| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 4,558,775 | Δ1 bp | 100% | coding (663/1425 nt) | hsdS ← | specificity determinant for hsdM and hsdR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,558,775 | 0 | T | . | 100.0% | 594.8 / NA | 120 | coding (663/1425 nt) | hsdS | specificity determinant for hsdM and hsdR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (49/71); total (49/71) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
GTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAACTTTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCAGTTA > REL606/4558725‑4558821 | gTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAACt < 1:8477298/51‑1 (MQ=255)gTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAACt < 1:3477024/51‑1 (MQ=255)gTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCCAATTCAACt < 1:5047122/51‑1 (MQ=255) tttCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAACtt < 1:6780805/51‑1 (MQ=255) tttCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAACtt > 1:5146644/1‑51 (MQ=255) tttCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAACtt > 1:7124747/1‑51 (MQ=255) tttCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAACtt > 1:2516427/1‑51 (MQ=255) tttCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAACtt < 1:4337371/51‑1 (MQ=255) ttCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAACttt < 1:4249845/51‑1 (MQ=255) ttCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAACttt < 1:8188681/51‑1 (MQ=255) ttCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCAACttt < 1:2397079/51‑1 (MQ=255) 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aTCTAATTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTa < 1:9371445/51‑1 (MQ=255) aTCTAATTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTa > 1:3937107/1‑51 (MQ=255) aTCTAATTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTa < 1:3870254/51‑1 (MQ=255) tCTAATTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTAc < 1:948757/51‑1 (MQ=255) cTAATTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTAcc > 1:5873275/1‑51 (MQ=255) cTAATTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTAcc > 1:6369259/1‑51 (MQ=255) tAATTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCa < 1:3820842/51‑1 (MQ=255) tAATTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCa > 1:10191751/1‑51 (MQ=255) tAATTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCa > 1:10608516/1‑51 (MQ=255) tAATTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCa > 1:4643599/1‑51 (MQ=255) aaTTCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCAg < 1:10918905/51‑1 (MQ=255) ttCAAC‑TTTTTTATTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCAGtt > 1:5674559/1‑51 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |