| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 735,660 | T→A | 100% | intergenic (‑401/‑308) | gltA ← / → sdhC | citrate synthase/succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 735,660 | 0 | T | A | 100.0% | 434.3 / NA | 125 | intergenic (‑401/‑308) | gltA/sdhC | citrate synthase/succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (92/33); total (92/33) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
AATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGTGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGT > REL606/735612‑735707 | aaTGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCgaga < 1:10047114/51‑1 (MQ=255)aaTGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCgaga < 1:10500274/51‑1 (MQ=255)aaTGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCgaga > 1:3093394/1‑51 (MQ=255) aTGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGAc > 1:3780365/1‑51 (MQ=255) aTGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGAc < 1:5154396/51‑1 (MQ=255) tGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGAcc < 1:6199657/51‑1 (MQ=255) tGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGAcc < 1:10596703/51‑1 (MQ=255) gATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCt > 1:7461701/1‑51 (MQ=255) atagTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTa > 1:850039/4‑51 (MQ=255) aTTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTa > 1:128117/1‑51 (MQ=255) aTTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTa > 1:850041/1‑51 (MQ=255) ttGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAg > 1:1666722/1‑51 (MQ=255) ttGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAg > 1:1099000/1‑51 (MQ=255) ttGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAg > 1:7819668/1‑51 (MQ=255) ttGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAg > 1:4370455/1‑51 (MQ=255) tGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGa > 1:7100694/1‑51 (MQ=255) gTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGAt < 1:2981025/51‑1 (MQ=255) gTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGAt > 1:3982713/1‑51 (MQ=255) tCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCt > 1:9386772/1‑46 (MQ=255) cAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCa > 1:2731072/1‑51 (MQ=255) cAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCa < 1:5357634/51‑1 (MQ=255) aaaTTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCAc > 1:8409544/1‑51 (MQ=255) aaTTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACt > 1:3135641/1‑51 (MQ=255) aaTTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACt < 1:1782810/51‑1 (MQ=255) aTTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTg < 1:3900937/51‑1 (MQ=255) aTTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTg > 1:4199072/1‑51 (MQ=255) ttAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGt > 1:3772895/1‑51 (MQ=255) ttAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGt > 1:2207487/1‑51 (MQ=255) ttAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGt > 1:1236850/1‑51 (MQ=255) ttAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGt > 1:6059318/1‑51 (MQ=255) tAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGtt < 1:7871808/51‑1 (MQ=255) tAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGtt > 1:2840924/1‑51 (MQ=255) tAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGtt < 1:8490868/51‑1 (MQ=255) aGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTc > 1:8800713/1‑51 (MQ=255) gatgatTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCa > 1:5795714/1‑51 (MQ=255) tgatTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAgg < 1:7215027/51‑1 (MQ=255) tgatTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAgg > 1:3419639/1‑51 (MQ=255) tgatTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAgg > 1:102424/1‑51 (MQ=255) atTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGAt < 1:8014624/51‑1 (MQ=255) ttAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATa < 1:34437/51‑1 (MQ=255) ttAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATa < 1:4871036/51‑1 (MQ=255) ttAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATa > 1:2828675/1‑51 (MQ=255) ttAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATa > 1:4027189/1‑51 (MQ=255) tAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATaa < 1:4198983/51‑1 (MQ=255) tAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATaa > 1:4567358/1‑51 (MQ=255) tAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATaa < 1:4690107/51‑1 (MQ=255) tAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATaa > 1:7820355/1‑51 (MQ=255) tAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATaa > 1:222114/1‑51 (MQ=255) tAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATaa > 1:9441622/1‑51 (MQ=255) aaaaaTTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATaaa > 1:10796764/1‑51 (MQ=255) aaaaaTTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATaaa < 1:3189989/51‑1 (MQ=255) aaaaTTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATaaaa > 1:1826318/1‑51 (MQ=255) aaaaTTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATaaaa > 1:4225039/1‑51 (MQ=255) aaaaTTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATaaaa < 1:4970828/51‑1 (MQ=255) aaaaTTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATaaaa > 1:7669381/1‑51 (MQ=255) aaaTTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAAc > 1:4811124/1‑51 (MQ=255) aaTTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAAcc < 1:4697450/51‑1 (MQ=255) aaTTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAAcc > 1:9175323/1‑51 (MQ=255) aaTTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAAcc > 1:2472634/1‑51 (MQ=255) aTTAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAAccc > 1:1169188/1‑51 (MQ=255) ttAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCg > 1:4407300/1‑51 (MQ=255) ttAAATAAATGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCg > 1:5276548/1‑51 (MQ=255) taaataaaTGTTGTTATCGAGCCCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCg < 1:7355551/50‑1 (MQ=255) taaataaaTGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGa > 1:1873517/1‑51 (MQ=255) aaataaatGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGAc > 1:9067335/1‑51 (MQ=255) aaataaatGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGAc > 1:5996456/1‑51 (MQ=255) aataaatGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACa > 1:6844182/1‑51 (MQ=255) ataaatGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACaa > 1:4002657/1‑51 (MQ=255) ataaatGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACaa > 1:6522076/1‑51 (MQ=255) taaatGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACaaa > 1:1019515/1‑51 (MQ=255) taaatGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACaaa < 1:8740885/51‑1 (MQ=255) taaatGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACaaa > 1:2152621/1‑51 (MQ=255) taaatGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACaaa > 1:6566273/1‑51 (MQ=255) aaatGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAAc > 1:9097032/1‑51 (MQ=255) aaatGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAAc > 1:8252767/1‑51 (MQ=255) aaatGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAAc > 1:8976146/1‑51 (MQ=255) atGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACta > 1:6712786/1‑51 (MQ=255) atGTTGTTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACta > 1:1273236/1‑51 (MQ=255) tgttgtTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACtat < 1:2831101/51‑1 (MQ=255) tgttgtTATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACtat > 1:10483740/1‑51 (MQ=255) gttgttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACtata > 1:7631400/1‑51 (MQ=255) ttgttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTatat > 1:935793/1‑51 (MQ=255) ttgttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTatat > 1:2759967/1‑51 (MQ=255) tgttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATg > 1:7268031/1‑51 (MQ=255) tgttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATg > 1:4356958/1‑51 (MQ=255) tgttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATg > 1:4506832/1‑51 (MQ=255) tgttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATg < 1:10246019/51‑1 (MQ=255) gttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGt > 1:5014870/1‑51 (MQ=255) ttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTa > 1:6540681/1‑51 (MQ=255) ttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTa > 1:9271123/1‑51 (MQ=255) ttATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTa < 1:3256876/51‑1 (MQ=255) tATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAg > 1:8481575/1‑51 (MQ=255) tATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAg < 1:3292315/51‑1 (MQ=255) tATCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAg > 1:3482110/1‑51 (MQ=255) aTCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAgg < 1:8846724/51‑1 (MQ=255) aTCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAgg > 1:9203469/1‑51 (MQ=255) aTCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAgg > 1:4514212/1‑51 (MQ=255) tCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGt > 1:3220083/1‑51 (MQ=255) tCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGt > 1:6767331/1‑51 (MQ=255) tCGAGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGt > 1:3753034/1‑51 (MQ=255) | AATGATTGTCAAATTAGATGATTAAAAATTAAATAAATGTTGTTATCGTGACCTAGATCACTGTTCAGGATAAAACCCGACAAACTATATGTAGGT > REL606/735612‑735707 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |