Predicted mutation
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RA	REL606	1,948,728	T→C	M343V (ATG→GTG)	tap ←	methyl‑accepting protein IV

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	REL606	1,948,728	0	T	C	100.0%	283.4 / NA	76	M343V (ATG→GTG)	tap	methyl‑accepting protein IV
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (54/22);  total (54/22)

GCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCAT  >  REL606/1948681‑1948772                                                |                                             gCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGt                                           <  1:4488803/51‑1 (MQ=255) gCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGt                                           >  1:5897852/1‑51 (MQ=255)  ccAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTa                                          <  1:2005117/51‑1 (MQ=255)  ccAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTa                                          >  1:4716285/1‑51 (MQ=255)    aaTTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACt                                        >  1:1938571/1‑51 (MQ=255)    aaTTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACt                                        <  1:4941231/51‑1 (MQ=255)    aaTTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACt                                        >  1:1741650/1‑51 (MQ=255)     aTTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTg                                       >  1:2986639/1‑51 (MQ=255)      ttttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGa                                      >  1:6927026/1‑51 (MQ=255)      ttttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGa                                      >  1:2853261/1‑51 (MQ=255)       tttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGAc                                     >  1:6760834/1‑51 (MQ=255)       tttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGAc                                     >  1:5835144/1‑51 (MQ=255)       tttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGAc                                     <  1:2551673/51‑1 (MQ=255)       tttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGAc                                     >  1:3724802/1‑51 (MQ=255)        ttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGAcc                                    >  1:3715644/1‑51 (MQ=255)        ttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGAcc                                    >  1:5320515/1‑51 (MQ=255)         tttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCt                                   >  1:5093522/1‑51 (MQ=255)         tttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCt                                   >  1:4176091/1‑51 (MQ=255)          ttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTg                                  >  1:2821074/1‑51 (MQ=255)          ttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTg                                  >  1:4726927/1‑51 (MQ=255)           tGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGa                                 >  1:3826474/1‑51 (MQ=255)           tGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGa                                 >  1:1698208/1‑51 (MQ=255)             cGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAac                               <  1:2666158/51‑1 (MQ=255)             cGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAac                               <  1:2152002/51‑1 (MQ=255)              gAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAaca                              >  1:6260756/1‑51 (MQ=255)              gAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAaca                              >  1:4214678/1‑51 (MQ=255)              gAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAaca                              >  1:5080432/1‑51 (MQ=255)              gAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAaca                              >  1:3534820/1‑51 (MQ=255)               aGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAacac                             >  1:2595120/1‑51 (MQ=255)                gCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAcc                            >  1:42685/1‑51 (MQ=255)                 cTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccg                           >  1:1570500/1‑51 (MQ=255)                 cTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccg                           <  1:2348345/51‑1 (MQ=255)                   ggtggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcc                         >  1:6059845/1‑51 (MQ=255)                   ggtggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcc                         >  1:1650294/1‑51 (MQ=255)                   ggtggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcc                         <  1:7278002/51‑1 (MQ=255)                   ggtggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcc                         >  1:5471213/1‑51 (MQ=255)                    gtggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgccc                        <  1:4060371/51‑1 (MQ=255)                     tggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcccg                       >  1:5582170/1‑51 (MQ=255)                     tggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcccg                       <  1:3795410/51‑1 (MQ=255)                     tggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcccg                       >  1:1089868/1‑51 (MQ=255)                      ggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcccgc                      >  1:4251212/1‑51 (MQ=255)                      ggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcccgc                      >  1:5428792/1‑51 (MQ=255)                      ggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcccgc                      >  1:811690/1‑51 (MQ=255)                      ggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcccgc                      <  1:2950925/51‑1 (MQ=255)                       gCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACcgcccgcc                     <  1:2355811/51‑1 (MQ=255)                       gCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACcgcccgcc                     >  1:1788237/1‑51 (MQ=255)                        cGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCt                    >  1:2821698/1‑51 (MQ=255)                         gATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTg                   >  1:5552379/1‑51 (MQ=255)                           tctcCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTgcg                 >  1:958434/1‑51 (MQ=255)                           tctcCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTgcg                 >  1:3568378/1‑51 (MQ=255)                            ctcCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTgcgc                >  1:2368094/1‑51 (MQ=255)                             tcCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGcc               >  1:4839473/1‑51 (MQ=255)                             tcCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGcc               >  1:1806052/1‑51 (MQ=255)                              ccTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCt                    <  1:6598509/45‑1 (MQ=255)                              ccTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCt                    <  1:2585990/45‑1 (MQ=255)                              ccTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCt                    <  1:1239879/45‑1 (MQ=255)                              ccTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCt                    <  1:5612717/45‑1 (MQ=255)                              ccTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCt                    <  1:5255654/45‑1 (MQ=255)                              ccTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCg              >  1:3165979/1‑51 (MQ=255)                               cTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGt             >  1:4373893/1‑51 (MQ=255)                                tGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGtt            >  1:1232747/1‑51 (MQ=255)                                 gCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTg           >  1:5743267/1‑51 (MQ=255)                                 gCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTg           >  1:6949814/1‑51 (MQ=255)                                 gCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTg           >  1:3538007/1‑51 (MQ=255)                                   aTGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTc         >  1:7110821/1‑51 (MQ=255)                                     ggTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACCCCGCCCGCCTGCGCCGTTGTcgc       <  1:7208979/51‑1 (MQ=38)                                     ggTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTg           <  1:4643188/47‑1 (MQ=255)                                      gtgtGAGTCACGGTACTGCCCTGAACCCCGCCCGCCTGCGCCGTTGTcgcg      <  1:1190204/51‑1 (MQ=38)                                      gtgtGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTcgcg      >  1:4190762/1‑51 (MQ=255)                                       tgtgAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCgg     >  1:616336/1‑51 (MQ=255)                                         tgAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCa   >  1:6374855/1‑51 (MQ=255)                                         tgAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCa   <  1:5789767/51‑1 (MQ=255)                                         tgAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCa   >  1:1999288/1‑51 (MQ=255)                                         tgAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCa   >  1:4617926/1‑51 (MQ=255)                                          gAGTCACGGTACTGACCTGAACCCCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCAt  <  1:5468881/51‑1 (MQ=38)                                          gAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCAt  >  1:6557512/1‑51 (MQ=255)                                                |                                             GCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCAT  >  REL606/1948681‑1948772

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑