Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA 178 1,134 A→G intergenic (–/–)  /  –/–

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*1781,1340AG100.0% 213.8 / NA 60intergenic (–/–)–/––/–
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (27/33);  total (27/33)

GTTTCTGGATGAAAAAGAGGGGAATCACACCACTGCATACCGCGATGGCTCCGGCATATGGACCATCTGTCGGGGAGCAACGATGGTGGACGGTAAACCTGTTATTCCGGGAATGAAACTGTCGAAGGAAAAATGCGCCCAGGTTAACGCCATTGAGCGGGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAGCGCAATAT  >  178/1038‑1229
                                                                                                |                                                                                               
gTTTCTGGATGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGcccg                                                                                             <  2:1430999/101‑3 (MQ=255)
 tttCTGGATGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGt                                                                                            >  2:345800/1‑101 (MQ=255)
   tCTGGATGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGtca                                                                                          <  2:874989/101‑3 (MQ=255)
    cTGGATGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCAt                                                                                         >  2:1491552/1‑101 (MQ=255)
     tGGATGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCAta                                                                                        >  2:115537/1‑100 (MQ=255)
      ggATGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCAtac                                                                                       <  1:1373759/101‑3 (MQ=255)
        aTGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCg                                                                                     <  1:241240/101‑1 (MQ=255)
        aTGAAAAAGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCg                                                                                     <  2:855774/101‑1 (MQ=255)
             aaaGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAAt                                                                                <  1:1196651/101‑1 (MQ=255)
             aaaGAAGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAAt                                                                                <  1:345800/101‑1 (MQ=255)
               agaaGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGa                                                                              <  1:577048/101‑1 (MQ=255)
               agaaGGTAACCACACAACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGa                                                                              <  2:1242356/101‑1 (MQ=255)
                gaaggtaaccacacaACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGag                                                                             <  1:1449265/92‑2 (MQ=255)
                 aaggtaaccacacaACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGagg                                                                            >  1:27652/9‑99 (MQ=255)
                  aggtaaccacacaACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGaggc                                                                           >  2:75768/8‑98 (MQ=255)
                   ggtaaccacacaACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGaggct                                                                          <  2:1167194/95‑5 (MQ=255)
                     taaccacacaACGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGt                                                                        >  2:1492213/5‑101 (MQ=255)
                           cacaacGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAgg                                                                  >  2:1436920/1‑101 (MQ=255)
                           cacaacGGCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAgg                                                                  <  1:1629750/101‑1 (MQ=255)
                            acaacggCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGa                                                                 >  2:1385013/7‑101 (MQ=255)
                              aacggCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGaaa                                                               >  1:323094/5‑101 (MQ=255)
                                  gCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATg                                                           <  1:86296/101‑1 (MQ=255)
                                  gCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATg                                                           >  1:110419/1‑101 (MQ=255)
                                  gCATACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATg                                                           <  1:1093363/101‑1 (MQ=255)
                                    aTACCGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATgcg                                                         >  2:1676486/1‑101 (MQ=255)
                                       ccGCGATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGacc                                                      <  2:1405349/101‑1 (MQ=255)
                                        cgcgATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCa                                                     >  1:103084/1‑101 (MQ=255)
                                          cgATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAgg                                                   <  2:891984/101‑1 (MQ=255)
                                          cgATGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAgg                                                   <  1:196779/101‑1 (MQ=255)
                                            aTGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGtt                                                 <  2:1057145/101‑1 (MQ=255)
                                             tGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTa                                                >  1:1046513/1‑101 (MQ=255)
                                             tGGTTCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTa                                                <  1:773091/101‑1 (MQ=255)
                                              ggttCCGGTATCTGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGCAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTaa                                               >  2:202164/4‑101 (MQ=255)
                                              ggttCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTaa                                               >  1:1079338/4‑101 (MQ=255)
                                              ggttCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTaa                                               <  1:863838/98‑1 (MQ=255)
                                               gttCCGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAAc                                              >  1:1525428/3‑101 (MQ=255)
                                                   cGGTATATGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGcta                                          <  1:1557336/101‑3 (MQ=255)
                                                    ggtatatGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTAt                                         <  2:1302635/98‑1 (MQ=255)
                                                     gtatatGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTAtt                                        >  1:830573/3‑101 (MQ=255)
                                                     gtatatGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTAtt                                        >  2:1479118/3‑101 (MQ=255)
                                                        tatGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGaa                                     <  2:630295/101‑2 (MQ=255)
                                                        tatGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGaa                                     <  2:754573/101‑2 (MQ=255)
                                                         atGGACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGaac                                    <  2:1250661/101‑3 (MQ=255)
                                                            gACCATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACgtg                                 >  2:678512/1‑99 (MQ=255)
                                                               cATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATa                              >  1:1343216/1‑101 (MQ=255)
                                                               cATCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATa                              <  1:456782/101‑1 (MQ=255)
                                                                aTCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATaa                             >  2:308636/1‑101 (MQ=255)
                                                                aTCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATaa                             >  2:1451688/1‑101 (MQ=255)
                                                                aTCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATaa                             >  1:3315/1‑101 (MQ=255)
                                                                aTCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATaa                             <  1:438007/101‑1 (MQ=255)
                                                                aTCTGTCGTGGTGCCACAATGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATaa                             <  2:1666489/101‑1 (MQ=255)
                                                                            gccacaaTGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATg                 <  1:1508771/95‑1 (MQ=255)
                                                                             ccacaaTGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATgg                >  2:33263/6‑101 (MQ=255)
                                                                               acaaTGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGt              <  2:631206/98‑1 (MQ=255)
                                                                                 aaTGGTGGATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGTgg            <  2:830568/100‑1 (MQ=255)
                                                                                     gtggATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAgcg        <  2:323094/101‑1 (MQ=255)
                                                                                      tggATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAgcgc       >  2:1283315/1‑101 (MQ=255)
                                                                                      tggATGGTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAgcgc       >  1:939818/1‑101 (MQ=255)
                                                                                          tggTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAGCGCAata   >  1:843635/2‑101 (MQ=255)
                                                                                           ggTAAGCCCGTCATACCGGGAATGAGGCTGTCGAAGGAAAAATGCGACCAGGTTAACGCTATTGAACGTGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAGCGAAatat  <  2:375192/101‑1 (MQ=255)
                                                                                                |                                                                                               
GTTTCTGGATGAAAAAGAGGGGAATCACACCACTGCATACCGCGATGGCTCCGGCATATGGACCATCTGTCGGGGAGCAACGATGGTGGACGGTAAACCTGTTATTCCGGGAATGAAACTGTCGAAGGAAAAATGCGCCCAGGTTAACGCCATTGAGCGGGATAAGGCGCTGGCATGGGTGGAGCGCAATAT  >  178/1038‑1229

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: