Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 430,835 C→T 100% intergenic (‑48/‑108) insL‑2 ← / → lon putative transposase insL for insertion sequence IS186/DNA‑binding ATP‑dependent protease La

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*REL606430,8350CT100.0% 292.9 / NA 88intergenic (‑48/‑108)insL‑2/lonputative transposase insL for insertion sequence IS186/DNA‑binding ATP‑dependent protease La
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (46/42);  total (46/42)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

TAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATG  >  REL606/430796‑430882
                                       |                                               
tAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGa                                      <  1:7011811/51‑1 (MQ=9)
tAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGa                                      >  1:5659640/1‑51 (MQ=9)
tAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGa                                      <  1:6654644/51‑1 (MQ=9)
tAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGa                                      <  1:3940699/51‑1 (MQ=9)
 aaaTCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGaa                                     >  1:4131357/1‑51 (MQ=16)
 aaaTCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGaa                                     <  1:5208467/51‑1 (MQ=16)
   aTCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAAc                                   >  1:2396330/1‑51 (MQ=255)
    tCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACa                                  <  1:2092125/51‑1 (MQ=255)
    tCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACa                                  <  1:6363182/51‑1 (MQ=255)
    tCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACa                                  >  1:4190506/1‑51 (MQ=255)
     cATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACAt                                 >  1:6254968/1‑51 (MQ=255)
     cATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACAt                                 <  1:10121521/51‑1 (MQ=255)
     cATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACAt                                 <  1:2276388/51‑1 (MQ=255)
     cATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACAt                                 <  1:140676/51‑1 (MQ=255)
     cATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACAt                                 <  1:7092177/51‑1 (MQ=255)
      atatCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATc                                <  1:6248203/51‑1 (MQ=255)
        atCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATccc                              >  1:6796303/1‑51 (MQ=255)
        atCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATccc                              >  1:5810340/1‑51 (MQ=255)
        atCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATccc                              >  1:288230/1‑51 (MQ=255)
        atCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATccc                              <  1:6918836/51‑1 (MQ=255)
        atCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATcc                               >  1:9171472/1‑50 (MQ=255)
         tCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATcccc                             >  1:5415774/1‑51 (MQ=255)
         tCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATcccc                             >  1:10045967/1‑51 (MQ=255)
          cAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCa                            <  1:5825904/51‑1 (MQ=255)
          cAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCa                            <  1:8444419/51‑1 (MQ=255)
           aGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCat                           <  1:9430184/51‑1 (MQ=255)
           aGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCat                           >  1:9221912/1‑51 (MQ=255)
            ggCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCata                          <  1:848889/51‑1 (MQ=255)
            ggCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCata                          <  1:6456665/51‑1 (MQ=255)
            ggCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCata                          >  1:6886664/1‑51 (MQ=255)
             gCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCatat                         <  1:3510024/51‑1 (MQ=255)
             gCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCatat                         <  1:487858/51‑1 (MQ=255)
              cGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCAtata                        >  1:6518045/1‑51 (MQ=255)
               gTAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATAc                       >  1:264647/1‑51 (MQ=255)
                tAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACt                      >  1:6574061/1‑51 (MQ=255)
                tAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACt                      <  1:6719613/51‑1 (MQ=255)
                tAATACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACt                      >  1:8218007/1‑51 (MQ=255)
                 aaTACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTg                     <  1:6205214/51‑1 (MQ=255)
                 aaTACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTg                     <  1:2152001/51‑1 (MQ=255)
                 aaTACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTg                     >  1:10582239/1‑51 (MQ=255)
                 aaTACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTg                     >  1:1166463/1‑51 (MQ=255)
                 aaTACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTg                     <  1:4986919/51‑1 (MQ=255)
                  aTACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGa                    <  1:9015324/51‑1 (MQ=255)
                  aTACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGa                    >  1:2809082/1‑51 (MQ=255)
                   tACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGAc                   <  1:9924893/51‑1 (MQ=255)
                   tACCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGAc                   <  1:5390045/51‑1 (MQ=255)
                   tACCACAACCCTCAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGAc                   >  1:4738496/1‑51 (MQ=25)
                    aCCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACg                  <  1:4378607/51‑1 (MQ=255)
                    aCCACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACg                  <  1:4598452/51‑1 (MQ=255)
                     ccACAACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGt                 >  1:8269792/1‑51 (MQ=255)
                      cacaACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTa                <  1:7400153/51‑1 (MQ=255)
                       acaACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTAc               >  1:2170484/1‑51 (MQ=255)
                       acaACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTAc               >  1:1621027/1‑51 (MQ=255)
                       acaACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTAc               >  1:7935136/1‑51 (MQ=255)
                        caACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACa              >  1:5599913/1‑51 (MQ=255)
                        caACCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACa              <  1:9513290/51‑1 (MQ=255)
                         aaCCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACAt             >  1:10078572/1‑51 (MQ=255)
                          aCCCTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATg            <  1:5172994/51‑1 (MQ=255)
                           cccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGt           >  1:962356/1‑51 (MQ=255)
                           cccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGt           <  1:3580828/51‑1 (MQ=255)
                            ccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGtt          >  1:3931032/1‑51 (MQ=255)
                            ccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGtt          <  1:5180435/51‑1 (MQ=255)
                            ccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGtt          <  1:8604174/51‑1 (MQ=255)
                            ccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGtt          >  1:2791385/1‑51 (MQ=255)
                            ccTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGtt          >  1:8608668/1‑51 (MQ=255)
                             cTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTa         <  1:6278770/51‑1 (MQ=255)
                             cTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTa         >  1:1178904/1‑51 (MQ=255)
                             cTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTa         <  1:9677001/51‑1 (MQ=255)
                             cTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTa         <  1:7578200/51‑1 (MQ=255)
                             cTTAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTa         <  1:1483282/51‑1 (MQ=255)
                              ttAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTaa        >  1:1487401/1‑51 (MQ=255)
                              ttAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTaa        <  1:7781524/51‑1 (MQ=255)
                              ttAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTaa        >  1:5806654/1‑51 (MQ=255)
                              ttAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTaa        >  1:9909341/1‑51 (MQ=255)
                               tAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAAt       >  1:10035437/1‑51 (MQ=255)
                               tAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAAt       >  1:7887060/1‑51 (MQ=255)
                               tAAGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAAt       <  1:4307359/51‑1 (MQ=255)
                                aaGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATa      >  1:2143066/1‑51 (MQ=255)
                                aaGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATa      <  1:3720896/51‑1 (MQ=255)
                                aaGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATa      >  1:48043/1‑51 (MQ=255)
                                 aGTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAg     >  1:3875234/1‑51 (MQ=255)
                                  gTTAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGa    <  1:4676577/51‑1 (MQ=255)
                                   ttAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGAt   >  1:2745319/1‑51 (MQ=255)
                                   ttAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGAt   >  1:1831598/1‑51 (MQ=255)
                                    tAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATg  >  1:4094171/1‑51 (MQ=255)
                                    tAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATg  >  1:3979484/1‑51 (MQ=255)
                                    tAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATg  >  1:1068036/1‑51 (MQ=255)
                                    tAGTGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATg  >  1:9222239/1‑51 (MQ=255)
                                       |                                               
TAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATG  >  REL606/430796‑430882

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: