| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,284,776 | 0 | T | G | 50.0% | 40.4 / 14.8 | 36 | G79G (GGT→GGG) | agaC | PTS system N‑acetylgalactosamine‑specific transporter subunit IIC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/16); new base G (18/0); total (20/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GACTGGCTTAATTACCGGTGGTCTGACAGAGTTGGCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACGGGCGTTGATGCCAAAACAGCAATTGGTCTTGGCCTGCCGTTTAGTTTGTTAATGCAGTACGTCATT > NC_007779/3284683‑3284872 | gACTGGCTTAATTACCGGTGGTCTGACAGAGTTGGCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGGCtgatga > 2:85668/1‑101 (MQ=255) gCTTAATTACCGGTGGTCTGACAGAGTTGGCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGGGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGTCtgctgagaacc > 1:514113/1‑96 (MQ=255) aaTTACCGGTGGTCTGACAGAGTTGGCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGGGTGGGGaccacccccc > 1:17584/1‑97 (MQ=255) tACCGGTGGTCTGACAGAGTTGGCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGGCCGGTGactaccccccttc > 1:585950/1‑94 (MQ=255) ggtggtCTGACAGAGTTGGCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATg < 2:116183/101‑1 (MQ=255) tggtCTGACAGCGTTGGCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGGCTGATGACCACCCTCATTGCATggg > 4:8994/1‑100 (MQ=255) ggtCTGACAGAGTTGGCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTc < 1:453105/101‑1 (MQ=255) tCTGACAGAGTTGGCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGGGTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTa > 2:29041/1‑101 (MQ=255) gACAGAGTTGGCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACgg < 3:751770/101‑1 (MQ=255) gACAGAGTTGGCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACgg < 2:4864/101‑1 (MQ=255) cAGAGTTGGCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGGCTGGTGACCCCCCGCCTTTCATTGTCTTCCGGc > 3:1220870/1‑101 (MQ=255) agTTGGCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGGCTGATGAGCACCCGCCTTTCTTTGTCTCCGGGCggt > 1:179243/1‑99 (MQ=255) tGGCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGGGTGATGACCGCCGGCCTTTCATGGTCTTCGGGCggcggt > 1:216547/1‑96 (MQ=255) gCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACGGGCGTTGATGc < 3:1594030/101‑1 (MQ=255) gCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGGGTGGTGACCACCCCCCTTTCCTGGTCTACGGGCGgtggtgg > 3:614878/1‑100 (MQ=255) cGGATTCACCCATGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGGCTGGTGGCCACCCTCCTTGCATGGGCTACGGGCGGTGGTGGCCAAACAg > 4:120765/1‑101 (MQ=255) aaCCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGGCTGGTGACCACCCCCCTTGCATGGTCTACGGGCGGGGGTGCCAAAACAACAAATg > 4:3530/1‑101 (MQ=255) aCCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGGCTGATGACCACCGGCATTTCATGGGCTACGGGCGGTGGTGGCAAAACAACAAATgg > 1:1525308/1‑101 (MQ=255) ccTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACGGGCGTTGATGCCAAAACAGCAATTGGTCt < 4:15914/101‑1 (MQ=255) cTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACGGGCGTTGATGCCAAAACAGCAATTGGTCtt < 1:587978/101‑1 (MQ=255) cTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACGGGCGTTGATGCCAAAACAGCAATTGGTCtt < 1:791572/101‑1 (MQ=255) ggtggtGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGGCTGATGACCACCGTCATTTCATGGTCTACGGGCGTTGATGCCAAAACAACAATTGGTCTTGGCCt > 3:503992/1‑101 (MQ=255) gtggtgTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGGCTGATGACCACCCCCCTTTCATGGTCTACGGGCGGTGATGGCAAAAAAGCAAATGGGCTTGGcccg > 1:1509880/1‑99 (MQ=255) ttCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACGGGCGTTGATGCCAAAACAGCAATTGGTCTTGGCCTGCCGttt < 1:265215/101‑1 (MQ=255) tCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACGGGCGTTGATGCCAAAACAGCAATTGGTCTTGGCCTGCCGTTTa < 3:1126201/101‑1 (MQ=255) tCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACGGGCGTTGATGCCAAAACAGCAATTGGTCTTGGCCTGCCGTTTa < 1:913085/101‑1 (MQ=255) aGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACGGGCGTTGATGCCAAAACAGCAATTGGTCTTGGCCTGCCGTTTAGt < 1:865646/101‑1 (MQ=255) cgccCAACCCGATTATGGCGGGGCTGATGACCACCCTCATTGCATGGTCTACGGGCGGTGATGCCAAAACAACAAATTGTCTTTGCCTGCCGTTTAGtttt > 2:153138/1‑100 (MQ=255) cccAACCCGATTATGGCGGGGCTGATGACCACCCCCATTGCATGGGCTTCGGGGGGTGGTGGCAAAACAACAAATGGGCTTGGCCTGCCGTTTtgtttgtt > 1:1540246/1‑101 (MQ=255) aaCCCGATTATGGCGGGGTTGATGCCCACCGTGATTTGATGGGCTACCGGGGGTGGTGCCAAAACAGCCAATGGGCTTTGGCTGCCGGTTTGTTTGTTTAt > 1:1180740/1‑101 (MQ=255) cccGATTATGGCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACGGGCGTTGATGCCAAAACAGCAATTGGTCTTGGCCTGCCGTTTAGTTTGTTAATGc < 3:988839/101‑1 (MQ=255) gATTATGGCGGGGCTGATGACCACCCTCATTGCATGGTCTACGGGGGGTGATGCCAAAACAGCAAATGGTCTTGGCCTGCCGTTTTGTTTTTTTATGCAGt > 1:1448319/1‑101 (MQ=255) tGGCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACGGGCGTTGATGCCAAAACAGCAATTGGTCTTGGCCTGCCGTTTAGTTTGTTAATGCAGTACGTc > 3:623714/1‑101 (MQ=255) gCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACGGGCGTTGATGCCAAAACAGCAATTGGTCTTGGCCTGCCGTTTAGTTTGTTAATGCAGTACGTCAt < 2:77044/101‑1 (MQ=255) cGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACGGGCGTTGATGCCAAAACAGCAATTGGTCTTGGCCTGCCGTTTAGTTTGTTAATGCAGTACGTCAtt < 1:499513/101‑1 (MQ=255) cGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACGGGCGTTGATGCAAAAACAGCAATTGGTCTTGGCCTGCCGTTTAGTTTGTTAATGCAGTACGTCAtt < 3:553959/101‑1 (MQ=255) | GACTGGCTTAATTACCGGTGGTCTGACAGAGTTGGCTTTCGCCGGATTAACCCCTGCAGGTGGTGTTCAGCCGCCCAACCCGATTATGGCGGGTCTGATGACCACCGTCATTGCATGGTCTACGGGCGTTGATGCCAAAACAGCAATTGGTCTTGGCCTGCCGTTTAGTTTGTTAATGCAGTACGTCATT > NC_007779/3284683‑3284872 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |