New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? 223 = 6980 (0.000)65 (0.070)
+A
47/198 0.3 100% intergenic (–/–) –/– –/–
?48 = 29957 0 (0.000)intergenic (–/–) –/– –/–

CTGCAACATTGTTTTCCTTGCGGGTTGTCCCGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  48/29857‑29957
                                                                                                    |                                                                                                 
cTGCAACATTGTTTTCCTTGCGGGTTGTCCCGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAAc                                                                                                   >  2:1607605/1‑101 (MQ=255)
  gCAACATTGTTTTCCTTGCGGGTTGTCCCGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACtt                                                                                                 >  2:1485478‑M2/1‑99 (MQ=255)
     aCATTGTTTTCCTTGCGGGTTGTCCCGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttact                                                                                              >  2:487275‑M2/1‑96 (MQ=255)
      cATTGTTTTCCTTGCGGGTTGTCCCGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactg                                                                                             <  1:829780‑M2/101‑7 (MQ=255)
       aTTGTTTTCCTTGCGGGTTGTCCCGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactga                                                                                            <  2:185965‑M2/101‑8 (MQ=255)
       aTTGTTTTCCTTGCGGGTTGTCCCGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactga                                                                                            <  1:763250‑M2/101‑8 (MQ=255)
       aTTGTTTTCCTTGCGGGTTGTCCCGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactga                                                                                            <  2:651868‑M2/101‑8 (MQ=255)
           ttttCCTTGCGGGTTGTCCCGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgattta                                                                                        <  2:933136‑M2/101‑12 (MQ=255)
              tCCTTGCGGGTTGTCCCGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtg                                                                                     <  2:1310969‑M2/101‑15 (MQ=255)
                cTTGCGGGTTGTCAGGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgta                                                                                   >  2:76961‑M2/1‑85 (MQ=255)
                    cGGGTTGTCCCGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgat                                                                               <  1:572542‑M2/101‑21 (MQ=255)
                    cGGGTTGTCCCGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgat                                                                               >  1:21650‑M2/1‑81 (MQ=255)
                     gggTTGTCCCGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatg                                                                              <  1:924059‑M2/101‑22 (MQ=255)
                      ggTTGTCCCGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatgg                                                                             >  2:913746‑M2/1‑79 (MQ=255)
                         tGTCCCGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgt                                                                          <  1:468963‑M2/101‑26 (MQ=255)
                         tGTCCCGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgt                                                                          <  1:412974‑M2/101‑26 (MQ=255)
                           gcccgAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgttt                                                                        >  2:1439202‑M2/2‑74 (MQ=255)
                            cccGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttt                                                                       >  1:185965‑M2/1‑73 (MQ=255)
                             ccGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgttttt                                                                      <  2:518424‑M2/101‑30 (MQ=255)
                             ccGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgttttt                                                                      >  2:72781‑M2/1‑72 (MQ=255)
                              cGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttg                                                                     >  2:924054‑M2/1‑71 (MQ=255)
                                 gCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg                                                                  >  2:1375462‑M2/1‑68 (MQ=255)
                                 gCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg                                                                  >  2:328943‑M2/1‑68 (MQ=255)
                                   ctctTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg                                                                <  2:1371374‑M2/101‑36 (MQ=255)
                                   ctctTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg                                                                <  1:593568‑M2/101‑36 (MQ=255)
                                    tctTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc                                                               >  2:17718‑M2/1‑65 (MQ=255)
                                        tGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcca                                                           <  1:815069‑M2/101‑41 (MQ=255)
                                         gACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccag                                                          >  2:368276‑M2/1‑60 (MQ=255)
                                            ggATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtgg                                                       <  1:1634966‑M2/101‑45 (MQ=255)
                                            ggATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtgg                                                       <  1:575561‑M2/101‑45 (MQ=255)
                                             gATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggc                                                      >  2:620129‑M2/1‑56 (MQ=255)
                                              aTGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgattagtgtaagatggtgtttttgaggtgctccagtggctt                                                     >  2:1387733‑M2/1‑55 (MQ=255)
                                                 tAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttct                                                  <  2:1161785‑M2/101‑50 (MQ=255)
                                                 tAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttct                                                  <  1:43897‑M2/101‑50 (MQ=255)
                                                  aaTTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctg                                                 <  2:525954‑M2/101‑51 (MQ=255)
                                                   aTTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgt                                                <  2:1168998‑M2/101‑52 (MQ=255)
                                                    ttAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttacggtatgatggggtttttgaggtgctccagtggcttctgtt                                               <  2:1199230‑M2/101‑53 (MQ=255)
                                                     tAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgttt                                              >  2:924736‑M2/1‑48 (MQ=255)
                                                     tAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgttt                                              <  1:485547‑M2/101‑54 (MQ=255)
                                                      aaaaTGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttc                                             <  2:1457882‑M2/101‑55 (MQ=255)
                                                         aTGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctat                                          >  2:637186‑M2/1‑44 (MQ=255)
                                                           gTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatca                                        >  2:1634960‑M2/1‑42 (MQ=255)
                                                              gAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctattagct                                     >  2:1716282‑M2/1‑39 (MQ=255)
                                                                 agccccgacatagatATTAATGGGGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggggtttttgaggtgctccagtggcttctggttctatcagctgtt                                  <  2:1637572‑M2/94‑66 (MQ=255)
                                                                     aaTACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctc                              <  1:1601188‑M2/101‑70 (MQ=255)
                                                                      aTACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcc                             <  1:292890‑M2/101‑71 (MQ=255)
                                                                       tACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcct                            >  1:1371380‑M2/1‑30 (MQ=255)
                                                                         cATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgt                          >  1:8205‑M2/1‑28 (MQ=255)
                                                                           tAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttc                        >  2:343235‑M2/1‑26 (MQ=255)
                                                                           tAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttc                        >  1:1310975‑M2/1‑26 (MQ=255)
                                                                           tAGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttc                        >  2:904274‑M2/1‑26 (MQ=255)
                                                                            aGATATTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttca                       <  2:1151587‑M2/101‑77 (MQ=255)
                                                                               tatTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagct                    >  2:395949‑M2/1‑22 (MQ=255)
                                                                                atTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagcta                   <  1:1213762‑M2/101‑81 (MQ=255)
                                                                                atTAATGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagcta                   <  1:379833‑M2/101‑81 (MQ=255)
                                                                                    aTGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactga               <  2:1235259‑M2/101‑85 (MQ=255)
                                                                                     tGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgac              >  2:546470‑M2/1‑16 (MQ=255)
                                                                                     tGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgac              >  2:658405‑M2/1‑16 (MQ=255)
                                                                                     tGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgac              >  1:313287‑M2/1‑16 (MQ=255)
                                                                                     tGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgac              <  1:656389‑M2/101‑86 (MQ=255)
                                                                                     tGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgac              >  1:863816‑M2/1‑16 (MQ=255)
                                                                                     tGGTGATGCTGCCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgac              >  2:1506163‑M2/1‑16 (MQ=255)
                                                                                               gcCAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagcttctgacggggtggggc    <  1:53207‑M2/101‑96 (MQ=255)
                                                                                               gcCAACttactgatttagtgtatgatggtgcttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggggc    <  2:72848‑M2/101‑96 (MQ=255)
                                                                                                ccAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgcgccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgatcagctactgaggggggggggct   <  1:453655‑M2/101‑97 (MQ=255)
                                                                                                 cAACttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacgggggggggggt  <  2:1111888‑M2/101‑98 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                                 
CTGCAACATTGTTTTCCTTGCGGGTTGTCCCGAGCCTCTTTGACGGATGTAATTAAAATGTTGAATCAAAATACATAGATATTAATGGTGATGCTGCCAAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  48/29857‑29957

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.