Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
JC JC REL606 4,524,522 IS186 (+) +6 bp coding (494‑499/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew annotation gene product
* ? REL606 15386 =NA (NA)54 (1.080) 35/64 0.1 noncoding (1/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 = 4524527 57 (1.040)coding (499/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)
* ? REL606 = 16728NA (NA)6 (0.120) 31/64 0.2 noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 4524522 = 57 (1.040)coding (494/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)

AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG...................................  <  REL606/15423‑15386
...................................GGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAAC  <  REL606/4524527‑4524493
                                                                         
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATG                                       >  1:3562867/1‑36 (MQ=0)
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                       >  1:3209415/1‑36 (MQ=1)
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                       >  1:6335512/1‑36 (MQ=1)
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                       >  1:6456595/1‑36 (MQ=1)
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                       <  1:2685445/36‑1 (MQ=1)
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                       >  1:2525510/1‑36 (MQ=1)
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                       <  1:6757825/36‑1 (MQ=1)
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                       <  1:220976/36‑1 (MQ=1)
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                       >  1:786760/1‑36 (MQ=1)
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG                                       >  1:7398411/1‑36 (MQ=1)
 aGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      <  1:7270073/35‑1 (MQ=1)
 aGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      <  1:3936165/35‑1 (MQ=1)
 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGG                                      >  1:6694371/1‑36 (MQ=0)
 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTTTGG                                      <  1:318593/36‑1 (MQ=0)
 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      >  1:6633317/1‑36 (MQ=1)
 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      <  1:2739675/36‑1 (MQ=1)
 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      >  1:1346563/1‑36 (MQ=1)
 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      <  1:5930425/36‑1 (MQ=1)
 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      <  1:6810645/36‑1 (MQ=1)
 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      <  1:690732/36‑1 (MQ=1)
 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG                                      <  1:7186215/36‑1 (MQ=1)
  GCGTAATACCACAACCCTTACGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:4987244/1‑36 (MQ=0)
  GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGG                                     >  1:5672525/1‑36 (MQ=0)
  GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGG                                     >  1:3543222/1‑36 (MQ=0)
  GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:5775223/36‑1 (MQ=1)
  GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:4405368/36‑1 (MQ=1)
  GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:5485611/1‑36 (MQ=1)
  GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:2745070/1‑36 (MQ=1)
  GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:4903596/1‑36 (MQ=1)
  GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:2492089/1‑36 (MQ=1)
  GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTACGGG                                     >  1:3986912/1‑36 (MQ=0)
    GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT                                   <  1:1774763/36‑1 (MQ=1)
     TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG                                  <  1:878329/36‑1 (MQ=1)
     TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG                                  >  1:1708353/1‑36 (MQ=1)
      AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC                                 <  1:2417509/36‑1 (MQ=1)
      AATACCACAACCCTGAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC                                 <  1:3671232/36‑1 (MQ=0)
       ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG                                <  1:4367888/36‑1 (MQ=1)
       ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG                                <  1:3100521/36‑1 (MQ=1)
       ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG                                <  1:275637/36‑1 (MQ=1)
       ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG                                >  1:983902/1‑36 (MQ=1)
        TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGG                               <  1:1860565/36‑1 (MQ=1)
        TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGG                               >  1:7377165/1‑36 (MQ=1)
         ACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGC                              <  1:5389097/36‑1 (MQ=1)
          CCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGgc                             >  1:2749072/1‑34 (MQ=1)
          CCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCC                             >  1:1441030/1‑36 (MQ=1)
           CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCC                            >  1:4058506/1‑36 (MQ=1)
           CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCC                            >  1:136726/1‑36 (MQ=1)
            ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTCGGCCCC                           >  1:6947665/1‑36 (MQ=0)
            ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCC                           >  1:434581/1‑36 (MQ=1)
               ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGT                        >  1:4212507/1‑36 (MQ=1)
                CCCTTAGGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                       <  1:1058174/36‑1 (MQ=0)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                       >  1:1489061/1‑36 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                       <  1:73382/36‑1 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                       <  1:700731/36‑1 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                       <  1:2048939/36‑1 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                       <  1:316591/36‑1 (MQ=1)
                 CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTG                      <  1:1666676/36‑1 (MQ=1)
                 CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTG                      <  1:3339580/36‑1 (MQ=1)
                  ctaAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC                     <  1:3923375/33‑1 (MQ=0)
                  CTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTgtc                     >  1:6903195/1‑33 (MQ=0)
                  CTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC                     >  1:2097099/1‑36 (MQ=1)
                   TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCA                    <  1:3641616/36‑1 (MQ=1)
                    TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA                   <  1:321364/36‑1 (MQ=1)
                    TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA                   <  1:7222709/36‑1 (MQ=1)
                    TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA                   >  1:943054/1‑36 (MQ=1)
                      AGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGAAAAA                 >  1:1230548/1‑36 (MQ=0)
                        TTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCTAAATA               >  1:6670792/1‑36 (MQ=0)
                        TTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATA               >  1:2248073/1‑36 (MQ=1)
                        TTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATA               <  1:2864217/36‑1 (MQ=1)
                        TTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATA               <  1:6488611/36‑1 (MQ=1)
                         TAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAA              >  1:7415322/1‑36 (MQ=1)
                         TAGCGCTTATGGGTTGCGCCCCCGGTTGCAAAATAA              >  1:2464260/1‑36 (MQ=0)
                          AGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC             >  1:1405983/1‑36 (MQ=1)
                           GCGCTTATGGGTTGCGGCCGCGGTTGCAAAATAACG            <  1:1935812/36‑1 (MQ=0)
                            CGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC           >  1:981573/1‑36 (MQ=1)
                            CGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC           >  1:81132/1‑36 (MQ=1)
                            CGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGC           <  1:5180171/36‑1 (MQ=1)
                             GCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCG          >  1:2834966/1‑36 (MQ=1)
                              CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGC         <  1:7377749/36‑1 (MQ=1)
                              CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGC         >  1:2769149/1‑36 (MQ=1)
                              CTTATGGGTTGCGACCCCGGTTGCAAAATAACGCGC         >  1:5583018/1‑36 (MQ=0)
                                TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCT       >  1:2145058/1‑36 (MQ=1)
                                TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCT       <  1:4810629/36‑1 (MQ=1)
                                 ATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTG      <  1:5187216/36‑1 (MQ=1)
                                  TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGG     >  1:642942/1‑36 (MQ=1)
                                   GGGGTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGA    >  1:5546262/1‑36 (MQ=0)
                                    GGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA   <  1:4399175/36‑1 (MQ=1)
                                    GGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA   <  1:7448394/36‑1 (MQ=1)
                                    GGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA   >  1:3861763/1‑36 (MQ=1)
                                     GTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAAC  >  1:6838290/1‑36 (MQ=1)
                                                                         
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG...................................  <  REL606/15423‑15386
...................................GGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAAC  <  REL606/4524527‑4524493

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 11 ≤  ATCG  < 21 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG