| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 11 | 30071 = | 69 (1.040) | 59 (1.610) +ACTTCGGTACTTCACATTTTTACAAGAAATTTAGCTGGCGAGAAA |
43/110 | 0.0 | 45.1% | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| ? | 11 | = 30147 | 192 (2.880) | intergenic (–/–) | –/– | –/– | |||||
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
TATAATGCGACTCCACACAGCGGGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑C‑‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAA > 11/30048‑30244 | gtaaaaatgtgaagtaccgaagtGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACccacca‑ct < 2:513659‑M1/78‑2 (MQ=255)gtaaaaatgtgaagtaccgaagtGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACccacca‑ct > 1:196515‑M1/24‑100 (MQ=255) aaaatgtgaagtaccgaagtGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATcacccacca‑cttcg < 2:1528586‑M1/81‑5 (MQ=255) tgaagtaccgaagtGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCcgtcatcacccacca‑cttcgggtcgt < 1:1534827‑M1/87‑11 (MQ=255) tgaagtaccgaagtGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCcgtcatcacccacca‑cttcgggtcgt < 1:48495‑M1/87‑11 (MQ=255) gaagtaccgaagtGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGtt < 1:1624085‑M1/88‑1 (MQ=255) gtaccgaagtGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGc < 2:1267403‑M1/91‑1 (MQ=255) gtaccgaagtGGGAGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGc < 2:1043202‑M1/91‑1 (MQ=255) taccgaagtGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCt < 2:1403890‑M1/92‑1 (MQ=255) gcagtatcgggTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CT‑CGGGTCGTTAGCTCa > 2:931676/9‑101 (MQ=38) gcagtatcgggTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CT‑CGGGTCGTTAGCTCa > 2:280044/9‑101 (MQ=38) accgaagtGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTc > 1:759488‑M1/9‑101 (MQ=255) cgaagtGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAg > 1:1255857‑M1/7‑101 (MQ=255) tatcgggTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CT‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTg < 2:692496/97‑1 (MQ=255) tatcgggTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CT‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTg > 1:515879/5‑101 (MQ=255) agtGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTg > 1:1267408‑M1/4‑101 (MQ=255) gtgggtgATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCCCCCACCT‑Ctttctcgccagctaaatttctt > 2:1555773‑M2/3‑79 (MQ=255) gtgggtgATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttctt < 2:1627987‑M2/99‑23 (MQ=255) gtGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTgg > 1:944103‑M1/3‑101 (MQ=255) gtGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTgg > 2:1507079‑M1/3‑101 (MQ=255) tGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGGCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑C‑‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAg > 1:651431‑M1/2‑101 (MQ=255) tggTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGGCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑C‑‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTaga < 2:1250564/100‑1 (MQ=255) gggTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGGCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑C‑‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTaga < 2:356838/101‑1 (MQ=255) ggTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgta < 2:1327178‑M2/101‑26 (MQ=255) gTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaa > 1:998573‑M2/1‑75 (MQ=255) gTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGGCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑C‑‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGc > 1:1061726/1‑101 (MQ=255) tGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaa < 2:1395134‑M2/101‑28 (MQ=255) tGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTagag > 1:1071623/1‑101 (MQ=255) gATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGc > 2:550698/1‑101 (MQ=255) gATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGGCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑C‑‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAg > 2:790989/1‑101 (MQ=255) aTTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCa > 2:625149/1‑101 (MQ=255) aTTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGGCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑C‑‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGt > 2:1493199/1‑101 (MQ=255) ttAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaat > 2:1106871‑M2/1‑71 (MQ=255) ttAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaat > 1:658883‑M2/1‑71 (MQ=255) tAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaatg < 2:1089448‑M2/101‑32 (MQ=255) tAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccaactaaatttcttttaaaaatt < 2:1187395‑M2/101‑32 (MQ=255) tAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGt > 2:443264/1‑101 (MQ=255) aGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaatgt < 1:1517016‑M2/101‑33 (MQ=255) cTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaatgtga < 2:911773‑M2/101‑35 (MQ=255) cTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaatgtga > 1:232972‑M2/1‑67 (MQ=255) cTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGa > 2:1612940/1‑101 (MQ=255) cTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGGCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑C‑‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACt > 1:1591850/1‑101 (MQ=255) tCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CT‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACt < 1:876716/101‑1 (MQ=255) cAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaatgtgaag > 1:30471‑M2/1‑65 (MQ=255) cAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACt < 2:1175525/101‑1 (MQ=255) aGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaatgtgaagt < 1:285044‑M2/101‑38 (MQ=255) cTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaatgtgaagtac > 1:972047‑M2/1‑62 (MQ=255) cTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGGCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑C‑‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTaa < 1:1649303/101‑1 (MQ=255) gggAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CT‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAAt < 1:1328001/101‑1 (MQ=255) gggAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGGCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑C‑‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATc < 2:388933/101‑1 (MQ=255) gagaGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaatgtgaagtaccgaa > 1:1239041‑M2/1‑58 (MQ=255) agagCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaacatgtgaagtatcaaag < 2:58487‑M2/101‑45 (MQ=255) agagCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCa < 1:40964/101‑1 (MQ=255) agagCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCa < 1:357761/101‑1 (MQ=255) gagCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaatgtgaagtaccgaagt > 1:844483‑M2/1‑56 (MQ=255) 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ttACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAgg < 1:725624/101‑1 (MQ=255) ttACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAgg > 2:180309/1‑101 (MQ=255) aCAAGGAGGGGGGCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑C‑‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCg > 2:1292770/1‑101 (MQ=255) cAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTc < 1:1679689/101‑1 (MQ=255) cAAGGAGGGGGGCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑C‑‑CGGGGCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGa > 2:876711/1‑101 (MQ=255) ggaggGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CT‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAAt > 2:1357460/1‑101 (MQ=255) gaggGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAAt < 2:217470/101‑1 (MQ=255) ggggTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CT‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTg > 1:1481787/1‑101 (MQ=255) ggTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑CT‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCa < 2:122999/101‑1 (MQ=255) ggcggTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaatgtgaagtaccgaagtgggtgattagctcagctgggagagcac > 2:258398‑M2/1‑29 (MQ=255) gcggTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaatgtgaagtaccgaagtgggtgattagctcagctgggagagcacc < 1:1417024‑M2/101‑74 (MQ=255) gcggTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaatgtgaagtaccgaagtgggtgattagctcagctgggagagcacc > 1:1280155‑M2/1‑28 (MQ=255) ttCGACCCCGTCACCACCCACCACC‑‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACccacc < 2:316484/101‑1 (MQ=255) tCGATCCCGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaatgtgaagtaccgaagtgggtgattagctcagctgggagagcacctccct > 1:173354‑M2/1‑23 (MQ=255) 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cccGTCATCACCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaatgtgaagtaccgaagtgggtgattagctcagctgggagagcacctcccttacaa > 1:1185074‑M2/1‑18 (MQ=255) ccGTCATCACCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTa < 1:1173117/101‑1 (MQ=255) tcatcaCCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTaaaa < 1:801071/101‑1 (MQ=255) catcaCCCACCA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaatgtgaagtaccgaagtgggtgattagctcagctgggagagcacctcccttacaaggagg < 2:24739‑M2/101‑89 (MQ=255) catcaCCCACCA‑CT‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACccaccagttttaacat > 2:1307468/1‑91 (MQ=255) atcaCCCACCA‑CTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTaaaaaa < 1:58487/101‑1 (MQ=255) cccaccA‑Ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaatgtgaagtaccgaagtgggtgattagctcagctgggagagcacctcccttacaaggagggggtc > 1:1104458‑M2/1‑8 (MQ=255) cacca‑ctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaatgtgaagtaccgaagtgggtgattagctcagctgggagagcacctcccttacaaggagggggtcgg < 2:1370749‑M2/101‑96 (MQ=255) ca‑ctatctcgccagctaaatttcttgtaaaaatgtgaagtgccgaagtgggtgattagctcagctgggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcgg > 1:1053715‑M2/1‑3 (MQ=255) cctttctcgccagctaaatttcttgtaaaaatgtgaagtaccgaagtgggtgattagctcagctgggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggt > 1:1342907‑M2/2‑2 (MQ=255) | TATAATGCGACTCCACACAGCGGGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCA‑C‑‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAA > 11/30048‑30244 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |