| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 433,668 | C→T | 100% | R55C (CGT→TGT) | hupB → | HU, DNA‑binding transcriptional regulator, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 433,668 | 0 | C | T | 100.0% | 283.5 / NA | 83 | R55C (CGT→TGT) | hupB | HU, DNA‑binding transcriptional regulator, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (47/36); total (47/36) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GGGGATGATGTAGCACTGGTAGGTTTTGGTACTTTTGCCGTTAAAGAGCGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGACCGGTAAAGAGATCAC > REL606/433620‑433714 | ggggATGATGTAGCACTGGTAGGTTTTGGTACTTTTGCCGTTAAAGAgtgt < 1:2240439/51‑1 (MQ=255)ggggATGATGTAGCACTGGTAGGTTTTGGTACTTTTGCCGTTAAAGAgtgt < 1:7473450/51‑1 (MQ=255) gggATGATGTAGCACTGGTAGGTTTTGGTACTTTTGCCGTTAAAGAGtgtg > 1:7085997/1‑51 (MQ=255) ggATGATGTAGCACTGGTAGGTTTTGGTACTTTTGCCGTTAAAGAGTGtgc < 1:9743536/51‑1 (MQ=255) ggATGATGTAGCACTGGTAGGTTTTGGTACTTTTGCCGTTAAAGAGTGtgc > 1:10113937/1‑51 (MQ=255) ggATGATGTAGCACTGGTAGGTTTTGGTACTTTTGCCGTTAAAGAGTGtgc < 1:1357150/51‑1 (MQ=255) atgatgTAGCACTGGTAGGTTTTGGTACTTTTGCCGTTAAAGAGTGtgct < 1:1174076/50‑1 (MQ=255) tgatgTAGCACTGGTAGGTTTTGGTACTTTTGCCGTTAAAGAGTGtgctgc > 1:6363718/1‑51 (MQ=255) tgatgTAGCACTGGTAGGTTTTGGTACTTTTGCCGTTAAAGAGTGtgctgc > 1:1947379/1‑51 (MQ=255) tgatgTAGCACTGGTAGGTTTTGGTACTTTTGCCGTTAAAGAGTGtgctgc > 1:6695412/1‑51 (MQ=255) gatgTAGCACTGGTAGGTTTTGGTACTTTTGCCGTTAAAGAGTGTGCTGcc > 1:3354298/1‑51 (MQ=255) 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(MQ=255) tttGGTACTTTTGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCg > 1:3386107/1‑51 (MQ=255) ttGGTACTTTTGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGc > 1:2098535/1‑51 (MQ=255) tGGTACTTTTGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCa < 1:6829674/51‑1 (MQ=255) tGGTACTTTTGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCa < 1:9326454/51‑1 (MQ=255) gTACTTTTGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGa > 1:6354949/1‑51 (MQ=255) tACTTTTGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGAc < 1:1885912/51‑1 (MQ=255) tACTTTTGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGAc > 1:10064354/1‑51 (MQ=255) aCTTTTGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGAcc < 1:140024/51‑1 (MQ=255) aCTTTTGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGAcc > 1:8783907/1‑51 (MQ=255) aCTTTTGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGAcc < 1:10851329/51‑1 (MQ=255) cTTTTGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGAcc < 1:7193907/50‑1 (MQ=255) ttttGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGACCgg > 1:10474999/1‑51 (MQ=255) ttttGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGACCgg > 1:7925532/1‑51 (MQ=255) ttttGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGACCgg > 1:2255600/1‑51 (MQ=255) ttttGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGACCgg > 1:4723916/1‑51 (MQ=255) ttttGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGACCgg > 1:7453678/1‑51 (MQ=255) tttGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGAcc > 1:10819996/1‑48 (MQ=255) tttGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGACCGGt > 1:3710637/1‑51 (MQ=255) ttGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGACCGGTa < 1:4059886/51‑1 (MQ=255) ttGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGACCGGTa < 1:6920751/51‑1 (MQ=255) ttGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGACCGGTa > 1:6463545/1‑51 (MQ=255) tGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGACCGGTaa < 1:1138980/51‑1 (MQ=255) tGCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGACCGGTaa > 1:3767191/1‑51 (MQ=255) gCCGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGACCGGTaaa > 1:2957922/1‑51 (MQ=255) ccGTTAAAGAGTGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGACCGGTAAag > 1:6119421/1‑51 (MQ=255) 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GGGGATGATGTAGCACTGGTAGGTTTTGGTACTTTTGCCGTTAAAGAGCGTGCTGCCCGTACTGGCCGCAACCCGCAGACCGGTAAAGAGATCAC > REL606/433620‑433714 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |