Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
MC JC	REL606	1,974,040	Δ8,273 bp	IS1‑mediated	[yedU]–[yeeI]	[yedU], yedV, yedW, yedX, yedY, yedZ, yodA, yodB, serU, [yeeI]

Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	REL606	1973327–1974039	1982312	8274–8986	22 [20]	[0] 86	[insA‑13]–[yeeI]	[insA‑13],insB‑13,yedU,yedV,yedW,yedX,yedY,yedZ,yodA,yodB,serU,[yeeI]

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	REL606	= 1974039	NA (NA)	85 (1.320)	63/200	0.1	100%	noncoding (768/768 nt)	IS1	repeat region
	?	REL606	1982313 =	0 (0.000)					coding (664/798 nt)	yeeI	hypothetical protein

ACCACTTAACGGCGTCTTCACCGCACGATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACT  >  REL606/1973226‑1973368                                                                                                     |                                           accacTTAACGGCGTCTTCACCGCACGATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCa                                            <  2:712131/101‑1 (MQ=255) accacTTAACGGCGTCTTCACCGCACGATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCa                                            >  1:471541/1‑101 (MQ=255)     cTTAACGGCGTCTTCCCCGCACGATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTgg                                        <  1:360737/101‑1 (MQ=255)       tAACGGCGTCTTCACCGCACGATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCt                                      <  1:846561/101‑1 (MQ=255)        aaCGGCGTCTTCACCGCACGATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCtt                                     >  1:1202203/1‑101 (MQ=255)             cGTCTTCACCGCACGATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGtt                                >  2:898253/1‑101 (MQ=255)              gTCTTCACCGCACGATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGttt                               <  1:959890/101‑1 (MQ=255)              gTCTTCACCGCACGATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGttt                               >  1:281695/1‑101 (MQ=255)                    aCCGCACGATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCa                         <  1:426757/101‑1 (MQ=255)                    aCCGCACGATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCa                         <  1:883872/101‑1 (MQ=255)                         aCGATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGt                    <  2:309918/101‑1 (MQ=255)                             tGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCcct                >  2:1509167/1‑101 (MQ=255)                             tGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCcct                >  1:524847/1‑101 (MQ=255)                             tGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCcct                >  1:140381/1‑101 (MQ=255)                              gCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCcctc               <  2:785599/101‑1 (MQ=255)                                cTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCcctcct             >  2:177365/1‑101 (MQ=255)                                cTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCcctcct             >  2:785454/1‑101 (MQ=255)                                cTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCcctcct             >  1:520454/1‑101 (MQ=255)                                cTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGATGTCcctccc             >  2:14820/1‑100 (MQ=255)                                       acgacTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGc      >  2:1184394/1‑101 (MQ=38)                                          acTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTAc   >  2:49262/1‑101 (MQ=33)                                           cTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACt  <  2:312659/101‑1 (MQ=32)                                                                                                     |                                           ACCACTTAACGGCGTCTTCACCGCACGATGCCTCACCGACGACTTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACT  >  REL606/1973226‑1973368

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑