Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 1,948,728 | T→C | 100% | M343V (ATG→GTG) | tap ← | methyl‑accepting protein IV |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 1,948,728 | 0 | T | C | 94.8% | 121.1 / ‑1.8 | 38 | M343V (ATG→GTG) | tap | methyl‑accepting protein IV |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base C (20/16); total (22/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
AACCACGCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGTTAATTGCTCCATACTGGCGGCCGTTTGTGCCAGCGATGCCGCCT > REL606/1948581‑1948874 | gagacagCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACgg < 1:79303/144‑1 (MQ=255) aCCACGCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGCGCCAGAATATTGGTCCGGAAAGCAATTCCGTCGTTAACGCTGATAATGTCGCCACTATTTTGCTAGCCGGTGGCGGTCTCGTGCATGGTGTGAGTCACGGt > 1:312120/1‑150 (MQ=255) cccGCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTAc < 1:529688/148‑1 (MQ=255) cACGCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTAc < 1:523230/150‑1 (MQ=255) cACGCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTAc < 2:233378/150‑1 (MQ=255) gCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGa < 2:313002/150‑1 (MQ=255) ccccTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCCTgtctcttat > 1:428502/1‑142 (MQ=255) ctctCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAac < 2:332597/150‑1 (MQ=255) ctctCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAac < 2:302771/150‑1 (MQ=255) ctcCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAacac < 2:196830/150‑1 (MQ=255) ctcCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAacac < 2:632365/150‑1 (MQ=255) ctcCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAacac < 2:492646/150‑1 (MQ=255) aTTCAGGGCCAGCATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGCCGCCAATTTTTTGCGGGCTGGTGGCGATCCCCTGCATGGTGTGACTCACGGTACTGACCTGAACCACGCCCGCCTTCGCCGTTGTCGCGGctct > 1:284345/1‑147 (MQ=255) gAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGtt > 1:259325/1‑150 (MQ=255) gTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGcc < 2:297546/150‑1 (MQ=255) gAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGGTAATGCAGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGGGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCg < 1:424318/150‑1 (MQ=255) cGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGcc > 2:509710/1‑150 (MQ=255) gATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTAc > 1:558205/1‑150 (MQ=255) tGTCGCGAATTTTTGGCGGGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGCCCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTgg < 1:508261/150‑1 (MQ=255) gTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGc < 2:195594/150‑1 (MQ=255) cGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCgg < 2:260066/150‑1 (MQ=255) aGCTGGTGTCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGTTAATTGCTCCATAc < 1:236599/150‑1 (MQ=255) ctcCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGTTAATTGCTCCATACTTGCGGACGtttt > 1:522858/1‑149 (MQ=255) ctcCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGTTAATTGCTCCATACTGGCGGCCGTTtg > 1:634835/1‑150 (MQ=255) ctcCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGTTAATTGCTCCATACTGGCGGCCGTTtg > 2:174896/1‑150 (MQ=255) ctcCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGTTAATTGCTCCATACTGGCGGCCGTTtg > 2:482514/1‑150 (MQ=255) ctcCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCACGCGCCGTTGTCGCGGCATTTCTTGCATATTTCGACGCCTGTCGTGCGTTTTCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGTAAAGCTCTCCCTGCTGGCCACCGttct > 1:8299/1‑148 (MQ=255) ctcCTGCACGGTGTGAGTCCCGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCACGCGCCGTTGCCGCGGCCTTTTTAGCCAGTTCCCCCCCCTGTCGTGCTTTATACGCGCTTCGCCCTACCACGGCTGTTAATTGCTCCATGCACGCGGTCGtttt > 1:570191/1‑149 (MQ=255) ccTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGTTAATTGCTCCATACTGGCGGCCGTTtgtg > 2:458603/1‑150 (MQ=255) gCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGTTACTTGCTCCATACTGGCGGCCGTTTGTGCCa > 1:270338/1‑150 (MQ=255) gtgtGAGTCACGTTCCTGCCCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTCTTCGACAGTTCCGCCGCCTGTCGCGTCATATCTGTGTTTTGCCCACCCCTGGCCGTTAATTGCTCCATACTGGCGGCCtttttctgtagcgaa > 1:101557/1‑139 (MQ=255) gtgtGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGCCGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGTTACTTGCTCCATCCTGGCGGCCGTTTGTGCCAGCGAt > 1:546850/1‑150 (MQ=255) gtgtGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGTTAATTGCTCCATACTGGCGGCCGTTTGTGCCAGCGAt > 2:435122/1‑150 (MQ=255) gtgtGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGTTAATTGCTCCATACTGGCGGCCGTTTGTGCCAGCGAt > 1:623971/1‑150 (MQ=255) gtgtGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGTTAATTGCTCCATACTGGCGGCCGTTTGTGCCAGCGAt > 2:609663/1‑150 (MQ=255) gtgtGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGTTAATTGCTCCATACTGGCGGCCGTTTGTGCCAGCGAt > 2:69032/1‑150 (MQ=255) gtgtGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGTTAATTGCTCCATACTGGCGGCCGTTTGTGCCAGCGAt > 2:612696/1‑150 (MQ=255) aGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCAGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTGTCCCTACCGTGGCGGTTAATTGCTCCATACTGGCGGCCGTTTGTGCCAGCGATgccgc > 1:396387/1‑150 (MQ=255) tCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGTTAATTGCTCCATACTGGCGGCCGTTTGTGCCAGCGATGCCGCct > 2:465099/1‑150 (MQ=255) | AACCACGCCCCTGCTCTCCGGCGCGAGCCGCTTCCACTGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGGAAAGCAATTCCGTCGATAACGCTGATAATGTCGCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTTTTGCCAGTTCCGACGCCTGTCGTGCGTTATCGGCGTTTTGCCCTACCGTGGCGGTTAATTGCTCCATACTGGCGGCCGTTTGTGCCAGCGATGCCGCCT > REL606/1948581‑1948874 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |