Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,338,108 | T→G | 100% | intergenic (+266/‑63) | prmA → / → yhdG | ribosomal protein L11 methyltransferase/tRNA‑dihydrouridine synthase B |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,338,108 | 0 | T | G | 100.0% | 463.3 / NA | 120 | intergenic (+266/‑63) | prmA/yhdG | ribosomal protein L11 methyltransferase/tRNA‑dihydrouridine synthase B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (62/58); total (62/58) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATG > REL606/3338061‑3338155 | cAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAgctc < 1:7590664/51‑1 (MQ=255) aaTTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCg > 1:9615078/1‑51 (MQ=255) aaTTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCg > 1:7029843/1‑51 (MQ=255) aaTTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGCCAAAGTTTGGCCTTTCAgct > 1:3417836/1‑49 (MQ=255) ttCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTg > 1:7826051/1‑51 (MQ=255) ttCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTg < 1:2110148/51‑1 (MQ=255) ttCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTg > 1:7272386/1‑51 (MQ=255) ttCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTg > 1:820830/1‑51 (MQ=255) tCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGc > 1:8022051/1‑51 (MQ=255) cTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCa > 1:6634813/1‑51 (MQ=255) cTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCa > 1:8828535/1‑51 (MQ=255) cTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCa < 1:8337278/51‑1 (MQ=255) tttGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCaa < 1:1302329/51‑1 (MQ=255) tttGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCaa > 1:5515345/1‑51 (MQ=255) tttGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCaa > 1:4005026/1‑51 (MQ=255) tttGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCaa > 1:5600599/1‑51 (MQ=255) ttGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCaaa < 1:7409375/51‑1 (MQ=255) tGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCaaaa > 1:10092143/1‑51 (MQ=255) tGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCaaaa < 1:6005848/51‑1 (MQ=255) gATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCaaaaa > 1:6284589/1‑51 (MQ=255) gATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCaaaaa < 1:7404901/51‑1 (MQ=255) gATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCaaaaa > 1:9074858/1‑51 (MQ=255) gATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCaaaaa > 1:6933179/1‑51 (MQ=255) aTCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCaaaaaa < 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tctcAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGt > 1:3674234/1‑51 (MQ=255) tctcAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGt < 1:657164/51‑1 (MQ=255) ctcAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTa > 1:1506506/1‑51 (MQ=255) ctcAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTa > 1:6496147/1‑51 (MQ=255) ctcAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTa < 1:6989878/51‑1 (MQ=255) ctcAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTa > 1:6677476/1‑51 (MQ=255) tcAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTaa > 1:7838980/1‑51 (MQ=255) tcAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTaa > 1:3974051/1‑51 (MQ=255) tcAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTaa < 1:9492353/51‑1 (MQ=255) cAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAat > 1:7035171/1‑51 (MQ=255) agagGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAata > 1:8349468/1‑51 (MQ=255) agagGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAata < 1:5684049/51‑1 (MQ=255) gagGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAatat > 1:2350339/1‑51 (MQ=255) agGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAAtata < 1:10501287/51‑1 (MQ=255) agGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAAtata < 1:2735984/51‑1 (MQ=255) agGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAAtata < 1:6372252/51‑1 (MQ=255) agGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAAtata < 1:10703741/51‑1 (MQ=255) agGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCCTGCAAAAAATGCGTAAtata > 1:10913910/1‑51 (MQ=39) gATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATAcg < 1:2538251/51‑1 (MQ=255) gATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATAcg > 1:2167067/1‑51 (MQ=255) ttGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATAcgcc < 1:10050481/51‑1 (MQ=255) ttGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATAcgcc > 1:6776572/1‑51 (MQ=255) tGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATAcgccg > 1:1198520/1‑51 (MQ=255) tGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATAcgccg > 1:8615856/1‑51 (MQ=255) tGGTCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATAcgccg > 1:6320119/1‑51 (MQ=255) tCAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCt > 1:5510950/1‑51 (MQ=255) cAAAGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCtt < 1:6534575/51‑1 (MQ=255) aaaGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTg > 1:4811999/1‑51 (MQ=255) aaaGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTg > 1:4146957/1‑51 (MQ=255) aaaGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTg > 1:2712763/1‑51 (MQ=255) aaaGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTg > 1:1103062/1‑51 (MQ=255) aaaGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTg > 1:6546443/1‑51 (MQ=255) aaGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGc < 1:6181748/51‑1 (MQ=255) aaGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGc < 1:8636722/51‑1 (MQ=255) aGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCa < 1:7570696/51‑1 (MQ=255) aGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCa < 1:10178469/51‑1 (MQ=255) aGTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCa < 1:7065580/51‑1 (MQ=255) gTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAg < 1:6170525/51‑1 (MQ=255) gTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAg < 1:7664275/51‑1 (MQ=255) gTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAg < 1:8454326/51‑1 (MQ=255) gTTTGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAg < 1:5984621/51‑1 (MQ=255) tttGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGt > 1:8641029/1‑51 (MQ=255) tttGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGt > 1:10537087/1‑51 (MQ=255) ttGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTc < 1:8079426/51‑1 (MQ=255) ttGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTc > 1:8308108/1‑51 (MQ=255) tGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTca < 1:8508422/51‑1 (MQ=255) tGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTca > 1:4572722/1‑51 (MQ=255) tGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTca < 1:4241879/51‑1 (MQ=255) tGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTca > 1:7743443/1‑51 (MQ=255) tGGCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTca > 1:1072697/1‑51 (MQ=255) ggCCTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTcac > 1:1218693/1‑51 (MQ=255) ccTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAg < 1:8777753/51‑1 (MQ=255) ccTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAg > 1:2243098/1‑51 (MQ=255) cTTTCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGt > 1:9706153/1‑51 (MQ=255) tttCAGCTCGTGCAAAAAATGTGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTa > 1:9314220/1‑51 (MQ=39) tttCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTa > 1:6637302/1‑51 (MQ=255) tttCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTa > 1:5908794/1‑51 (MQ=255) tttCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTa < 1:3579949/51‑1 (MQ=255) tttCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTa > 1:4361622/1‑51 (MQ=255) ttCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTAt < 1:9086226/51‑1 (MQ=255) ttCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTAt < 1:7254361/51‑1 (MQ=255) tCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATg < 1:1187364/51‑1 (MQ=255) tCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATg < 1:8691317/51‑1 (MQ=255) tCAGCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATg > 1:2602069/1‑51 (MQ=255) | CAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATG > REL606/3338061‑3338155 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |