| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,948,728 | T→C | 100% | M343V (ATG→GTG) | tap ← | methyl‑accepting protein IV |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,948,728 | 0 | T | C | 100.0% | 388.3 / NA | 104 | M343V (ATG→GTG) | tap | methyl‑accepting protein IV |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (67/37); total (67/37) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTT > REL606/1948681‑1948775 | gCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGt > 1:5897852/1‑51 (MQ=255)gCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGt < 1:4488803/51‑1 (MQ=255) ccAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTa < 1:9134173/51‑1 (MQ=255) ccAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTa > 1:4716285/1‑51 (MQ=255) ccAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTa < 1:2005117/51‑1 (MQ=255) cAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACgg > 1:10597619/1‑48 (MQ=255) aaTTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACt > 1:1938571/1‑51 (MQ=255) aaTTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACt < 1:4941231/51‑1 (MQ=255) aaTTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACt > 1:1741650/1‑51 (MQ=255) aTTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTg > 1:10491253/1‑51 (MQ=255) aTTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTg > 1:2986639/1‑51 (MQ=255) ttttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGa < 1:7933098/51‑1 (MQ=255) ttttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGa > 1:2853261/1‑51 (MQ=255) ttttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGa > 1:6927026/1‑51 (MQ=255) ttttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGa < 1:7590619/51‑1 (MQ=255) tttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGAc > 1:9293311/1‑51 (MQ=255) tttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGAc > 1:5835144/1‑51 (MQ=255) tttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGAc > 1:3724802/1‑51 (MQ=255) tttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGAc > 1:6760834/1‑51 (MQ=255) tttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGAc < 1:2551673/51‑1 (MQ=255) ttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGAcc > 1:5320515/1‑51 (MQ=255) ttttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGAcc > 1:3715644/1‑51 (MQ=255) tttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCt > 1:4176091/1‑51 (MQ=255) tttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCt < 1:10410284/51‑1 (MQ=255) tttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCt > 1:5093522/1‑51 (MQ=255) tttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCt < 1:9125066/51‑1 (MQ=255) ttGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTg > 1:2821074/1‑51 (MQ=255) tGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGa > 1:1698208/1‑51 (MQ=255) tGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGa > 1:3826474/1‑51 (MQ=255) gCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGaa < 1:8340288/51‑1 (MQ=255) cGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAac < 1:2666158/51‑1 (MQ=255) cGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAac < 1:2152002/51‑1 (MQ=255) gAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAaca > 1:3534820/1‑51 (MQ=255) gAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAaca > 1:4214678/1‑51 (MQ=255) gAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAaca > 1:5080432/1‑51 (MQ=255) gAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAaca > 1:6260756/1‑51 (MQ=255) aGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAacac > 1:7609935/1‑51 (MQ=255) aGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAacac > 1:10593036/1‑51 (MQ=255) gCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAcc > 1:42685/1‑51 (MQ=255) gCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAcc > 1:7427327/1‑51 (MQ=255) cTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccg < 1:9889356/51‑1 (MQ=255) cTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccg > 1:1570500/1‑51 (MQ=255) cTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccg < 1:2348345/51‑1 (MQ=255) tggtggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgc < 1:8698582/51‑1 (MQ=255) ggtggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcc > 1:5471213/1‑51 (MQ=255) ggtggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcc > 1:6059845/1‑51 (MQ=255) ggtggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcc < 1:7278002/51‑1 (MQ=255) ggtggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcc > 1:1650294/1‑51 (MQ=255) gtggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgccc < 1:4060371/51‑1 (MQ=255) tggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcccg > 1:1089868/1‑51 (MQ=255) tggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcccg < 1:3795410/51‑1 (MQ=255) tggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcccg > 1:5582170/1‑51 (MQ=255) ggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcccgc > 1:811690/1‑51 (MQ=255) ggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcccgc > 1:9013280/1‑51 (MQ=255) ggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcccgc < 1:2950925/51‑1 (MQ=255) ggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcccgc > 1:4251212/1‑51 (MQ=255) ggCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACAccgcccgc > 1:5428792/1‑51 (MQ=255) gCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACcgcccgcc < 1:2355811/51‑1 (MQ=255) gCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACcgcccgcc > 1:1788237/1‑51 (MQ=255) cGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCt > 1:2821698/1‑51 (MQ=255) gATCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTg > 1:5552379/1‑51 (MQ=255) aTCTCCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTgc > 1:7361028/1‑51 (MQ=255) tctcCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTgcg > 1:3568378/1‑51 (MQ=255) tctcCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTgcg > 1:958434/1‑51 (MQ=255) ctcCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTgcgc > 1:2368094/1‑51 (MQ=255) tcCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGcc > 1:4839473/1‑51 (MQ=255) tcCTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGcc > 1:1806052/1‑51 (MQ=255) ccTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCt < 1:9718217/45‑1 (MQ=255) ccTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCt < 1:5612717/45‑1 (MQ=255) ccTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCt < 1:1239879/45‑1 (MQ=255) ccTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCt < 1:6598509/45‑1 (MQ=255) ccTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCt < 1:2585990/45‑1 (MQ=255) ccTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCt < 1:8462740/45‑1 (MQ=255) ccTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCt < 1:5255654/45‑1 (MQ=255) ccTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTg < 1:8782311/46‑1 (MQ=255) ccTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTg < 1:10156463/46‑1 (MQ=255) ccTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCg > 1:3165979/1‑51 (MQ=255) cTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGt > 1:10213929/1‑51 (MQ=255) cTGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGt > 1:4373893/1‑51 (MQ=255) tGCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGtt > 1:1232747/1‑51 (MQ=255) gCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTg > 1:5743267/1‑51 (MQ=255) gCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTg > 1:3538007/1‑51 (MQ=255) gCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTg > 1:9736431/1‑51 (MQ=255) gCATGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTg > 1:6949814/1‑51 (MQ=255) tGGTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGt < 1:7544771/49‑1 (MQ=255) ggTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACCCCGCCCGCCTGCGCCGTTGTcgc < 1:7208979/51‑1 (MQ=38) ggTGTGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTg < 1:4643188/47‑1 (MQ=255) gtgtGAGTCACGGTACTGCCCTGAACCCCGCCCGCCTGCGCCGTTGTcgcg < 1:1190204/51‑1 (MQ=38) gtgtGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTcgcg > 1:4190762/1‑51 (MQ=255) gtgtGAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTcgcg < 1:8828095/51‑1 (MQ=255) tgtgAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCgg > 1:8281435/1‑51 (MQ=255) tgtgAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCgg > 1:616336/1‑51 (MQ=255) tgAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCa < 1:5789767/51‑1 (MQ=255) tgAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCa > 1:1999288/1‑51 (MQ=255) tgAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCa > 1:4617926/1‑51 (MQ=255) tgAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCa > 1:6374855/1‑51 (MQ=255) gAGTCACGGTACTGACCTGAACCCCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCAt < 1:5468881/51‑1 (MQ=38) gAGTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCAt > 1:6557512/1‑51 (MQ=255) gTCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCAttt < 1:9340373/51‑1 (MQ=255) tCACGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCAtttt > 1:9226971/1‑51 (MQ=255) | GCCAATTTTTTGCGAGCTGGTGGCGATCTCCTGCATGGTGTGAGTCATGGTACTGACCTGAACACCGCCCGCCTGCGCCGTTGTCGCGGCATTTT > REL606/1948681‑1948775 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |