| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 137 | 1 = | 0 (0.000) | 79 (1.370) | 55/166 | 0.0 | 80.2% | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| ? | 21 | = 40480 | 39 (0.720) | intergenic (–/–) | –/– | –/– | |||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
GAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCTTTTTTTTACCCCGATCACGGATTTGGCATGATTTTGAAC > 21/40379‑40580 | gaagtcttcacagtatatttgaaaaagaactctaagggaaagTGGTTGTGGGG‑CCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCa < 2:385841‑M1/59‑1 (MQ=255) gACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAg < 1:1416697‑M2/101‑2 (MQ=255) gtcttcacagtatatttgaaaaagaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAgg < 2:1106295‑M1/62‑1 (MQ=255) cttcacagtatatttgaaaaagaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGgct < 1:1305453‑M1/64‑1 (MQ=255) cttcacagtatatttgaaaaagaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGgct < 2:37239‑M1/64‑1 (MQ=255) cttcacagtatatttgaaaaagaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGgct < 1:1123286‑M1/64‑1 (MQ=255) aGAAACAAAAAAACACCCGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctg < 1:498214‑M2/101‑6 (MQ=255) cagtatatttgaaaaagaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTcc > 1:1002862‑M1/33‑101 (MQ=255) cagtatatttgaaaaagaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTcc < 1:1376473‑M1/69‑1 (MQ=255) cagtatatttgaaaaagaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTcc > 1:1232624‑M1/33‑101 (MQ=255) gtatatttgaaaaagaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCAc < 2:1089982‑M1/71‑1 (MQ=255) tatatttgaaaaagaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCAcc > 1:1525273‑M1/30‑101 (MQ=255) atttgaaaaagaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCcg < 2:421101‑M1/75‑1 (MQ=255) atttgaaaaagaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCcg < 1:816507‑M1/75‑1 (MQ=255) aaaCACCCGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccg < 1:294155‑M2/101‑16 (MQ=255) tttgaaaaagaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCcgc < 1:1156649‑M1/76‑1 (MQ=255) aaaaagaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCAccccgcgcct < 2:597854‑M1/80‑4 (MQ=255) aaaaagaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCAccccgcgcct > 1:1689528‑M1/22‑98 (MQ=255) aaaaagaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCAccccgcgcct > 1:980273‑M1/22‑98 (MQ=255) aaaagaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCaccccgcgcctg < 2:98970‑M1/81‑5 (MQ=255) cGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGt < 2:1119731/101‑1 (MQ=255) cGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGt > 2:1013275/1‑101 (MQ=255) cGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGt < 2:1140549/101‑1 (MQ=255) aaagaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCcaccccgcgcctga < 1:1064546‑M1/82‑6 (MQ=255) aagaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTccaccccgcgcctgaa < 2:1645004‑M1/83‑7 (MQ=255) agaactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCtccaccccgcgcctgaaa < 1:778800‑M1/84‑8 (MQ=255) aactctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTgctccaccccgcgcctgaaacg > 1:962638‑M1/16‑92 (MQ=255) aGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGAt < 1:1040837/101‑1 (MQ=255) aGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGAt < 2:748750/101‑1 (MQ=255) actctaagggaaagTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCtgctccaccccgcgcctgaaacgt < 2:1715697‑M1/87‑11 (MQ=255) ttCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGATCCGACGACCTTCGGTTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCAc < 2:1518597/101‑1 (MQ=255) aagggaaagtggttgCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaa < 2:517661‑M2/95‑33 (MQ=255) gggaaagtggtTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaat > 1:641209‑M2/5‑67 (MQ=255) ggaaagtggTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaatt > 1:874835‑M2/4‑66 (MQ=255) aataatTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACtat < 2:1082722/101‑1 (MQ=255) ataatTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACtata < 1:1336444/101‑1 (MQ=255) ataatTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACtata < 1:477293/101‑1 (MQ=255) taatTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATAc < 1:961384/101‑1 (MQ=255) taatTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATAc < 2:1269066/101‑1 (MQ=255) taatTGGTTGCGGGGGCCGGATGTGAACCCCCGCCCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCCCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATAc < 1:181223/101‑1 (MQ=255) aaagtGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattct < 2:567714‑M2/100‑38 (MQ=255) atTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTc > 1:698782/1‑101 (MQ=255) agtggTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctac < 2:896078‑M2/99‑40 (MQ=255) agtggTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctac > 1:1640936‑M2/3‑62 (MQ=255) agtggTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctac > 2:24691‑M2/3‑62 (MQ=255) agtggTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctac < 1:562793‑M2/99‑40 (MQ=255) tGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactc > 1:1140073‑M2/1‑60 (MQ=255) TGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCg > 1:375188‑M1/1‑101 (MQ=255) TTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTc > 1:1534721‑M1/1‑101 (MQ=255) gCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactcgtttt < 2:712684‑M2/101‑47 (MQ=255) ggggCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctcccccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactcgttttggg > 2:1123281‑M2/1‑52 (MQ=255) GGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGttt > 1:587489‑M1/1‑101 (MQ=255) ggCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactcgttttgggta > 1:184302‑M2/1‑50 (MQ=255) GGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGtttt < 1:1397023‑M1/101‑1 (MQ=255) ccGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactcgttttgggtaaa < 1:1511664‑M2/101‑54 (MQ=255) CCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCa > 2:1416691‑M1/1‑101 (MQ=255) cGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactcgttttgggtaaaa < 2:890000‑M2/101‑55 (MQ=255) CGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCAt > 2:1355570‑M1/1‑101 (MQ=255) GGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATg < 1:1161968‑M1/101‑1 (MQ=255) gATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactcgttttgggtaaaaaa < 2:478340‑M2/101‑57 (MQ=255) aTTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactcgttttgggtaaaaaat > 1:1350195‑M2/1‑44 (MQ=255) tttGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactcgttttgggtaaaaaatg < 1:379801‑M2/101‑59 (MQ=255) tttGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactcgttttgggtaaaaaatg < 1:917903‑M2/101‑59 (MQ=255) aCCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCttt > 2:1578273/1‑101 (MQ=255) cgacgaCCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactcgttttgggtaaaaaatgcaaatac > 2:1064541‑M2/1‑36 (MQ=255) cgacgaCCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactcgttttgggtaaaaaatgcaaatac > 1:385846‑M2/1‑36 (MQ=255) gacgacCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtttttt < 1:1013280/101‑1 (MQ=255) gacgacCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtttttt < 2:1649918/101‑1 (MQ=255) acgacCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCttttttt < 2:1051794/101‑1 (MQ=255) acgacCTTCGGGGTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGCTTTCATGCAACCttttctt > 2:245488/1‑101 (MQ=255) cgacCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtttttttt > 2:340627/1‑101 (MQ=255) gacCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactcgttttgggtaaaaaatgcaaatactgct < 2:1640751‑M2/101‑70 (MQ=255) gacCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactcgttttgggtaaaaaatgcaaatactgct < 1:110893‑M2/101‑70 (MQ=255) gacCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactcgttttgggtaaaaaatgcaaatactgct < 1:91703‑M2/101‑70 (MQ=255) cTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactcgttttgggtaaaaaatgcaaatactgctggg < 1:1474614‑M2/101‑73 (MQ=255) gggTTATGAGCCCGACGAGCTACCAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactcgttttgggtaaaaaatgcaaatactgctgggattt < 2:523380‑M2/101‑77 (MQ=255) 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ccAggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactcgttttgggtaaaaaatgcaaatactgctgggatttggtgtaccgagacgggacgtaa > 2:1355278‑M2/1‑3 (MQ=255) ccAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCTTTTTTTTACCCCGATCACGGATTTGGCATGATTTTGa < 2:1397017/101‑1 (MQ=255) aggctgctccaccccgcgcctgaaacgtggcaaattctactcgttttgggtaaaaaatgcaaatactgctgggatttggtgtaccgagacgggacgtaaaa > 2:424333‑M2/1‑1 (MQ=255) | GAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCTTTTTTTTACCCCGATCACGGATTTGGCATGATTTTGAAC > 21/40379‑40580 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |