| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,749,019 | G→A | 100% | pseudogene (326/858 nt) | ydiM → | putative transport protein (MFS family); b1690_1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,749,019 | 0 | G | A | 100.0% | 292.0 / ‑6.7 | 85 | pseudogene (326/858 nt) | ydiM | putative transport protein (MFS family); b1690_1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (44/39); minor base C (0/1); total (45/40) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ACCGTTGTACGTTCCCACCCCATCCGGGTCGTCGCTTACCTGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCATACACTATGTCGATCAAACTACTCAGTATCTACACCGTGGGTTCGCTGCTTTGTGTATTTATTACCGCTCCACTCATTCGTAATACCGTTCGCC > REL606/1748872‑1749156 | caggTTGTACGTTCCCACCCCATCCGGGTCGTCGCTTACCTGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAAcc < 2:86127/147‑1 (MQ=255)aCCGTTGTACGTTCCCACCCCATCCGGGTCGTCGCTTACCTGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAAcc < 2:122988/150‑1 (MQ=255)aCCGTTGTACGTTCCCACCCCATCCGGGTCGTCGCTTACCTGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAAcc < 2:128436/150‑1 (MQ=255) ccGTTGTACGTTCCCACCCCATCCGGGTCGTCGCTTACCTGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCa > 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ttCCCACCCCATCCGGGTCGTCGCTTACCTGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGcctgtc > 1:378075/1‑145 (MQ=255) ttCCCACCCCATCCGGGTCGTCGCTTACCTGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGaca > 2:15305/1‑150 (MQ=255) ttCCCACCCCATCCGGGTCGTCGCTTACCTGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGaca > 1:89238/1‑150 (MQ=255) ttCCCACCCCATCCGGGTCGTCGCTTACCTGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCCCAATGGCAACGTTTAATCTGGTTAACCAGTGGCTGaca > 1:322857/1‑150 (MQ=255) tCCCACCCCATCCGGGTCGTCGCTTACCTGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGacac < 2:89499/150‑1 (MQ=255) 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gCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCATACACTATGTCGATCAAACTACTCAGTATCTACACCGTGGGTTCGCTGCTTTGTGTATTTATTAcctgtctct > 2:487365/1‑143 (MQ=255) cTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCATACACTATGTCGATCAAACTACTCAGTATCTACACCGTGGGTTCGCTGCTTTGTGTATTTATTACCGCTCCACt > 2:113798/1‑150 (MQ=255) aaTGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCATACACTATGTCGATCAAACTACTCAGTATCTACACCGTGGGTTCGCTGCTTTGTGTATTTATTACCGCTCCACTCATTCGTaa < 1:11660/150‑1 (MQ=255) ggCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCATACACTATGTCGATCAAACTACTCAGTATCTACACCGTGGGTTCGCTGCTTTGTGTATTTATTACCGCTCCACTCATTAGTAATAc < 1:374006/150‑1 (MQ=255) tttATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCATACACTATGTCGATCAAACTACTCAGTATCTACACCGTGGGTTCGCTGCTTTGTGTATTTATTACCGCTCCACTCATTCGTAATACCGTTCGcc < 2:463310/150‑1 (MQ=255) tttAGCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCATACACTATGTCGATCAAACTACTCAGTATCTACACCGTGGGTTCGCTGCTTTGTGTATTTATTACCGCTCCACTCATTCGTAATACCGTTCGcc < 1:149663/150‑1 (MQ=255) | ACCGTTGTACGTTCCCACCCCATCCGGGTCGTCGCTTACCTGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCATACACTATGTCGATCAAACTACTCAGTATCTACACCGTGGGTTCGCTGCTTTGTGTATTTATTACCGCTCCACTCATTCGTAATACCGTTCGCC > REL606/1748872‑1749156 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |