Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 2,450 | G→T | 100% | L705L (CTG→CTT) | thrA → | bifunctional aspartokinase I/homeserine dehydrogenase I |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 2,450 | 0 | G | T | 100.0% | 382.3 / NA | 108 | L705L (CTG→CTT) | thrA | bifunctional aspartokinase I/homeserine dehydrogenase I |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (56/52); total (56/52) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
AACGGGACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTGCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTATGGCGAA > REL606/2402‑2497 | aaCGGGACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTcc > 1:6836175/1‑51 (MQ=255) aaCGGGACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTcc < 1:2598640/51‑1 (MQ=255) aaCGGGACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTcc > 1:5168081/1‑51 (MQ=255) aaCGGGACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTcc > 1:10890291/1‑51 (MQ=255) aCGGGACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTccc < 1:10735608/51‑1 (MQ=255) aCGGGACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTccc < 1:2446278/51‑1 (MQ=255) aCGGGACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTccc > 1:7885124/1‑51 (MQ=255) aCGGGACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTccc < 1:860814/51‑1 (MQ=255) gggACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGc > 1:6725419/1‑51 (MQ=255) gggACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGc > 1:3868053/1‑51 (MQ=255) gggACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGc > 1:6928036/1‑51 (MQ=255) ggACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGc < 1:8841625/50‑1 (MQ=255) gACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTCAACCTGTGCTTCCCGCag > 1:9196826/1‑51 (MQ=38) aCGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCaga < 1:3237737/51‑1 (MQ=255) aCGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCaga < 1:9260042/51‑1 (MQ=255) aCGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCaga < 1:2534549/51‑1 (MQ=255) cGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCagag < 1:9130179/51‑1 (MQ=255) cGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCagag > 1:2473504/1‑51 (MQ=255) gTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGt > 1:754369/1‑51 (MQ=255) gTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGt > 1:6009445/1‑51 (MQ=255) gTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGt > 1:3827445/1‑51 (MQ=255) tGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGtt < 1:3545906/51‑1 (MQ=255) tGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGtt > 1:2203441/1‑51 (MQ=255) tGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGtt > 1:4054544/1‑51 (MQ=255) tGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGtt < 1:4961986/51‑1 (MQ=255) gAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGttt > 1:749416/1‑51 (MQ=255) gAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGttt < 1:5573831/51‑1 (MQ=255) gAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGttt < 1:975145/51‑1 (MQ=255) gAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGttt < 1:4987434/51‑1 (MQ=255) aCTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTaa < 1:7195997/51‑1 (MQ=255) aCTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTaa > 1:4586177/1‑51 (MQ=255) cTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAAc > 1:2284298/1‑51 (MQ=255) tGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACg > 1:6820977/1‑51 (MQ=255) tGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACg > 1:9067412/1‑51 (MQ=255) tGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACg > 1:4504891/1‑51 (MQ=255) tGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACg > 1:2408663/1‑51 (MQ=255) ggAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGc > 1:1614204/1‑51 (MQ=255) gAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCt < 1:7466348/51‑1 (MQ=255) gAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCt > 1:5416920/1‑51 (MQ=255) aGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTg < 1:9850543/51‑1 (MQ=255) gCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGa > 1:8962892/1‑51 (MQ=255) gCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGa < 1:7471320/51‑1 (MQ=255) cTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAg > 1:7962480/1‑51 (MQ=255) cTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAg > 1:5579819/1‑51 (MQ=255) cTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAg < 1:8690948/51‑1 (MQ=255) tGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAgg < 1:8925980/51‑1 (MQ=255) ggCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAggg > 1:2814277/1‑51 (MQ=255) ggCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAggg > 1:10497224/1‑51 (MQ=255) gCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGt < 1:3657594/51‑1 (MQ=255) gCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGt < 1:1458823/51‑1 (MQ=255) gCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGt < 1:7095378/51‑1 (MQ=255) gATATTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCt < 1:5347316/42‑1 (MQ=255) atatTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATg < 1:5879522/51‑1 (MQ=255) atatTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATg > 1:4412443/1‑51 (MQ=255) atatTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATg > 1:1838233/1‑51 (MQ=255) atatTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATg > 1:663413/1‑51 (MQ=255) atatTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATg > 1:5781102/1‑51 (MQ=255) tatTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGt < 1:3792883/51‑1 (MQ=255) tatTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGt < 1:10432228/51‑1 (MQ=255) tatTGAAATTGAACCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACACTGAGGGTGATGt < 1:8278295/51‑1 (MQ=255) ttgaaattgaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTg < 1:8290467/51‑1 (MQ=255) tgaaattgaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGc > 1:6440797/1‑51 (MQ=255) tgaaattgaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGc < 1:2685666/51‑1 (MQ=255) tgaaattgaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGc > 1:5118647/1‑51 (MQ=255) tgaaattgaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGc > 1:6180478/1‑51 (MQ=255) tgaaattgaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGc > 1:10182020/1‑51 (MQ=255) tgaaattgaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGc < 1:1935968/51‑1 (MQ=255) gaaattgaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGcc < 1:2916990/51‑1 (MQ=255) aaattgaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTTAGGGTGATGTTGCCg > 1:2059101/1‑51 (MQ=255) aaattgaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCg > 1:5960734/1‑51 (MQ=255) aaattgaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCg < 1:7741894/51‑1 (MQ=255) aattgaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGc < 1:9799557/51‑1 (MQ=255) attgaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCt > 1:1179612/1‑51 (MQ=255) ttgaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCtt > 1:624030/1‑51 (MQ=255) ttgaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCtt < 1:2214484/51‑1 (MQ=255) tgaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCttt < 1:6365423/51‑1 (MQ=255) tgaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCttt < 1:3982730/51‑1 (MQ=255) tgaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCttt > 1:4670319/1‑51 (MQ=255) gaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCtttt < 1:6396651/51‑1 (MQ=255) gaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCtttt < 1:10854768/51‑1 (MQ=255) gaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCtttt < 1:9084138/51‑1 (MQ=255) gaaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCtttt > 1:5867204/1‑51 (MQ=255) aaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTa > 1:9882730/1‑51 (MQ=255) aaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTa < 1:9069274/51‑1 (MQ=255) aaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTa < 1:708607/51‑1 (MQ=255) aaCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTa < 1:5931168/51‑1 (MQ=255) aCCTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTAt > 1:2502188/1‑51 (MQ=255) ccTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTATg < 1:9394558/51‑1 (MQ=255) cTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTATgg > 1:8914136/1‑51 (MQ=255) cTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTATgg > 1:772045/1‑51 (MQ=255) cTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTATgg > 1:3498679/1‑51 (MQ=255) cTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTATgg > 1:5581788/1‑51 (MQ=255) cTGTGCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTATgg < 1:2031879/51‑1 (MQ=255) tgtgCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTATGGc > 1:5892876/1‑51 (MQ=255) tgtgCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTATGGc > 1:8726085/1‑51 (MQ=255) tgtgCTTCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTATGGc > 1:10347689/1‑51 (MQ=255) tgcttcCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTATGGCGa > 1:411193/1‑51 (MQ=255) tgcttcCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTATGGCGa > 1:7771379/1‑51 (MQ=255) gcttcCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTATGGCGaa < 1:9504694/51‑1 (MQ=255) gcttcCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTATGGCGaa < 1:2601280/51‑1 (MQ=255) | AACGGGACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTGCCCGCAGAGTTTAACGCTGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTATGGCGAA > REL606/2402‑2497 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |