Missing coverage evidence...
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TTTCAGGTAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCG  >  REL606/762134‑762201                                                   |                  tttCAGGTAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGAc                   >  1:4381543/1‑51 (MQ=255) tttCAGGTAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGAc                   >  1:6182542/1‑51 (MQ=255) tttCAGGTAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGAc                   >  1:1412417/1‑51 (MQ=255) tttCAGGTAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGAc                   >  1:3129258/1‑51 (MQ=255)  ttCAGGTAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACt                  >  1:1962347/1‑51 (MQ=255)   tCAGGTAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACtt                 <  1:3339363/51‑1 (MQ=255)   tCAGGTAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACtt                 >  1:5124587/1‑51 (MQ=255)    cAGATAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACttt                <  1:5983228/51‑1 (MQ=255)     aGGTAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACtttt               >  1:5647070/1‑51 (MQ=255)     aGGTAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACtttt               >  1:2512657/1‑51 (MQ=255)     aGGTAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACtttt               >  1:4197269/1‑51 (MQ=255)     aGGTAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACtttt               >  1:1011723/1‑51 (MQ=255)       gTAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTaa             <  1:6792659/51‑1 (MQ=255)       gTAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTaa             >  1:6645807/1‑51 (MQ=255)        tAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTANt            <  1:2772701/51‑1 (MQ=255)        tAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAAt            >  1:3740737/1‑51 (MQ=255)         aaCACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATc           >  1:899328/1‑51 (MQ=255)          acacCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCa          <  1:6058848/51‑1 (MQ=255)           cacCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCaa         <  1:5773603/51‑1 (MQ=255)           cacCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCaa         <  1:5488847/51‑1 (MQ=255)             cccATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAAtt       >  1:5509953/1‑51 (MQ=255)             cccATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAAtt       <  1:6183418/51‑1 (MQ=255)             cccATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAAtt       >  1:6668169/1‑51 (MQ=255)               cATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTgg     <  1:2910370/51‑1 (MQ=38)               cATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTgg     >  1:4116629/1‑51 (MQ=38)               cATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTgg     <  1:3765350/51‑1 (MQ=38)                atatGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGt    >  1:4538369/1‑51 (MQ=35)                atatGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGt    >  1:4935244/1‑51 (MQ=35)                atatGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGt    >  1:574945/1‑51 (MQ=35)                atatGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGt    >  1:7235305/1‑51 (MQ=35)                 tatGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTc   <  1:244901/51‑1 (MQ=33)                 tatGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTc   <  1:136249/51‑1 (MQ=33)                 tatGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTc   <  1:2337098/51‑1 (MQ=33)                  atGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCg  <  1:5666659/51‑1 (MQ=31)                                                   |                  TTTCAGGTAACACCCATATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCG  >  REL606/762134‑762201

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑