Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
MC JC | REL606 | 3,894,997 | Δ6,138 bp | 100% | IS150‑mediated | rbsD–[yieO] | rbsD, rbsA, rbsC, rbsB, rbsK, rbsR, [yieO] |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | REL606 | 3893584–3894993 | 3901134 | 6142–7551 | 56 [51] | [0] 227 | insJ‑5–[yieO] | insJ‑5,insK‑5,rbsD,rbsA,rbsC,rbsB,rbsK,rbsR,[yieO] |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 3894996 | NA (NA) | 133 (1.440) | 64/78 | NT | 100% | noncoding (1443/1443 nt) | IS150 | repeat region |
? | REL606 | 3901135 = | 0 (0.000) | coding (1285/1428 nt) | yieO | predicted multidrug or homocysteine efflux system |
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/3894946‑3894996 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAAACGCGAAGGACG > REL606/3901135‑3901184 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTGCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:436092/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCGGTACA < 1:8534424/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:10102506/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA > 1:10151755/1‑51 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:10210879/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:5808674/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:10406332/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:6234914/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:10692516/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:537090/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA > 1:6366442/1‑51 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:9661959/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:9394363/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA > 1:4747407/1‑51 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA > 1:1589419/1‑51 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:9035358/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA > 1:9025384/1‑51 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA > 1:8731700/1‑51 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:10078677/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:8207998/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA > 1:2395699/1‑51 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:7950711/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:2589314/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA > 1:6555207/1‑51 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA > 1:9777267/1‑51 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:2842290/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA > 1:2942612/1‑51 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:6580390/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:6160051/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:4187477/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:3286480/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA > 1:7797394/1‑51 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA > 1:7528878/1‑51 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA > 1:348154/1‑51 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:7459384/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA > 1:6878690/1‑51 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:3669976/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:7017774/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:6911145/51‑1 CAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAA > 1:7838007/1‑51 CAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAA > 1:7217240/1‑51 CAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAA < 1:3150197/51‑1 CAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAA > 1:3027738/1‑51 CAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAA < 1:10577919/51‑1 CAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAA < 1:7874152/51‑1 CAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAA > 1:4592836/1‑51 CAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAA < 1:6296859/51‑1 CAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAA > 1:6397055/1‑51 CAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAA > 1:5019385/1‑51 CAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAA > 1:10921117/1‑51 AGACCTATATGCCTCGTTTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA < 1:280284/49‑1 AGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAT > 1:5102758/1‑51 AGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAT > 1:9246762/1‑51 AGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAT < 1:10796898/51‑1 AGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAT < 1:10316881/51‑1 AGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAT > 1:3940426/1‑51 ACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTG < 1:5150747/51‑1 ACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTG < 1:7677286/51‑1 CCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGT < 1:8505249/51‑1 CCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGT > 1:4821262/1‑51 TATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTC > 1:2469116/1‑51 TATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTC > 1:8662527/1‑51 ATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCG < 1:445264/51‑1 ATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGAC > 1:1359648/1‑51 ATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGAC < 1:3768990/51‑1 TGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACA > 1:9165914/1‑51 TGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACA > 1:3997347/1‑51 CCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGT > 1:1634323/1‑51 CCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGT < 1:6772186/51‑1 CTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTC > 1:10032813/1‑51 CTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTC < 1:8964265/51‑1 GTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTT < 1:6697684/51‑1 GTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTT > 1:4117531/1‑51 GTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTT > 1:1510519/1‑51 GTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTT > 1:2167406/1‑51 GTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCG < 1:5924077/49‑1 TGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTTG < 1:5584793/51‑1 TGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTTG > 1:3589928/1‑51 GTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTTGT < 1:5190254/51‑1 GTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTTGT < 1:2720035/51‑1 TGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCC > 1:8900051/1‑51 TCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCATTCCAT < 1:7046487/51‑1 AACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCC > 1:856957/1‑51 AACTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCC < 1:6966147/51‑1 ACTTTTTGGGGTCTGTACAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCT > 1:2020045/1‑51 CTTTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTT < 1:1782991/51‑1 TTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCA < 1:6820270/51‑1 TTTTGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCA < 1:9091118/51‑1 TGGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAA < 1:1218835/51‑1 GGGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAAA < 1:3434831/51‑1 GGGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAAAC > 1:224536/1‑51 GGTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAAACG < 1:667689/51‑1 GTCAGTACAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAAACGC < 1:7164628/51‑1 CAGTACAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAAACGCGA > 1:355920/1‑51 CAGTACAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAAACGCGA < 1:3383007/51‑1 AGTACAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAAACGCGAA < 1:430518/51‑1 GTACAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAAACGCGAAG < 1:3240021/51‑1 ACAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAAACGCGAAGGA > 1:8293478/1‑51 CAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAAACGCGAAGGAC < 1:7325544/51‑1 CAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAAACGCGAAGGAC < 1:9467693/51‑1 TCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/3894946‑3894996 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAAACGCGAAGGACG > REL606/3901135‑3901184 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |