Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	178	1,143	T→A	intergenic (–/–)	– / –	–/–

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	178	1,143	0	T	A	100.0%	185.8 / NA	54	intergenic (–/–)	–/–	–/–
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base A (24/30);  total (24/30)

ATGAAAAAGAGGGGAATCACACCACTGCATACCGCGATGGCTCCGGCATATGGACCATCTGTCGGGGAGCAACGATGGTGGACGGTAAACCTGTTATTCCGGGAATGAAACTGTCGAAGGAAAAATGCGCCCAGGTTAACGCCATTGAGCGGGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAGCGCAATAT  >  178/1046‑1229                                                                                                  |                                                                                       aTGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCg                                                                                     <  1:241240/101‑1 (MQ=255) aTGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCg                                                                                     <  2:855774/101‑1 (MQ=255)      aaaGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAAt                                                                                <  1:1196651/101‑1 (MQ=255)      aaaGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAAt                                                                                <  1:345800/101‑1 (MQ=255)        agaaGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGa                                                                              <  1:577048/101‑1 (MQ=255)        agaaGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGa                                                                              <  2:1242356/101‑1 (MQ=255)         gaaggtaaccacacaACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGag                                                                             <  1:1449265/92‑2 (MQ=255)          aaggtaaccacacaACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGagg                                                                            >  1:27652/9‑99 (MQ=255)           aggtaaccacacaACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGaggc                                                                           >  2:75768/8‑98 (MQ=255)            ggtaaccacacaACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGaggct                                                                          <  2:1167194/95‑5 (MQ=255)              taaccacacaACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGt                                                                        >  2:1492213/5‑101 (MQ=255)                    cacaacGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAgg                                                                  >  2:1436920/1‑101 (MQ=255)                    cacaacGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAgg                                                                  <  1:1629750/101‑1 (MQ=255)                     acaacggCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGa                                                                 >  2:1385013/7‑101 (MQ=255)                       aacggCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGaaa                                                               >  1:323094/5‑101 (MQ=255)                           gCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATg                                                           <  1:86296/101‑1 (MQ=255)                           gCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATg                                                           >  1:110419/1‑101 (MQ=255)                           gCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATg                                                           <  1:1093363/101‑1 (MQ=255)                             aTACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATgcg                                                         >  2:1676486/1‑101 (MQ=255)                                ccGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGacc                                                      <  2:1405349/101‑1 (MQ=255)                                 cgcgATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCa                                                     >  1:103084/1‑101 (MQ=255)                                   cgATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAgg                                                   <  2:891984/101‑1 (MQ=255)                                   cgATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAgg                                                   <  1:196779/101‑1 (MQ=255)                                     aTGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGtt                                                 <  2:1057145/101‑1 (MQ=255)                                      tGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTa                                                <  1:773091/101‑1 (MQ=255)                                      tGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTa                                                >  1:1046513/1‑101 (MQ=255)                                       ggttCCGGTATCTGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGCAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTaa                                               >  2:202164/4‑101 (MQ=255)                                       ggttCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTaa                                               <  1:863838/98‑1 (MQ=255)                                       ggttCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTaa                                               >  1:1079338/4‑101 (MQ=255)                                        gttCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAAc                                              >  1:1525428/3‑101 (MQ=255)                                            cGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGcta                                          <  1:1557336/101‑3 (MQ=255)                                             ggtatatGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTAt                                         <  2:1302635/98‑1 (MQ=255)                                              gtatatGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTAtt                                        >  1:830573/3‑101 (MQ=255)                                              gtatatGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTAtt                                        >  2:1479118/3‑101 (MQ=255)                                                 tatGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGaa                                     <  2:630295/101‑2 (MQ=255)                                                 tatGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGaa                                     <  2:754573/101‑2 (MQ=255)                                                  atGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGaac                                    <  2:1250661/101‑3 (MQ=255)                                                     gACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACgtg                                 >  2:678512/1‑99 (MQ=255)                                                        cATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATa                              <  1:456782/101‑1 (MQ=255)                                                        cATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATa                              >  1:1343216/1‑101 (MQ=255)                                                         aTCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATaa                             >  2:1451688/1‑101 (MQ=255)                                                         aTCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATaa                             >  1:3315/1‑101 (MQ=255)                                                         aTCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATaa                             >  2:308636/1‑101 (MQ=255)                                                         aTCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATaa                             <  1:438007/101‑1 (MQ=255)                                                         aTCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATaa                             <  2:1666489/101‑1 (MQ=255)                                                                     gccacaaTGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATg                 <  1:1508771/95‑1 (MQ=255)                                                                      ccacaaTGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATgg                >  2:33263/6‑101 (MQ=255)                                                                        acaaTGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGt              <  2:631206/98‑1 (MQ=255)                                                                          aaTGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGTgg            <  2:830568/100‑1 (MQ=255)                                                                              gtggATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAgcg        <  2:323094/101‑1 (MQ=255)                                                                               tggATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAgcgc       >  1:939818/1‑101 (MQ=255)                                                                               tggATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAgcgc       >  2:1283315/1‑101 (MQ=255)                                                                                   tggTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAGCGCAata   >  1:843635/2‑101 (MQ=255)                                                                                    ggTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAGCGAAatat  <  2:375192/101‑1 (MQ=255)                                                                                                  |                                                                                       ATGAAAAAGAGGGGAATCACACCACTGCATACCGCGATGGCTCCGGCATATGGACCATCTGTCGGGGAGCAACGATGGTGGACGGTAAACCTGTTATTCCGGGAATGAAACTGTCGAAGGAAAAATGCGCCCAGGTTAACGCCATTGAGCGGGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAGCGCAATAT  >  178/1046‑1229

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑