Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | REL606 | 3,894,997 | Δ6,138 bp | IS150‑mediated | rbsD–[yieO] | rbsD, rbsA, rbsC, rbsB, rbsK, rbsR, [yieO] |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | REL606 | 3893587–3894993 | 3901134 | 6142–7548 | 33 [30] | [0] 152 | insJ‑5–[yieO] | insJ‑5,insK‑5,rbsD,rbsA,rbsC,rbsB,rbsK,rbsR,[yieO] |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 3894996 | NA (NA) | 148 (1.900) | 69/98 | 0.0 | 100% | noncoding (1443/1443 nt) | IS150 | repeat region |
? | REL606 | 3901135 = | 0 (0.000) | coding (1285/1428 nt) | yieO | predicted multidrug or homocysteine efflux system |
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
TGCTGCTGAAGCAACAGTAATAATGCCCATTGTGATAAACGTATAGTGGAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAAACGCGAAGGACGG > REL606/3901085‑3901185 | cagacctatatggctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaa < 1:4211686‑M2/1‑1 (MQ=255) cagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaa < 1:5298575‑M2/1‑1 (MQ=255) cagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaa < 1:2805253‑M2/1‑1 (MQ=255) cagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaa > 1:7217240‑M2/51‑51 (MQ=255) cagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaa < 1:4871862‑M2/1‑1 (MQ=255) cagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaa > 1:1523159‑M2/51‑51 (MQ=255) cagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaa > 1:5019385‑M2/51‑51 (MQ=255) cagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaa < 1:3150197‑M2/1‑1 (MQ=255) cagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaa > 1:1677948‑M2/51‑51 (MQ=255) cagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaa > 1:6976315‑M2/51‑51 (MQ=255) cagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaa < 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |