BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	REL606	3,312,775	G→A	100%	R59H (CGC→CAC)	argR →	arginine repressor

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	REL606	3,312,775	0	G	A	100.0%	457.8 / NA	131	R59H (CGC→CAC)	argR	arginine repressor
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (57/74); total (57/74)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

Only 100 of 137 total aligned reads displayed.

AGTCTAAAGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACGCAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTGAACTGGGTG  >  REL606/3312727‑3312822

aGTCTAAAGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTAcacaca                                               <  1:218102/51‑1 (MQ=255)

aGTCTAAAGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTAcacaca                                               <  1:5317578/51‑1 (MQ=255)

aGTCTAAAGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTAcacaca                                               <  1:5236256/51‑1 (MQ=255)

 gTCTAAAGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACaa                                              >  1:5389379/1‑51 (MQ=255)

  tCTAAAGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAAt                                             <  1:4617245/51‑1 (MQ=255)

  tCTAAAGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAAt                                             >  1:367958/1‑51 (MQ=255)

  tCTAAAGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAAt                                             >  1:7081218/1‑51 (MQ=255)

  tCTAAAGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAAt                                             <  1:1602386/51‑1 (MQ=255)

  tCTAAAGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAAt                                             >  1:1370650/1‑51 (MQ=255)

    tAAAGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGc                                           <  1:9427108/51‑1 (MQ=255)

    tAAAGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGc                                           <  1:10667569/51‑1 (MQ=255)

     aaaGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGcc                                          <  1:1326586/51‑1 (MQ=255)

     aaaGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGcc                                          <  1:8868626/51‑1 (MQ=255)

     aaaGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGcc                                          >  1:4474587/1‑51 (MQ=255)

     aaaGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGcc                                          >  1:9047663/1‑51 (MQ=255)

     aaaGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGcc                                          >  1:5027645/1‑51 (MQ=255)

      aaGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCa                                         <  1:6767956/51‑1 (MQ=255)

      aaGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCa                                         >  1:4072948/1‑51 (MQ=255)

       aGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCaa                                        >  1:10909469/1‑51 (MQ=255)

        gTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCaaa                                       <  1:2117700/51‑1 (MQ=255)

        gTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCaaa                                       >  1:18963/1‑51 (MQ=255)

         tctcGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCaaaa                                      >  1:5661647/1‑51 (MQ=255)

         tctcGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCaaaa                                      >  1:3095788/1‑51 (MQ=255)

          ctcGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAaaat                                     >  1:2774093/1‑51 (MQ=255)

          ctcGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAaaat                                     >  1:6661385/1‑51 (MQ=255)

           tcGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAaaatg                                    <  1:9363929/51‑1 (MQ=255)

           tcGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAaaatg                                    <  1:1441282/51‑1 (MQ=255)

           tcGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAaaatg                                    >  1:761766/1‑51 (MQ=255)

             gcgGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAaaatgga                                  >  1:334889/1‑51 (MQ=255)

              cgGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAaaatggaa                                 >  1:9415122/1‑51 (MQ=255)

               ggATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAaaatggaaa                                <  1:9301502/51‑1 (MQ=255)

               ggATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAaaatggaaa                                <  1:7980774/51‑1 (MQ=255)

               ggATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAaaatggaaa                                <  1:9473192/51‑1 (MQ=255)

                gATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAaaatggaaat                               <  1:176553/51‑1 (MQ=255)

                gATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAaaatggaaat                               >  1:4060180/1‑51 (MQ=255)

                 aTGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAaaatggaaatg                              <  1:1702109/51‑1 (MQ=255)

                 aTGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAaaatggaaatg                              <  1:745482/51‑1 (MQ=255)

                  tGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAaaatggaaatgg                             <  1:5658365/51‑1 (MQ=255)

                  tGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAaaatggaaatgg                             >  1:1044036/1‑51 (MQ=255)

                  tGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAaaatggaaatgg                             <  1:6088152/51‑1 (MQ=255)

                  tGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAaaatggaaatgg                             <  1:10177270/51‑1 (MQ=255)

                    ttGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGtt                           >  1:10292393/1‑51 (MQ=255)

                     tGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGttt                          >  1:8401023/1‑51 (MQ=255)

                     tGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGttt                          <  1:7960227/51‑1 (MQ=255)

                     tGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGttt                          >  1:4785287/1‑51 (MQ=255)

                     tGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGttt                          <  1:2176774/51‑1 (MQ=255)

                     tGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGttt                          <  1:10379026/51‑1 (MQ=255)

                      gACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTa                         <  1:2705851/51‑1 (MQ=255)

                      gACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTa                         >  1:6973757/1‑51 (MQ=255)

                       aCCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTAc                        <  1:10698524/51‑1 (MQ=255)

                       aCCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTAc                        <  1:2009839/51‑1 (MQ=255)

                       aCCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTAc                        <  1:10175278/51‑1 (MQ=255)

                        ccAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTAct                       <  1:6987890/51‑1 (MQ=255)

                         cAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTActg                      <  1:801776/51‑1 (MQ=255)

                         cAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTActg                      <  1:857178/51‑1 (MQ=255)

                         cAAGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTAcng                      <  1:3681188/51‑1 (MQ=255)

                          aaGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTActgc                     <  1:1632351/51‑1 (MQ=255)

                           aGTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTActgcc                    <  1:5866476/51‑1 (MQ=255)

                           aGTTTGGTGCTGTACGTACACACAAAGCCAAAATGGAAATGGTTTActgcc                    >  1:8268682/1‑51 (MQ=255)

                            gTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTActgcct                   <  1:3285710/51‑1 (MQ=255)

                            gTTTGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTActgcct                   <  1:6585160/51‑1 (MQ=255)

                             tttGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTActgcctg                  >  1:4837364/1‑51 (MQ=255)

                             tttGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTActgcctg                  <  1:5724502/51‑1 (MQ=255)

                             tttGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTActgcctg                  >  1:9904386/1‑51 (MQ=255)

                             tttGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTActgcctg                  <  1:9821731/51‑1 (MQ=255)

                             tttGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTActgcctg                  <  1:5256333/51‑1 (MQ=255)

                             tttGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTActgcctg                  >  1:2516803/1‑51 (MQ=255)

                              ttGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTActgcctgc                 >  1:7816277/1‑51 (MQ=255)

                               tGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCt                <  1:10365386/51‑1 (MQ=255)

                               tGGTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCt                >  1:1481195/1‑51 (MQ=255)

                                ggTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTa               <  1:1849247/51‑1 (MQ=255)

                                ggTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTa               <  1:10782634/51‑1 (MQ=255)

                                ggTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTa               >  1:5982751/1‑51 (MQ=255)

                                ggTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTa               <  1:2531637/51‑1 (MQ=255)

                                ggTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTa               <  1:2052513/51‑1 (MQ=255)

                                ggTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTa               <  1:9587560/51‑1 (MQ=255)

                                 gTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAg              <  1:4885505/51‑1 (MQ=255)

                                 gTGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAg              <  1:9697758/51‑1 (MQ=255)

                                  tGCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGc             >  1:8412489/1‑51 (MQ=255)

                                   gCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCt            <  1:7771049/51‑1 (MQ=255)

                                   gCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCt            <  1:8835917/51‑1 (MQ=255)

                                   gCTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCt            >  1:9527553/1‑51 (MQ=255)

                                    cTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTg           <  1:9662207/51‑1 (MQ=255)

                                    cTGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTg           <  1:1707014/51‑1 (MQ=255)

                                     tGTACGTACACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTGa          >  1:3274945/1‑51 (MQ=255)

                                      gtacgtgcACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTGaa         >  1:4582141/1‑51 (MQ=255)

                                      gtacgtacACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTGaa         <  1:9088694/51‑1 (MQ=255)

                                       tacgtacACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTGAAc        >  1:2036099/1‑51 (MQ=255)

                                       tacgtacACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTGAAc        >  1:7438344/1‑51 (MQ=255)

                                        acgtacACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTGaaat       <  1:2651399/51‑3 (MQ=255)

                                        acgtacACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTGAACt       <  1:9918575/51‑1 (MQ=255)

                                        acgtacACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTGAACt       <  1:37192/51‑1 (MQ=255)

                                        acgtacACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTGAACt       <  1:625586/51‑1 (MQ=255)

                                         cgtacACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTGAACTg      <  1:2036493/51‑1 (MQ=255)

                                          gtacACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTGAACTgg     >  1:1816071/1‑51 (MQ=255)

                                          gtacACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTGAACTgg     >  1:8578008/1‑51 (MQ=255)

                                           tacACACAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTGAACTggg    >  1:2261419/1‑51 (MQ=255)

                                            acacacAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTGAACTGGgt   <  1:6299949/51‑1 (MQ=255)

                                            acacacAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTGAACTGGgt   <  1:304258/51‑1 (MQ=255)

                                             cacacaATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTGAACTGGgtg  >  1:10623065/1‑51 (MQ=255)

AGTCTAAAGTCTCGCGGATGTTGACCAAGTTTGGTGCTGTACGTACACGCAATGCCAAAATGGAAATGGTTTACTGCCTGCTAGCTGAACTGGGTG  >  REL606/3312727‑3312822

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 31 ≤` `ATCG/ATCG` `< 34 ≤` `ATCG/ATCG` `< 38 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`