Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 2,847,052 | A→G | 100% | V10A (GTT→GCT) | recD ← | exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 2,847,052 | 0 | A | G | 100.0% | 486.5 / NA | 126 | V10A (GTT→GCT) | recD | exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (48/78); total (48/78) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
GTCAGGGCAAATTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAACTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCAGGGTCA > REL606/2847004‑2847099 | gTCAGGGCAAATTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCt < 1:4121009/51‑1 (MQ=255) gTCAGGGCAAATTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCt < 1:255588/51‑1 (MQ=255) gTCAGGGCAAATTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCt > 1:8322607/1‑51 (MQ=255) gTCAGGGCAAATTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCt < 1:4327805/51‑1 (MQ=255) tCAGGGCAAATTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCtt < 1:4204752/51‑1 (MQ=255) cAGGGCAAATTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTc < 1:4182921/51‑1 (MQ=255) cAGGGCAAATTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTc > 1:4959237/1‑51 (MQ=255) aGGGCAAATTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTcc < 1:735337/51‑1 (MQ=255) aGGGCAAATTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTcc < 1:6474344/51‑1 (MQ=255) aGGGCAAATTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTcc > 1:7575292/1‑51 (MQ=255) gCAAATTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGt > 1:4571438/1‑51 (MQ=255) cAAATTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTa > 1:2897558/1‑51 (MQ=255) cAAATTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTa > 1:10406622/1‑51 (MQ=255) cAAATTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTa < 1:871947/51‑1 (MQ=255) cAAATTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTa > 1:1835150/1‑51 (MQ=255) cAAATTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGGTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTa < 1:10488882/51‑1 (MQ=39) cAAATTACACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTa > 1:3853740/1‑51 (MQ=38) aaaTTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTaa < 1:4026120/51‑1 (MQ=255) aaaTTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTaa > 1:8168099/1‑51 (MQ=255) aaTTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAAt > 1:2983368/1‑51 (MQ=255) aTTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAAtt < 1:10548660/51‑1 (MQ=255) aTTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAAtt < 1:9747572/51‑1 (MQ=255) ttGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTg > 1:5903680/1‑51 (MQ=255) ttGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTg < 1:8084594/51‑1 (MQ=255) ttGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTg < 1:2720990/51‑1 (MQ=255) ttGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTg > 1:2802942/1‑51 (MQ=255) tGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGc < 1:3557940/51‑1 (MQ=255) tGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGc > 1:2304302/1‑51 (MQ=255) tGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGc > 1:10789624/1‑51 (MQ=255) cacaTCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCtt < 1:9818349/51‑1 (MQ=255) cacaTCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCtt < 1:5367838/51‑1 (MQ=255) acaTCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCttt < 1:4610889/51‑1 (MQ=255) acaTCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCttt > 1:10571297/1‑51 (MQ=255) caTCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCtttt < 1:10895612/51‑1 (MQ=255) ccAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCa < 1:4278283/51‑1 (MQ=255) ccAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCa < 1:4849980/51‑1 (MQ=255) ccAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCa < 1:3784978/51‑1 (MQ=255) ccAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCa < 1:9441775/51‑1 (MQ=255) ccAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCa < 1:3349795/51‑1 (MQ=255) cAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCaa > 1:1144581/1‑51 (MQ=255) cAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCaa < 1:6938313/51‑1 (MQ=255) cAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCaa < 1:6018859/51‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAAt > 1:6843170/1‑51 (MQ=255) gCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAAtt < 1:2903128/51‑1 (MQ=255) cGGGTGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAAtnt < 1:5519930/51‑1 (MQ=255) cGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAAttt > 1:5531511/1‑51 (MQ=255) cGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAAttt < 1:2461305/51‑1 (MQ=255) gggCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTc > 1:8174052/1‑51 (MQ=255) gggCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTc < 1:5072481/51‑1 (MQ=255) gggCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTc < 1:6981817/51‑1 (MQ=255) gggCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTc < 1:3957741/51‑1 (MQ=255) ggCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCa < 1:9497655/51‑1 (MQ=255) ggCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCa < 1:8353606/51‑1 (MQ=255) gCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCAt < 1:7630410/51‑1 (MQ=255) cGTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCAtt < 1:2197525/51‑1 (MQ=255) gTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTa < 1:2288348/51‑1 (MQ=255) gTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTa < 1:10116395/51‑1 (MQ=255) gTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTa < 1:10730559/51‑1 (MQ=255) gTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTa < 1:3118174/51‑1 (MQ=255) gTAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTa > 1:437375/1‑51 (MQ=255) tAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTAc < 1:3530519/51‑1 (MQ=255) tAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTAc < 1:3695841/51‑1 (MQ=255) tAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTAc < 1:3557748/51‑1 (MQ=255) tAGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTAc < 1:3261830/51‑1 (MQ=255) aGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACg < 1:3913885/51‑1 (MQ=255) aGCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACg < 1:256460/51‑1 (MQ=255) gCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGc > 1:10105800/1‑51 (MQ=255) gCTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGc < 1:8518000/51‑1 (MQ=255) cTGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGcc < 1:2069874/51‑1 (MQ=255) tGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGcct > 1:2597411/1‑51 (MQ=255) tGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGcct < 1:41446/51‑1 (MQ=255) tGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGcct > 1:7059641/1‑51 (MQ=255) tGTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGcct < 1:5554591/51‑1 (MQ=255) gTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGcctc < 1:3496164/51‑1 (MQ=255) gTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGcctc > 1:9467511/1‑51 (MQ=255) gTTTGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGcctc < 1:4274677/51‑1 (MQ=255) tttGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGcctcc < 1:8353509/51‑1 (MQ=255) tttGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGcctcc < 1:2655796/51‑1 (MQ=255) ttGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGcctcct < 1:1866622/51‑1 (MQ=255) ttGTGCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGcctcct > 1:10183496/1‑51 (MQ=255) tgtgCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCctcctc < 1:1249884/51‑1 (MQ=255) gtgCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCtcctcc < 1:2627502/51‑1 (MQ=255) gtgCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCtcctcc < 1:4694731/51‑1 (MQ=255) tgCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCa > 1:9497252/1‑51 (MQ=255) tgCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCa > 1:6831998/1‑51 (MQ=255) gCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCAg > 1:8591638/1‑51 (MQ=255) gCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCAg < 1:496227/51‑1 (MQ=255) gCTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCAg < 1:5912837/51‑1 (MQ=255) cTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCAgg < 1:4199296/51‑1 (MQ=255) cTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCAgg < 1:10806350/51‑1 (MQ=255) cTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCAgg < 1:10597814/51‑1 (MQ=255) cTCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCAgg > 1:8752415/1‑51 (MQ=255) tCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCAggg > 1:7030986/1‑51 (MQ=255) tCCACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCAggg > 1:3096459/1‑51 (MQ=255) ccACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCAGGGt > 1:9787754/1‑51 (MQ=255) ccACAGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCAGGGt < 1:4787107/51‑1 (MQ=255) cacaGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCAGGGTc < 1:7496518/51‑1 (MQ=255) cacaGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCAGGGTc < 1:5249153/51‑1 (MQ=255) acaGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCAggg > 1:8341358/1‑48 (MQ=255) acaGCTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCAGGGTCa < 1:7404005/51‑1 (MQ=255) | GTCAGGGCAAATTGCACATCCAGCGGGCGTAGCTGTTTGTGCTCCACAACTTCCAGTAATTGCTTTTGCAATTTCATTACGCCTCCTCCAGGGTCA > REL606/2847004‑2847099 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |