BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	REL606	4,459,658	A→G	P315P (CCA→CCG)	yjgL →	hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	REL606	4,459,658	0	A	G	100.0%	406.4 / NA	105	P315P (CCA→CCG)	yjgL	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (56/49); total (56/49)

Only 100 of 112 total aligned reads displayed.

CCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGAAT  >  REL606/4459610‑4459705

ccTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCgta                                               <  1:5536979/51‑1 (MQ=255)

 cTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCgtat                                              <  1:2855901/51‑1 (MQ=255)

 cTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCgtat                                              >  1:753927/1‑51 (MQ=255)

  ttACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCgtata                                             <  1:6787459/51‑1 (MQ=255)

  ttACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCgtata                                             <  1:3863100/51‑1 (MQ=255)

  ttACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCgtata                                             <  1:202619/51‑1 (MQ=255)

   tACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCgtatat                                            <  1:867815/51‑1 (MQ=255)

    acacCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATAtt                                           <  1:6811410/51‑1 (MQ=255)

     cacCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTa                                          <  1:5545902/51‑1 (MQ=255)

     cacCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTa                                          <  1:6970316/51‑1 (MQ=255)

     cacCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTa                                          <  1:744390/51‑1 (MQ=255)

      acCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTaa                                         >  1:3537391/1‑51 (MQ=255)

       ccGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAat                                        <  1:1896506/51‑1 (MQ=255)

        cGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAatg                                       >  1:6486761/1‑51 (MQ=255)

        cGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAatg                                       >  1:7293729/1‑51 (MQ=255)

        cGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAatg                                       >  1:6477779/1‑51 (MQ=255)

        cGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAatg                                       >  1:4366073/1‑51 (MQ=255)

        cGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAatg                                       <  1:6062776/51‑1 (MQ=255)

         ggTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAatga                                      <  1:823869/51‑1 (MQ=255)

         ggTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAatga                                      <  1:6489759/51‑1 (MQ=255)

         ggTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAatga                                      >  1:502059/1‑51 (MQ=255)

          gTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAatgat                                     <  1:3381981/51‑1 (MQ=255)

          gTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAatgat                                     >  1:7040627/1‑51 (MQ=255)

           tCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAatgatg                                    <  1:2703346/51‑1 (MQ=255)

            cATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGt                                   >  1:3948648/1‑51 (MQ=255)

             aTCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTa                                  >  1:2167150/1‑51 (MQ=255)

             aTCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTa                                  >  1:7265719/1‑51 (MQ=255)

             aTCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTa                                  <  1:5249996/51‑1 (MQ=255)

              tcgattcgatTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTaa                                 >  1:1702878/1‑51 (MQ=255)

                gattcgattcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGa                               >  1:15469/1‑51 (MQ=255)

                gattcgattcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGa                               >  1:1365405/1‑51 (MQ=255)

                gattcgattcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGa                               <  1:1093459/51‑1 (MQ=255)

                gattcgattcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGa                               >  1:6582356/1‑51 (MQ=255)

                gattcgattcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGa                               >  1:1595185/1‑51 (MQ=255)

                 attcgattcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGaa                              >  1:2679990/1‑51 (MQ=255)

                 attcgattcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGaa                              <  1:626228/51‑1 (MQ=255)

                 attcgattcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGaa                              >  1:2495821/1‑51 (MQ=255)

                  ttcgattcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAAt                             >  1:6278362/1‑51 (MQ=255)

                  ttcgattcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAAt                             <  1:1689699/51‑1 (MQ=255)

                  ttcgattcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAAt                             >  1:1548253/1‑51 (MQ=255)

                   tcgattcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAAt                             <  1:6217551/50‑1 (MQ=255)

                   tcgattcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATa                            >  1:7283564/1‑51 (MQ=255)

                    cgattcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATAc                           <  1:1736178/51‑1 (MQ=255)

                     gattcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACt                          <  1:3589706/51‑1 (MQ=255)

                      attcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTg                         <  1:5671639/51‑1 (MQ=255)

                      attcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTg                         <  1:197181/51‑1 (MQ=255)

                       ttcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTgg                        <  1:7091366/51‑1 (MQ=255)

                       ttcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTgg                        <  1:4884776/51‑1 (MQ=255)

                       ttcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTgg                        >  1:5736653/1‑51 (MQ=255)

                        tcTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGa                       <  1:6275546/51‑1 (MQ=255)

                         cTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGAt                      <  1:816821/51‑1 (MQ=255)

                         cTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGAt                      >  1:7140073/1‑51 (MQ=255)

                         cTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGAt                      <  1:5520559/51‑1 (MQ=255)

                         cTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGAt                      >  1:4908114/1‑51 (MQ=255)

                          tGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGAtt                     >  1:2216463/1‑51 (MQ=255)

                          tGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGAtt                     >  1:2652778/1‑51 (MQ=255)

                          tGGAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGAtt                     <  1:793946/51‑1 (MQ=255)

                           ggAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTg                    >  1:5507070/1‑51 (MQ=255)

                           ggAGACTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTg                    >  1:5319461/1‑51 (MQ=255)

                             agaCTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGgt                  >  1:4601791/1‑51 (MQ=255)

                             agaCTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGgt                  >  1:1127351/1‑51 (MQ=255)

                              gaCTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGgtg                 >  1:4850765/1‑51 (MQ=255)

                              gaCTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGgtg                 >  1:6431262/1‑51 (MQ=255)

                              gaCTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGgtg                 >  1:7140871/1‑51 (MQ=255)

                                cTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGtt               <  1:2388979/51‑1 (MQ=255)

                                cTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGtt               >  1:18695/1‑51 (MQ=255)

                                cTTTTTTAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGtt               >  1:1329934/1‑51 (MQ=255)

                                 ttttttAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGttt              <  1:3949361/51‑1 (MQ=255)

                                 ttttttAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGttt              <  1:4285465/51‑1 (MQ=255)

                                  tttttAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGtttt             >  1:794011/1‑51 (MQ=255)

                                  tttttAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGtttt             <  1:3930599/51‑1 (MQ=255)

                                  tttttAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGtttt             <  1:1009251/51‑1 (MQ=255)

                                    tttAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTtaa           >  1:5221701/1‑51 (MQ=255)

                                    tttAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTtaa           <  1:3770331/51‑1 (MQ=255)

                                    tttAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTtaa           >  1:3624413/1‑51 (MQ=255)

                                    tttAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTtaa           <  1:1667721/51‑1 (MQ=255)

                                    tttAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTtaa           <  1:202949/51‑1 (MQ=255)

                                    tttAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTtaa           <  1:2083506/51‑1 (MQ=255)

                                    tttAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTtaa           <  1:1504109/51‑1 (MQ=255)

                                    tttAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTtaa           <  1:3972577/51‑1 (MQ=255)

                                     ttAAAATCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTtaat          >  1:5584273/1‑51 (MQ=255)

                                       aaaaTCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTtaataa        >  1:3600963/1‑51 (MQ=255)

                                       aaaaTCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTtaataa        >  1:2675122/1‑51 (MQ=255)

                                       aaaaTCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTtaataa        >  1:1797/1‑51 (MQ=255)

                                       aaaaTCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTtaataa        <  1:2301151/51‑1 (MQ=255)

                                       aaaaTCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTtaataa        >  1:4344157/1‑51 (MQ=255)

                                        aaaTCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATaaa       <  1:6116770/51‑1 (MQ=255)

                                        aaaTCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATaaa       <  1:337993/51‑1 (MQ=255)

                                         aaTCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATaaaa      >  1:4817939/1‑51 (MQ=255)

                                          aTCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAGTAAAAg     >  1:6485282/1‑51 (MQ=39)

                                          aTCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAg     <  1:5373325/51‑1 (MQ=255)

                                           tCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGa    <  1:355392/51‑1 (MQ=255)

                                           tCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGa    <  1:1957226/51‑1 (MQ=255)

                                           tCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGa    <  1:6075533/51‑1 (MQ=255)

                                           tCCCCGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGa    >  1:2147593/1‑51 (MQ=255)

                                            ccccGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGaa   >  1:1879642/1‑51 (MQ=255)

                                            ccccGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGaa   >  1:2764715/1‑51 (MQ=255)

                                            ccccGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGaa   <  1:840088/51‑1 (MQ=255)

                                             cccGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGAAt  >  1:6015148/1‑51 (MQ=255)

                                             cccGTATATTAATGATGTAAGAATACTGGAATGGTGTTTTAATAAAAGAAt  >  1:7127389/1‑51 (MQ=255)

CCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTTAAAATCCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGAAT  >  REL606/4459610‑4459705

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 30 ≤` `ATCG/ATCG` `< 34 ≤` `ATCG/ATCG` `< 38 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`