| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,292,259 | 0 | T | C | 32.8% | 114.0 / 23.7 | 67 | intergenic (+100/+44) | galU/hns | glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/5); new base C (0/22); total (40/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.98e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGATGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATT > REL606/1292209‑1292307 | ttttttATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAAt > 1:2682518/1‑51 (MQ=255)ttttttATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAAt > 1:4143339/1‑51 (MQ=255) tttttATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATc > 1:5343354/1‑51 (MQ=255) tttttATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATc > 1:3788003/1‑51 (MQ=255) tttttATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATc < 1:4414321/51‑1 (MQ=255) ttttATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATcc < 1:1789479/51‑1 (MQ=255) ttttATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATcc > 1:6819514/1‑51 (MQ=255) ttttATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATcc > 1:5636703/1‑51 (MQ=255) tttATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATccc < 1:2329660/51‑1 (MQ=255) tttATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATccc > 1:6431078/1‑51 (MQ=255) tttATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATccc < 1:5545221/51‑1 (MQ=255) 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< 1:7292531/36‑1 (MQ=37) aaaaacCCCCGCCGATGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATc < 1:4572595/41‑1 (MQ=38) aaaaacCCCCGCCGATGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAg < 1:5642268/49‑1 (MQ=255) aaTCCCGCCGATGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGattatt > 1:2864900/1‑51 (MQ=255) | TTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGATGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATT > REL606/1292209‑1292307 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |