Missing coverage evidence...
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GCTCATAACCCGAAGGTCGTCGGTTCAAATCCGGCCCCCGCAACCAATTATTGAACACCCTAACGGGTGTTTT  >  REL606/2842257‑2842329                       |                                                   gCTCATAACCCGAAGGTCGTCGGTTCAAATCCGGCCCTCGCAACCAattat                        >  1:5542523/1‑51 (MQ=9) gCTCATAACCCGAAGGTCGTCGGTTCAAATCCGGCCCCCGCAACCAattat                        <  1:7326503/51‑1 (MQ=31)  cTCATAACCCGAAGGTCGTCGGTTCAAATCCGGCCCCCGCAACCAattatt                       <  1:2706052/51‑1 (MQ=33)  cTCATAACCCGAAGGTCGTCGGTTCAAATCCGGCCCCCGCAACCAattatt                       <  1:10454537/51‑1 (MQ=33)   tCATAACCCGAAGGTCGTCGGTTCAAATCCGGCCCCCGCAACCAATTATTg                      <  1:10818241/51‑1 (MQ=35)   tCATAACCCGAAGGTCGTCGGTTCAAATCCGGCCCCCGCAACCAATTATTg                      <  1:5013829/51‑1 (MQ=35)    cATAACCCGAAGGTCGTCGGTTCAAATCCGGCCCCCGCAACCAATTATTGa                     <  1:9410895/51‑1 (MQ=38)    cATAACCCGAAGGTCGTCGGTTCAAATCCGGCCCCCGCAACCAATTATTGa                     <  1:1870004/51‑1 (MQ=38) 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GCTCATAACCCGAAGGTCGTCGGTTCAAATCCGGCCCCCGCAACCAATTATTGAACACCCTAACGGGTGTTTT  >  REL606/2842257‑2842329

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑