Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 3,536,881 A→G 100% E148G (GAA→GGA)  yhhN → conserved inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*REL6063,536,8810AG100.0% 372.2 / NA 98E148G (GAA→GGA) yhhNconserved inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (45/53);  total (45/53)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

TCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGAACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTG  >  REL606/3536833‑3536928
                                                |                                               
tCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGAc                                               >  1:7953759/1‑51 (MQ=255)
 cTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACt                                              <  1:6779627/51‑1 (MQ=255)
  tGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCATGTGGACtg                                             >  1:9256922/1‑51 (MQ=38)
  tGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACtg                                             >  1:9289880/1‑51 (MQ=38)
   gCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACtg                                             >  1:6046136/1‑50 (MQ=255)
    cACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACtgtg                                           <  1:3350436/51‑1 (MQ=255)
     aCGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTgg                                          <  1:2547403/51‑1 (MQ=255)
     aCGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTgg                                          >  1:5120080/1‑51 (MQ=255)
      cGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTGGt                                         >  1:3493535/1‑51 (MQ=38)
       gTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGtt                                        >  1:9054154/1‑51 (MQ=255)
       gTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGtt                                        <  1:5927009/51‑1 (MQ=255)
       gTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGtt                                        >  1:5573176/1‑51 (MQ=255)
        tttATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGttc                                       <  1:10290997/51‑1 (MQ=255)
        tttATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGtt                                        >  1:5455953/1‑50 (MQ=255)
        tttATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGtt                                        >  1:10065491/1‑50 (MQ=255)
           aTCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGttcttc                                    >  1:9985752/1‑51 (MQ=255)
           aTCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGttctt                                     <  1:10045497/50‑1 (MQ=255)
            tCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtcc                                   <  1:10007435/51‑1 (MQ=255)
            tCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtcc                                   >  1:10458840/1‑51 (MQ=255)
            tCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTgg                                          >  1:8451194/1‑44 (MQ=38)
             cGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtccg                                  <  1:10703184/51‑1 (MQ=255)
             cGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtcc                                   >  1:8607749/1‑50 (MQ=255)
             cGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTGGTTCTtcc                                   >  1:7731217/1‑50 (MQ=255)
              ggCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtccgt                                 <  1:7303447/51‑1 (MQ=255)
               gCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTGGTTCTtccgtc                                >  1:9645858/1‑51 (MQ=39)
                cATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtccgtcc                               <  1:9242894/51‑1 (MQ=255)
                cATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtccgtcc                               <  1:8205103/51‑1 (MQ=255)
                cATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtccgtcc                               <  1:6737473/51‑1 (MQ=255)
                 aTGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtccgtccg                              <  1:7868730/51‑1 (MQ=255)
                 aTGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtccgtccg                              <  1:4850894/51‑1 (MQ=255)
                 aTGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTtccgtccg                              <  1:1534040/51‑1 (MQ=255)
                  tGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGa                             <  1:2554592/51‑1 (MQ=255)
                  tGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTGGTTCTtccgtc                                >  1:1664971/1‑48 (MQ=38)
                   gACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGAc                            <  1:9472074/51‑1 (MQ=255)
                   gACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGAc                            >  1:2469371/1‑51 (MQ=39)
                    aCGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGAcc                           <  1:10148679/51‑1 (MQ=255)
                    aCGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGAcc                           >  1:4107748/1‑51 (MQ=255)
                    aCGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGAcc                           <  1:3911173/51‑1 (MQ=255)
                    aCGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGAcc                           >  1:433433/1‑51 (MQ=39)
                     cGCTGGTGATGGTGTGGCTGGTAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCg                          <  1:4995978/51‑1 (MQ=255)
                     cGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCg                          <  1:4317625/51‑1 (MQ=255)
                     cGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCg                          <  1:5525495/51‑1 (MQ=255)
                      gCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGAcc                           >  1:6136695/1‑49 (MQ=255)
                      gCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGc                         >  1:27970/1‑51 (MQ=255)
                      gCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGGTCTTCCGTCCGACCGc                         >  1:10230975/1‑51 (MQ=39)
                       cTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCt                        <  1:7302430/51‑1 (MQ=255)
                       cTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCt                        >  1:2033392/1‑51 (MQ=255)
                        tGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTc                       <  1:6646905/51‑1 (MQ=255)
                        tGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTc                       >  1:2522764/1‑51 (MQ=255)
                         ggTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTcc                      <  1:9899014/51‑1 (MQ=255)
                         ggTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTcc                      <  1:3326545/51‑1 (MQ=255)
                          gTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCg                     >  1:7949357/1‑51 (MQ=255)
                          gTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCg                     <  1:4288864/51‑1 (MQ=255)
                          gTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCg                     <  1:4219904/51‑1 (MQ=255)
                          gTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCg                     <  1:3874430/51‑1 (MQ=255)
                           tGATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCgg                    >  1:4855530/1‑51 (MQ=255)
                            gATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGgc                   <  1:4987533/51‑1 (MQ=255)
                            gATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGgc                   <  1:7886876/51‑1 (MQ=255)
                            gATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGgc                   <  1:8541448/51‑1 (MQ=255)
                            gATGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGgc                   >  1:2619396/1‑51 (MQ=255)
                            gATGGTGTGGCTGGCAGGGGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGgc                   >  1:9834339/1‑51 (MQ=255)
                             aTGGTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGgcg                  <  1:9416703/51‑1 (MQ=255)
                               ggTGTGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGct                >  1:4315314/1‑51 (MQ=255)
                                gtgtGGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTc                       >  1:10504139/1‑43 (MQ=255)
                                 tgtgGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGctct              >  1:5170754/1‑51 (MQ=255)
                                  gtgGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGctctc             >  1:8304352/1‑51 (MQ=255)
                                  gtgGCTGGCAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGctctc             <  1:10535073/51‑1 (MQ=255)
                                   tggctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGctctct            <  1:4283965/51‑1 (MQ=255)
                                   tggctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGctctct            <  1:1481390/51‑1 (MQ=255)
                                   tggctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGctctct            <  1:6906188/51‑1 (MQ=255)
                                   tggctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGctctct            <  1:3936296/51‑1 (MQ=255)
                                   tggctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGctctct            <  1:5139330/51‑1 (MQ=255)
                                    ggctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTg           >  1:43765/1‑51 (MQ=255)
                                     gctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTg           <  1:7938495/50‑1 (MQ=255)
                                     gctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGc          <  1:2772953/51‑1 (MQ=255)
                                     gctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGc          <  1:4188854/51‑1 (MQ=255)
                                     gctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGc          <  1:3259410/51‑1 (MQ=255)
                                      ctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCg         <  1:7687189/51‑1 (MQ=255)
                                      ctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCg         >  1:10350317/1‑51 (MQ=255)
                                      ctggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCg         >  1:520268/1‑51 (MQ=255)
                                       tggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGt        >  1:2215370/1‑51 (MQ=255)
                                       tggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGt        <  1:9832687/51‑1 (MQ=255)
                                       tggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGt        >  1:304171/1‑51 (MQ=255)
                                       tggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGt        >  1:8055901/1‑51 (MQ=255)
                                        ggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGtt       <  1:103394/51‑1 (MQ=255)
                                        ggcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGtt       <  1:103393/51‑1 (MQ=255)
                                         gcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGttt      <  1:965767/51‑1 (MQ=255)
                                         gcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGttt      <  1:8934791/51‑1 (MQ=255)
                                         gcAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGttt      >  1:2351217/1‑51 (MQ=255)
                                          cAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttg     >  1:3489160/1‑51 (MQ=255)
                                          cAGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttg     <  1:9174772/51‑1 (MQ=255)
                                           aGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgt    >  1:8271896/1‑51 (MQ=255)
                                           aGGTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgt    >  1:9254124/1‑51 (MQ=255)
                                            ggTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgtt   >  1:8311869/1‑51 (MQ=255)
                                             gTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgttg  >  1:43964/1‑51 (MQ=255)
                                             gTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgttg  <  1:5185389/51‑1 (MQ=255)
                                             gTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgttg  <  1:7346621/51‑1 (MQ=255)
                                             gTGGACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTttgttg  <  1:2219421/51‑1 (MQ=255)
                                                |                                               
TCTGCACGTTTATCGGCATGACGCTGGTGATGGTGTGGCTGGCAGGTGAACTGTGGTTCTTCCGTCCGACCGCTCCGGCGCTCTCTGCGTTTGTTG  >  REL606/3536833‑3536928

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: