MQ=255) gCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGGTCTTCCGTCCGACCGc > 1:10230975/1‑51 (MQ=39) cTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCt < 1:7302430/51‑1 (MQ=255) cTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCt > 1:2033392/1‑51 (MQ=255) tGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTc < 1:6646905/51‑1 (MQ=255) tGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTc > 1:2522764/1‑51 (MQ=255) ggTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTcc < 1:9899014/51‑1 (MQ=255) ggTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTcc < 1:3326545/51‑1 (MQ=255) gTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCg > 1:7949357/1‑51 (MQ=255) gTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCg < 1:4288864/51‑1 (MQ=255) gTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCg < 1:4219904/51‑1 (MQ=255) gTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCg < 1:3874430/51‑1 (MQ=255) tGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCgg > 1:4855530/1‑51 (MQ=255) gATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGgc < 1:4987533/51‑1 (MQ=255) gATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGgc < 1:7886876/51‑1 (MQ=255) gATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGgc < 1:8541448/51‑1 (MQ=255) gATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGgc > 1:2619396/1‑51 (MQ=255) gATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGgc > 1:9834339/1‑51 (MQ=255) aTGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGgcg < 1:9416703/51‑1 (MQ=255) ggTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGct > 1:4315314/1‑51 (MQ=255) gtgtGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTc > 1:10504139/1‑43 (MQ=255) tgtgGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGctct > 1:5170754/1‑51 (MQ=255) gtgGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGctctc > 1:8304352/1‑51 (MQ=255) gtgGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGctctc < 1:10535073/51‑1 (MQ=255) tggctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGctctct < 1:4283965/51‑1 (MQ=255) tggctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGctctct < 1:1481390/51‑1 (MQ=255) tggctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGctctct < 1:6906188/51‑1 (MQ=255) tggctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGctctct < 1:3936296/51‑1 (MQ=255) tggctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGctctct < 1:5139330/51‑1 (MQ=255) ggctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTg > 1:43765/1‑51 (MQ=255) gctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTg < 1:7938495/50‑1 (MQ=255) gctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGc < 1:2772953/51‑1 (MQ=255) gctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGc < 1:4188854/51‑1 (MQ=255) gctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGc < 1:3259410/51‑1 (MQ=255) ctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCg < 1:7687189/51‑1 (MQ=255) ctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCg > 1:10350317/1‑51 (MQ=255) ctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCg > 1:520268/1‑51 (MQ=255) tggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGt > 1:2215370/1‑51 (MQ=255) tggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGt < 1:9832687/51‑1 (MQ=255) tggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGt > 1:304171/1‑51 (MQ=255) tggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGt > 1:8055901/1‑51 (MQ=255) ggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGtt < 1:103394/51‑1 (MQ=255) ggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGtt < 1:103393/51‑1 (MQ=255) gcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGttt < 1:965767/51‑1 (MQ=255) gcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGttt < 1:8934791/51‑1 (MQ=255) gcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGttt > 1:2351217/1‑51 (MQ=255) cAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttg > 1:3489160/1‑51 (MQ=255) cAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttg < 1:9174772/51‑1 (MQ=255) aGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgt > 1:8271896/1‑51 (MQ=255) aGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgt > 1:9254124/1‑51 (MQ=255) ggTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgtt > 1:8311869/1‑51 (MQ=255) gTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgttg > 1:43964/1‑51 (MQ=255) gTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgttg < 1:5185389/51‑1 (MQ=255) gTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgttg < 1:7346621/51‑1 (MQ=255) gTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgttg < 1:2219421/51‑1 (MQ=255) | TCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGAACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTG > REL606/3536833‑3536928 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |