Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 430,835 | C→T | 100% | intergenic (‑48/‑108) | insL‑2 ← / → lon | putative transposase insL for insertion sequence IS186/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 430,835 | 0 | C | T | 100.0% | 292.9 / NA | 88 | intergenic (‑48/‑108) | insL‑2/lon | putative transposase insL for insertion sequence IS186/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (46/42); total (46/42) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATG > REL606/430796‑430882 | tAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGa < 1:7011811/51‑1 (MQ=9) tAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGa > 1:5659640/1‑51 (MQ=9) tAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGa < 1:6654644/51‑1 (MQ=9) tAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGa < 1:3940699/51‑1 (MQ=9) aaaTCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGaa > 1:4131357/1‑51 (MQ=16) aaaTCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGaa < 1:5208467/51‑1 (MQ=16) aTCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAAc > 1:2396330/1‑51 (MQ=255) tCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACa < 1:2092125/51‑1 (MQ=255) tCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACa < 1:6363182/51‑1 (MQ=255) tCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACa > 1:4190506/1‑51 (MQ=255) cATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACAt > 1:6254968/1‑51 (MQ=255) cATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACAt < 1:10121521/51‑1 (MQ=255) cATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACAt < 1:2276388/51‑1 (MQ=255) cATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACAt < 1:140676/51‑1 (MQ=255) cATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACAt < 1:7092177/51‑1 (MQ=255) atatCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATc < 1:6248203/51‑1 (MQ=255) atCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATccc > 1:6796303/1‑51 (MQ=255) atCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATccc > 1:5810340/1‑51 (MQ=255) atCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATccc > 1:288230/1‑51 (MQ=255) atCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATccc < 1:6918836/51‑1 (MQ=255) atCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATcc > 1:9171472/1‑50 (MQ=255) tCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATcccc > 1:5415774/1‑51 (MQ=255) tCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATcccc > 1:10045967/1‑51 (MQ=255) cAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCa < 1:5825904/51‑1 (MQ=255) cAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCa < 1:8444419/51‑1 (MQ=255) aGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCat < 1:9430184/51‑1 (MQ=255) aGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCat > 1:9221912/1‑51 (MQ=255) ggCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCata < 1:848889/51‑1 (MQ=255) ggCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCata < 1:6456665/51‑1 (MQ=255) ggCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCata > 1:6886664/1‑51 (MQ=255) gCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCatat < 1:3510024/51‑1 (MQ=255) gCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCatat < 1:487858/51‑1 (MQ=255) cGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCAtata > 1:6518045/1‑51 (MQ=255) gTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATAc > 1:264647/1‑51 (MQ=255) tAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACt > 1:6574061/1‑51 (MQ=255) tAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACt < 1:6719613/51‑1 (MQ=255) tAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACt > 1:8218007/1‑51 (MQ=255) aaTACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTg < 1:6205214/51‑1 (MQ=255) aaTACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTg < 1:2152001/51‑1 (MQ=255) aaTACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTg > 1:10582239/1‑51 (MQ=255) aaTACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTg > 1:1166463/1‑51 (MQ=255) aaTACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTg < 1:4986919/51‑1 (MQ=255) aTACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGa < 1:9015324/51‑1 (MQ=255) aTACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGa > 1:2809082/1‑51 (MQ=255) tACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGAc < 1:9924893/51‑1 (MQ=255) tACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGAc < 1:5390045/51‑1 (MQ=255) tACCACAACCCTCAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGAc > 1:4738496/1‑51 (MQ=25) aCCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACg < 1:4378607/51‑1 (MQ=255) aCCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACg < 1:4598452/51‑1 (MQ=255) ccACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGt > 1:8269792/1‑51 (MQ=255) cacaACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTa < 1:7400153/51‑1 (MQ=255) acaACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTAc > 1:2170484/1‑51 (MQ=255) acaACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTAc > 1:1621027/1‑51 (MQ=255) acaACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTAc > 1:7935136/1‑51 (MQ=255) caACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACa > 1:5599913/1‑51 (MQ=255) caACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACa < 1:9513290/51‑1 (MQ=255) aaCCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACAt > 1:10078572/1‑51 (MQ=255) aCCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATg < 1:5172994/51‑1 (MQ=255) cccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGt > 1:962356/1‑51 (MQ=255) cccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGt < 1:3580828/51‑1 (MQ=255) ccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGtt > 1:3931032/1‑51 (MQ=255) ccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGtt < 1:5180435/51‑1 (MQ=255) ccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGtt < 1:8604174/51‑1 (MQ=255) ccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGtt > 1:2791385/1‑51 (MQ=255) ccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGtt > 1:8608668/1‑51 (MQ=255) cTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTa < 1:6278770/51‑1 (MQ=255) cTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTa > 1:1178904/1‑51 (MQ=255) cTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTa < 1:9677001/51‑1 (MQ=255) cTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTa < 1:7578200/51‑1 (MQ=255) cTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTa < 1:1483282/51‑1 (MQ=255) ttAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTaa > 1:1487401/1‑51 (MQ=255) ttAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTaa < 1:7781524/51‑1 (MQ=255) ttAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTaa > 1:5806654/1‑51 (MQ=255) ttAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTaa > 1:9909341/1‑51 (MQ=255) tAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAAt > 1:10035437/1‑51 (MQ=255) tAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAAt > 1:7887060/1‑51 (MQ=255) tAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAAt < 1:4307359/51‑1 (MQ=255) aaGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATa > 1:2143066/1‑51 (MQ=255) aaGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATa < 1:3720896/51‑1 (MQ=255) aaGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATa > 1:48043/1‑51 (MQ=255) aGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAg > 1:3875234/1‑51 (MQ=255) gTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGa < 1:4676577/51‑1 (MQ=255) ttAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGAt > 1:2745319/1‑51 (MQ=255) ttAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGAt > 1:1831598/1‑51 (MQ=255) tAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATg > 1:4094171/1‑51 (MQ=255) tAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATg > 1:3979484/1‑51 (MQ=255) tAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATg > 1:1068036/1‑51 (MQ=255) tAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATg > 1:9222239/1‑51 (MQ=255) | TAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATG > REL606/430796‑430882 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |