Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
MC JC | REL606 | 2,034,358 | Δ19,491 bp | 100% | [insB‑14]–[wcaJ] | 20 genes [insB‑14], insA‑14, wbbD, wbbC, wzy, wbbB, wbbA, vioB, vioA, wzx, rmlC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, [wcaJ] |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | REL606 | 2034358–2035096 | 2053848 | 18753–19491 | 101 [0] | [1] 98 | [insB‑14]–[wcaJ] | [insB‑14],insA‑14,wbbD,wbbC,wzy,wbbB,wbbA,vioB,vioA,wzx,rmlC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,[wcaJ] |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 2034357 | 0 (0.000) | 77 (0.810) | 45/80 | NT | 99.4% | noncoding (737/768 nt) | IS1 | repeat region |
? | REL606 | 2053849 = | 1 (0.010) | coding (823/1395 nt) | wcaJ | predicted UDP‑glucose lipid carrier transferase |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AGAAGTCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAG > REL606/2034307‑2034407 | agaagTCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTa > 1:1580161/1‑51 (MQ=255) agaagTCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTa > 1:7101380/1‑51 (MQ=255) agaagTCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTa < 1:4812664/51‑1 (MQ=255) agaagTCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTa < 1:10353051/51‑1 (MQ=255) gaagTCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTa < 1:6366103/50‑1 (MQ=255) gAAGTCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAg < 1:1965365‑M1/51‑2 (MQ=255) gAAGTCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAg < 1:5981553‑M1/51‑2 (MQ=255) aGTCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtt > 1:6562462‑M1/1‑48 (MQ=255) aGTCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtt > 1:1851266‑M1/1‑48 (MQ=255) aGTCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtt > 1:10100600‑M1/1‑48 (MQ=255) aGTCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtt > 1:1098574‑M1/1‑48 (MQ=255) gTCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgttt < 1:1358579‑M1/51‑5 (MQ=255) tCTAACAAATATCCGGTAATGGCTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttg < 1:5100395‑M1/51‑6 (MQ=255) tCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttg < 1:8087113‑M1/51‑6 (MQ=255) tCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttg < 1:1109620‑M1/51‑6 (MQ=255) tCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttg < 1:10214591‑M1/51‑6 (MQ=255) tCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttg < 1:2796552‑M1/51‑6 (MQ=255) tCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttg > 1:1997273‑M1/1‑46 (MQ=255) cTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttga < 1:10941204‑M1/51‑7 (MQ=255) cTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttga < 1:9338150‑M1/51‑7 (MQ=255) cTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttga < 1:8434014‑M1/51‑7 (MQ=255) cTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttga > 1:10929170‑M1/1‑45 (MQ=255) tAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgag > 1:5862817‑M1/1‑44 (MQ=255) 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aaTATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggc < 1:10639903‑M1/51‑13 (MQ=255) aaTATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggc < 1:6493317‑M1/51‑13 (MQ=255) aaTATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggc < 1:3634878‑M1/51‑13 (MQ=255) atatCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcg < 1:10731965‑M1/51‑14 (MQ=255) tatCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcgg < 1:5748839‑M1/51‑15 (MQ=255) atCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggt > 1:9876031‑M1/1‑36 (MQ=255) atCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggt < 1:151241‑M1/51‑16 (MQ=255) atCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggt < 1:5149768‑M1/51‑16 (MQ=255) atCCGATAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggt > 1:950745‑M1/1‑36 (MQ=255) tCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggtt > 1:360576‑M1/1‑35 (MQ=255) tCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggtt < 1:8060601‑M1/51‑17 (MQ=255) ccGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggtta > 1:4834784‑M1/1‑34 (MQ=255) cGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaa < 1:3510288‑M1/51‑19 (MQ=255) cGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaa < 1:3261418‑M1/51‑19 (MQ=255) gTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaacc < 1:5396708‑M1/51‑21 (MQ=255) aaTGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaacccc > 1:10306217‑M1/1‑29 (MQ=255) aaTGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaacccc < 1:6497735‑M1/51‑23 (MQ=255) aTGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccg < 1:7307971‑M1/51‑24 (MQ=255) aTGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccg < 1:10901710‑M1/51‑24 (MQ=255) tGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccgg > 1:9514222‑M1/1‑27 (MQ=255) tGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccc > 1:10526561‑M1/1‑27 (MQ=255) gACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccgga > 1:3903622‑M1/1‑26 (MQ=255) gACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccgga > 1:9226785‑M1/1‑26 (MQ=255) gACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccgga < 1:8653864‑M1/51‑26 (MQ=255) aCTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaa < 1:9977049‑M1/51‑27 (MQ=255) cTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaa < 1:4539638‑M1/51‑28 (MQ=255) cTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaa < 1:10484224‑M1/51‑28 (MQ=255) cTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaa < 1:5211102‑M1/51‑28 (MQ=255) cTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaa < 1:5976097‑M1/51‑28 (MQ=255) cTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaa < 1:112930‑M1/51‑28 (MQ=255) ccAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagc < 1:6593323‑M1/51‑30 (MQ=255) cAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcg < 1:1218219‑M1/51‑31 (MQ=255) cAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcg < 1:9191289‑M1/51‑31 (MQ=255) cAACTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcg > 1:8498012‑M1/1‑21 (MQ=255) aaCTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcgg > 1:7868760‑M1/1‑20 (MQ=255) aaCTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcgg < 1:291932‑M1/51‑32 (MQ=255) aCTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggc < 1:2768062‑M1/51‑33 (MQ=255) aCTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggc < 1:3081625‑M1/51‑33 (MQ=255) cTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcg > 1:5006328‑M1/1‑18 (MQ=255) cTTATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaa > 1:1277329‑M1/1‑18 (MQ=255) ttATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgt > 1:6562101‑M1/1‑17 (MQ=255) ttATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgt > 1:7313135‑M1/1‑17 (MQ=255) ttATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgt > 1:8879832‑M1/1‑17 (MQ=255) tATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtg > 1:6500226‑M1/1‑16 (MQ=255) tATTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtg > 1:140396‑M1/1‑16 (MQ=255) aTTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgt > 1:7215888‑M1/1‑15 (MQ=255) aTTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgt < 1:1542110‑M1/51‑37 (MQ=255) aTTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgt > 1:820640‑M1/1‑15 (MQ=255) aTTGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagc < 1:4803033‑M1/44‑30 (MQ=255) tGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgtca > 1:9747651‑M1/1‑13 (MQ=255) tGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgtca > 1:1131321‑M1/1‑13 (MQ=255) tGATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgtca > 1:5298369‑M1/1‑13 (MQ=255) gATAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgtcat < 1:5981692‑M1/51‑40 (MQ=255) aTAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgtcata < 1:2786583‑M1/51‑41 (MQ=255) tAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgtcatac > 1:4358551‑M1/1‑10 (MQ=255) tAGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgtcatac < 1:7692586‑M1/51‑42 (MQ=255) aGTGTTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgtcataca < 1:6518118‑M1/51‑43 (MQ=255) tgtTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgtcatacagc < 1:7957233‑M1/51‑45 (MQ=255) gtTTTAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgtcatacagcg < 1:2913619‑M1/51‑46 (MQ=255) ttttAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgtcatacagcgg > 1:7055920‑M1/1‑5 (MQ=255) ttttAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgtcatacagcgg > 1:8275795‑M1/1‑5 (MQ=255) ttttAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgtcatacagcgg < 1:1777341‑M1/51‑47 (MQ=255) ttAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgtcatacagcggca < 1:4272671‑M1/51‑49 (MQ=255) tAgtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgtcatacagcggcac < 1:8566090‑M1/51‑50 (MQ=255) agtttgagcaggcggttaaccccggaaagcggcgtgtcatacagcggcacc < 1:4194076‑M1/51‑51 (MQ=255) | AGAAGTCTAACAAATATCCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAG > REL606/2034307‑2034407 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |