| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,916,109 | A→G | 100% | intergenic (+12/‑116) | yebK → / → pykA | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/pyruvate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,916,109 | 0 | A | G | 99.0% | 358.7 / ‑4.7 | 95 | intergenic (+12/‑116) | yebK/pykA | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/pyruvate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (42/52); total (43/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCACTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCAT > REL606/1916062‑1916156 | gATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGactgtcgctg > 1:1668581/1‑51 (MQ=255)gATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGactgtcgctg < 1:4138029/51‑1 (MQ=255) aTAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGactgtcgctgt > 1:3403427/1‑51 (MQ=255) aTAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGactgtcgctgt > 1:6237519/1‑51 (MQ=255) aTAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGactgtcgctgt < 1:6952239/51‑1 (MQ=255) tAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGactgtcgctgtc < 1:6773472/51‑1 (MQ=255) aaGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGactgtcgctgt < 1:3949991/49‑1 (MQ=255) aaGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTcc > 1:6569683/1‑51 (MQ=255) aGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCt > 1:9575563/1‑51 (MQ=255) aGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCt < 1:3716047/51‑1 (MQ=255) aGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCt < 1:3633398/51‑1 (MQ=255) aGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCt < 1:7561244/51‑1 (MQ=255) gCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCt > 1:9821735/1‑50 (MQ=255) gCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTa < 1:9673708/51‑1 (MQ=255) cAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTaa < 1:10324113/51‑1 (MQ=255) cAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTaa < 1:8581902/51‑1 (MQ=255) cAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTaa > 1:4610596/1‑51 (MQ=255) cAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTaa > 1:6706043/1‑51 (MQ=255) aGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAAt > 1:1184595/1‑51 (MQ=255) ttACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCt > 1:1093415/1‑51 (MQ=255) ttACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCt < 1:6449959/51‑1 (MQ=255) ttACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCt > 1:9656207/1‑51 (MQ=255) ttACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCACTGTCCTAATCt > 1:9272300/1‑51 (MQ=255) aCTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCGCTGTCCTAATCTta > 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(MQ=255) gtcgctgtcCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCAt > 1:1471898/1‑51 (MQ=255) | GATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCACTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCAT > REL606/1916062‑1916156 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |