Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
JC JC REL606 2,522,900 IS150 (–) +3 bp 100% coding (255‑257/2019 nt) hyfB → NADH dehydrogenase subunit N

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 2522900 =0 (0.000)85 (0.900) 49/80 NT 100% coding (255/2019 nt) hyfB NADH dehydrogenase subunit N
?REL606 3651091 = NA (NA)noncoding (1/1443 nt) IS150 repeat region
* ? REL606 = 25229020 (0.000)120 (1.260) 60/80 NT 100% coding (257/2019 nt) hyfB NADH dehydrogenase subunit N
?REL606 = 3894996 NA (NA)noncoding (1443/1443 nt) IS150 repeat region

Only 100 of 256 total aligned reads displayed.

ATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATA  >  REL606/2522852‑2522952
                                                  |                                                  
tattaggggctattccatttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCt                                                    >  1:6062769‑M1/49‑51 (MQ=255)
tattaggggctattccatttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCt                                                    <  1:9254446‑M1/3‑1 (MQ=255)
aTTTTCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCt                                                    >  1:5349120/1‑51 (MQ=255)
aTTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCt                                                    >  1:2932253/1‑51 (MQ=255)
 tttGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTt                                                   >  1:336755‑M1/1‑50 (MQ=255)
 attaggggctattccatttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTg                                                   <  1:4463337‑M1/4‑1 (MQ=255)
 attaggggctattccatttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTg                                                   <  1:2256418‑M1/4‑1 (MQ=255)
 attaggggctattccatttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTg                                                   >  1:3074578‑M1/48‑51 (MQ=255)
 attaggggctattccatttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTg                                                   >  1:6669029‑M1/48‑51 (MQ=255)
  ttaggggctattccatttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTgg                                                  <  1:993798‑M1/5‑1 (MQ=255)
  ttGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtg                                                  >  1:2068679‑M1/1‑49 (MQ=255)
   tGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgt                                                 >  1:4353507‑M1/1‑48 (MQ=255)
    gCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgta                                                <  1:2744307‑M1/51‑5 (MQ=255)
    aggggctattccatttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTGGtt                                                <  1:3271450‑M1/7‑1 (MQ=255)
     ggggctattccatttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTa                                               <  1:1672291‑M1/8‑1 (MQ=255)
     ccGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtac                                               >  1:3322566‑M1/1‑46 (MQ=255)
      gggctattccatttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTAt                                              >  1:7383156‑M1/43‑51 (MQ=255)
       gATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactg                                             >  1:2007470‑M1/1‑44 (MQ=255)
       gATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactg                                             >  1:1840938‑M1/1‑44 (MQ=255)
       gATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactg                                             <  1:1577401‑M1/51‑8 (MQ=255)
       gATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactg                                             >  1:6791921‑M1/1‑44 (MQ=255)
       gATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactg                                             >  1:3505367‑M1/1‑44 (MQ=255)
        aTTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactga                                            <  1:9287533‑M1/51‑9 (MQ=255)
         ctattccatttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTAtctc                                           >  1:5463526‑M1/40‑51 (MQ=255)
          ttAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgacc                                          >  1:8884857‑M1/1‑41 (MQ=255)
          ttAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgacc                                          >  1:3156584‑M1/1‑41 (MQ=255)
          ttAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgacc                                          >  1:9575094‑M1/1‑41 (MQ=255)
          tattccatttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTATCTcc                                          <  1:1446890‑M1/13‑1 (MQ=255)
           attccatttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCt                                         >  1:830634‑M1/38‑51 (MQ=255)
           attccatttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCt                                         >  1:4936637‑M1/38‑51 (MQ=255)
             tccatttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTg                                       >  1:4047266‑M1/36‑51 (MQ=255)
             tccatttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTg                                       >  1:8947019‑M1/36‑51 (MQ=255)
             aCCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgacccca                                       >  1:5390249‑M1/1‑38 (MQ=255)
             aCCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgacccca                                       <  1:10763569‑M1/51‑14 (MQ=255)
              cccTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaa                                      <  1:1599044‑M1/51‑15 (MQ=255)
               ccTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaa                                     >  1:758297‑M1/1‑36 (MQ=255)
                cTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaa                                    <  1:4685557‑M1/51‑17 (MQ=255)
                cTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaa                                    <  1:2556088‑M1/51‑17 (MQ=255)
                cTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaa                                    <  1:10386342‑M1/51‑17 (MQ=255)
                atttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTGCtg                                    <  1:6996901‑M1/19‑1 (MQ=255)
                 tttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTGCtgg                                   <  1:1150019‑M1/20‑1 (MQ=255)
                  ttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTGCtggt                                  <  1:7697642‑M1/21‑1 (MQ=255)
                  gCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaag                                  <  1:6516389‑M1/51‑19 (MQ=255)
                     atcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTGCtggtggt                               >  1:9818223‑M1/28‑51 (MQ=255)
                     aaTGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttg                               >  1:6166157‑M1/1‑30 (MQ=255)
                      tcgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTGCtggtggtg                              >  1:10005328‑M1/27‑51 (MQ=255)
                      aTGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttgg                              <  1:2613708‑M1/51‑23 (MQ=255)
                      aTGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttgg                              >  1:9708507‑M1/1‑29 (MQ=255)
                       tGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttgga                             >  1:3498038‑M1/1‑28 (MQ=255)
                       tGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttgga                             >  1:5042635‑M1/1‑28 (MQ=255)
                       cgtccaacaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTGCtggtggtgg                             >  1:2336642‑M1/26‑51 (MQ=255)
                        ggATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggac                            >  1:8494976‑M1/1‑27 (MQ=255)
                         tccaacaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGtt                           >  1:2702995‑M1/24‑51 (MQ=255)
                         gATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggaca                           >  1:5883552‑M1/1‑26 (MQ=255)
                           tAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagt                         >  1:3052690‑M1/1‑24 (MQ=255)
                           caacaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTg                         >  1:5129848‑M1/22‑51 (MQ=255)
                           caacaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTg                         <  1:10356742‑M1/30‑1 (MQ=255)
                            aacaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGt                        <  1:480639‑M1/31‑1 (MQ=255)
                            aGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagtt                        <  1:4254707‑M1/51‑29 (MQ=255)
                             acaaaatgggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGtt                       >  1:8663103‑M1/20‑51 (MQ=255)
                               aaaatgggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtct                     >  1:152387‑M1/18‑51 (MQ=255)
                                tctcGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaac                    <  1:1247033‑M1/51‑33 (MQ=255)
                                tctcGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaac                    <  1:9372432‑M1/51‑33 (MQ=255)
                                 ctcGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaaca                   <  1:8546566‑M1/51‑34 (MQ=255)
                                 ctcGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaaca                   >  1:6854587‑M1/1‑18 (MQ=255)
                                  tcGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacac                  <  1:5805926‑M1/51‑35 (MQ=255)
                                   tgggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTctctct                 >  1:7984731‑M1/14‑51 (MQ=255)
                                   cGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacg                 <  1:3015353‑M1/51‑36 (MQ=255)
                                   cGGCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacg                 <  1:6113356‑M1/51‑36 (MQ=255)
                                    gggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTa                <  1:3885813‑M1/39‑1 (MQ=255)
                                    ggCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacga                <  1:4199362‑M1/51‑37 (MQ=255)
                                     ggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTAt               >  1:876310‑M1/12‑51 (MQ=255)
                                     ggtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTAt               <  1:3933312‑M1/40‑1 (MQ=255)
                                     gCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgag               <  1:2475291‑M1/51‑38 (MQ=255)
                                     gCATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgag               >  1:4856030‑M1/1‑14 (MQ=255)
                                      gtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTAtt              <  1:9686631‑M1/41‑1 (MQ=255)
                                      gtgcagtacaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTAtt              >  1:10672293‑M1/11‑51 (MQ=255)
                                      cATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgagg              >  1:10573680‑M1/1‑13 (MQ=255)
                                      cATTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagtta                       >  1:9741240‑M1/1‑13 (MQ=255)
                                       aTTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggc             <  1:8143300‑M1/51‑40 (MQ=255)
                                       aTTTATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggc             >  1:6317446‑M1/1‑12 (MQ=255)
                                         ttATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcat           >  1:6627214‑M1/1‑10 (MQ=255)
                                         ttATGGTGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcat           >  1:1381775‑M1/1‑10 (MQ=255)
                                          agtacaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCAtt          <  1:401169‑M1/45‑1 (MQ=255)
                                          agtacaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCAtt          >  1:9013932‑M1/7‑51 (MQ=255)
                                          agtacaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCAtt          >  1:2899054‑M1/7‑51 (MQ=255)
                                           gtacaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTg         <  1:9204838‑M1/46‑1 (MQ=255)
                                           gtacaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCACTCTATTCATTg         <  1:4064113‑M1/46‑1 (MQ=255)
                                             acaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGAc       >  1:8117410‑M1/4‑51 (MQ=255)
                                             acaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGAc       >  1:5601810‑M1/4‑51 (MQ=255)
                                             acaGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGAc       >  1:4557536‑M1/4‑51 (MQ=255)
                                              caGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACt      >  1:6426168‑M1/3‑51 (MQ=255)
                                               tGCTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatatag       >  1:1887997‑M1/1‑4 (MQ=255)
                                               aGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACtt     <  1:1490995‑M1/50‑1 (MQ=255)
                                               aGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACtt     >  1:3737583‑M1/2‑51 (MQ=255)
                                                gCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTta    >  1:3976146/1‑51 (MQ=255)
                                                gCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTta    <  1:8845078/51‑1 (MQ=255)
                                                 cTtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtct   <  1:10093054‑M1/51‑50 (MQ=255)
                                                  tGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTtata  <  1:8244415/51‑1 (MQ=255)
                                                  tGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTtata  <  1:7642091/51‑1 (MQ=255)
                                                  |                                                  
ATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATA  >  REL606/2522852‑2522952

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.