| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,749,019 | G→A | 100% | pseudogene (326/858 nt) | ydiM → | putative transport protein (MFS family); b1690_1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,749,019 | 0 | G | A | 98.3% | 388.7 / ‑2.2 | 116 | pseudogene (326/858 nt) | ydiM | putative transport protein (MFS family); b1690_1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (52/62); total (53/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCATACA > REL606/1748971‑1749066 | gTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAAcc < 1:4347681/51‑1 (MQ=255)gTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAAcc < 1:704821/51‑1 (MQ=255) ttATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCa > 1:7275647/1‑51 (MQ=255) ttATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCa > 1:9524250/1‑51 (MQ=255) tataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAg < 1:3776603/51‑1 (MQ=255) ataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGt < 1:1147612/51‑1 (MQ=255) ataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGt < 1:6290018/51‑1 (MQ=255) taCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTg < 1:3216421/51‑1 (MQ=255) taCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTg > 1:6284219/1‑51 (MQ=255) taCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTg > 1:1833480/1‑51 (MQ=255) taCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTg < 1:3584368/51‑1 (MQ=255) taCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTg > 1:1285610/1‑51 (MQ=255) aCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTgg < 1:1369326/51‑1 (MQ=255) ccTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGc > 1:812689/1‑51 (MQ=255) ccTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGc < 1:6406672/51‑1 (MQ=255) ccTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGc > 1:4491293/1‑51 (MQ=255) ccTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGc < 1:3789847/51‑1 (MQ=255) ccTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGc > 1:9021992/1‑51 (MQ=255) cTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCt > 1:1908232/1‑51 (MQ=255) cTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCt < 1:7004175/51‑1 (MQ=255) cTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCt > 1:2023055/1‑51 (MQ=255) cTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCt > 1:3742042/1‑51 (MQ=255) cTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCt < 1:8834429/51‑1 (MQ=255) ttATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTg > 1:7451248/1‑51 (MQ=255) tataTGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGa > 1:5527342/1‑51 (MQ=255) tataTGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGa > 1:7293178/1‑51 (MQ=255) tataTGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGa < 1:10128098/51‑1 (MQ=255) atatGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGac < 1:4266109/51‑1 (MQ=255) atGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGacac < 1:3916941/51‑1 (MQ=255) atGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGacac > 1:6669843/1‑51 (MQ=255) tGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGAcaca < 1:5338683/51‑1 (MQ=255) tGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGAcaca < 1:4514857/51‑1 (MQ=255) tGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGAcaca > 1:7236771/1‑51 (MQ=255) tGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGAcaca < 1:8140405/51‑1 (MQ=255) ggCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAg < 1:7780342/51‑1 (MQ=255) gCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGt > 1:8787187/1‑51 (MQ=255) gCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGt > 1:10528056/1‑51 (MQ=255) gCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGt > 1:5901346/1‑51 (MQ=255) gCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGt < 1:8565510/51‑1 (MQ=255) cTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTa < 1:8679608/51‑1 (MQ=255) cTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTa < 1:6977026/51‑1 (MQ=255) cTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTa < 1:6333663/51‑1 (MQ=255) cTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTa < 1:2220585/51‑1 (MQ=255) tataTCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGACACAGTAc < 1:7623096/51‑1 (MQ=255) tataTCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTAc < 1:10394730/51‑1 (MQ=255) tataTCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTAc < 1:10378219/51‑1 (MQ=255) atatCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACg > 1:10478704/1‑51 (MQ=255) tatCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACgg < 1:8448335/51‑1 (MQ=255) tatCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACgg < 1:6373319/51‑1 (MQ=255) tatCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACgg > 1:4393955/1‑51 (MQ=255) atCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGa > 1:4573740/1‑51 (MQ=255) tctcAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGAc < 1:9111184/51‑1 (MQ=255) tctcAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGAc < 1:6328372/51‑1 (MQ=255) ctcAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACa < 1:2863476/51‑1 (MQ=255) tcAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACaa > 1:3288561/1‑51 (MQ=255) tcAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACaa < 1:9731346/51‑1 (MQ=255) tcAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACaa > 1:363101/1‑51 (MQ=255) tcAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACaa < 1:1069578/51‑1 (MQ=255) cAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAAt > 1:8076414/1‑51 (MQ=255) cAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAAt < 1:3200253/51‑1 (MQ=255) cAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAAt > 1:3226591/1‑51 (MQ=255) aaTGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAAtt > 1:220008/1‑51 (MQ=255) aaTGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAAtt > 1:3973805/1‑51 (MQ=255) aaTGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAAtt > 1:2176380/1‑51 (MQ=255) aaTAGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAAtt > 1:6134952/1‑51 (MQ=255) aTGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAAttt < 1:2324172/51‑1 (MQ=255) aTGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAAttt > 1:2010453/1‑51 (MQ=255) aTGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAAttt < 1:3823438/51‑1 (MQ=255) aTGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAAttt < 1:8327174/51‑1 (MQ=255) aTGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAAttt > 1:10375835/1‑51 (MQ=255) tGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATttg > 1:8398837/1‑51 (MQ=255) tGGCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATttg > 1:1628161/1‑51 (MQ=255) ggCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATttgt > 1:8601330/1‑51 (MQ=255) ggCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATttgt < 1:7153994/51‑1 (MQ=255) ggCAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATttgt < 1:4115187/51‑1 (MQ=255) cAACGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATttgtt > 1:6024946/1‑50 (MQ=255) aaCGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGc > 1:8113811/1‑51 (MQ=255) aCGTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCa < 1:3657612/51‑1 (MQ=255) gTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAgg > 1:10866982/1‑51 (MQ=255) gTTTTATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAgg > 1:3835007/1‑51 (MQ=255) ttttATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGc > 1:3096498/1‑51 (MQ=255) ttttATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGc < 1:10845776/51‑1 (MQ=255) ttttATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGc > 1:1522593/1‑51 (MQ=255) ttttATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGc < 1:7325084/51‑1 (MQ=255) ttttATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGc < 1:9571636/51‑1 (MQ=255) tttATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCa > 1:3964552/1‑51 (MQ=255) ttATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCAt < 1:1116455/51‑1 (MQ=255) ttATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCAt < 1:7746266/51‑1 (MQ=255) tATCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATg < 1:3095650/51‑1 (MQ=255) aTCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGt < 1:90928/51‑1 (MQ=255) aTCTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGt > 1:8683232/1‑51 (MQ=255) cTGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCa < 1:5569037/51‑1 (MQ=255) tGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCAt > 1:824346/1‑51 (MQ=255) tGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCAt < 1:6618422/51‑1 (MQ=255) tGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCAt > 1:8116519/1‑51 (MQ=255) tGGTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCAt < 1:6199037/51‑1 (MQ=255) ggTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCATa > 1:8670358/1‑51 (MQ=255) ggTTAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCATa < 1:9805282/51‑1 (MQ=255) ttAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCATaca > 1:1114105/1‑51 (MQ=255) ttAACCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCATaca < 1:1445174/51‑1 (MQ=255) | GTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGACACAGTACGGACAATTTGTTGCAGGCATGTCATACA > REL606/1748971‑1749066 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |