| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2093027 = | 0 (0.000) | 71 (0.890) | 49/100 | 0.4 | 100% | coding (1534/3078 nt) | yegO | multidrug efflux system, subunit C |
| ? | REL606 | 2774435 = | NA (NA) | noncoding (1443/1443 nt) | IS150 | repeat region | |||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AAGAAGAGACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCATATAGGT > REL606/2774385‑2774481 | aagaagAGACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGtt < 1:2405509/51‑1 (MQ=255)aagaagAGACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGtt > 1:6395412/1‑51 (MQ=255) aagaGACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTa < 1:2707023/51‑1 (MQ=255) aagaGACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTa < 1:4759074/51‑1 (MQ=255) agagACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTAc > 1:4786713/1‑51 (MQ=255) agagACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTAc > 1:3024962/1‑51 (MQ=255) agagACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTAc > 1:716142/1‑51 (MQ=255) agagACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTAc < 1:5334111/51‑1 (MQ=255) agagACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTAc < 1:6773118/51‑1 (MQ=255) agagACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTAc > 1:2337729/1‑51 (MQ=255) gagaCTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACt > 1:6660538/1‑51 (MQ=255) gagaCTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACt > 1:1983663/1‑51 (MQ=255) agaCTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTg < 1:5721692/51‑1 (MQ=255) agaCTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTg < 1:5460292/51‑1 (MQ=255) aCTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAc > 1:2576192/1‑51 (MQ=255) aCTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAc > 1:5542942/1‑51 (MQ=255) cTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAcc > 1:4127258/1‑51 (MQ=255) cTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAcc > 1:5520896/1‑51 (MQ=255) cTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAcc > 1:3895151/1‑51 (MQ=255) cTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAcc > 1:3940351/1‑51 (MQ=255) cTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAcc < 1:2363350/51‑1 (MQ=255) cTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAcc > 1:4400325/1‑51 (MQ=255) tAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAccc > 1:1323938/1‑51 (MQ=255) tAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAccc > 1:182884/1‑51 (MQ=255) aaCATTCGAATTGTTTGGGTTCGAATGTAAGCCTCAGGTTGTACTGAcccc < 1:3991629/51‑1 (MQ=255) aCATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCa > 1:5139153/1‑51 (MQ=255) aCATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCa < 1:5067138/51‑1 (MQ=255) aCATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCa > 1:5759426/1‑51 (MQ=255) aCATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGAACTGACCCCa > 1:4605027/1‑51 (MQ=255) cATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCaa < 1:1871332/51‑1 (MQ=255) cATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCaa > 1:2278890/1‑51 (MQ=255) cATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCaa < 1:154618/51‑1 (MQ=255) aTTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCaaa < 1:6029843/51‑1 (MQ=255) aTTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCaaa > 1:7095357/1‑51 (MQ=255) aTTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCaaa > 1:1858178/1‑51 (MQ=255) ttCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCaaaa < 1:3071956/51‑1 (MQ=255) tCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCaaaaa > 1:1487697/1‑51 (MQ=255) tCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCaaaaa < 1:2896167/51‑1 (MQ=255) tCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCaaaaa < 1:7072768/51‑1 (MQ=255) gAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGt < 1:3719133/51‑1 (MQ=255) aaTTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGtt < 1:2343085/51‑1 (MQ=255) aaTTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGtt < 1:3602388/51‑1 (MQ=255) aaTTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGtt > 1:5092299/1‑51 (MQ=255) aTTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTg < 1:5795131/51‑1 (MQ=255) aTTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTg > 1:3830453/1‑51 (MQ=255) aTTGTTTGGGTTCGAACGGAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTg < 1:4086730/51‑1 (MQ=255) ttGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTgg > 1:1208542/1‑51 (MQ=255) tGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGa > 1:5592552/1‑51 (MQ=255) tGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGa < 1:5975176/51‑1 (MQ=255) gTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGAc > 1:1929698/1‑51 (MQ=255) gTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGAc < 1:5906322/51‑1 (MQ=255) tttGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGAc > 1:1682963/1‑50 (MQ=255) tttGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACa > 1:6721510/1‑51 (MQ=255) tttGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACa < 1:3894673/51‑1 (MQ=255) tttGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACa > 1:677859/1‑51 (MQ=255) tttGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACa < 1:4034207/51‑1 (MQ=255) tttGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACa > 1:616195/1‑51 (MQ=255) ttGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCCAAAAGTTGGACAg < 1:4825652/51‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAg > 1:2324734/1‑51 (MQ=255) ttGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAg > 1:4262876/1‑51 (MQ=255) tGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAg > 1:190699/1‑50 (MQ=255) tGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGt > 1:645393/1‑51 (MQ=255) ggTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTa < 1:3859744/51‑1 (MQ=255) gTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTaa > 1:3629093/1‑51 (MQ=255) ttCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTaaa > 1:3607000/1‑51 (MQ=255) ttCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTaaa < 1:5518571/51‑1 (MQ=255) ttCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTaaa < 1:376371/51‑1 (MQ=255) ttCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTaaa > 1:5380915/1‑51 (MQ=255) tCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAac > 1:626252/1‑51 (MQ=255) tCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAac > 1:5348125/1‑51 (MQ=255) tCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAac < 1:4792728/51‑1 (MQ=255) tCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAac < 1:3893845/51‑1 (MQ=255) cGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAaca < 1:1258096/51‑1 (MQ=255) cGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAaca < 1:3285349/51‑1 (MQ=255) cGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAaca < 1:6273597/51‑1 (MQ=255) gAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAacac < 1:2660970/51‑1 (MQ=255) gAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAacac > 1:4180219/1‑51 (MQ=255) gAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAacac > 1:5557816/1‑51 (MQ=255) aaCGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTaa > 1:5270289/1‑46 (MQ=255) aaCGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACg < 1:3789880/51‑1 (MQ=255) aaCGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACg < 1:4110409/51‑1 (MQ=255) aCGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGa < 1:4313928/51‑1 (MQ=255) cGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAg < 1:5917008/51‑1 (MQ=255) cGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAg < 1:5802637/51‑1 (MQ=255) gTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAgg > 1:2939214/1‑51 (MQ=255) gTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAg < 1:7061678/50‑1 (MQ=255) aGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCat > 1:686151/1‑51 (MQ=255) gCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCata < 1:4629337/51‑1 (MQ=255) gCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCata < 1:2154404/51‑1 (MQ=255) ccTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCatat < 1:3098827/51‑1 (MQ=255) ccTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCatat < 1:1609909/51‑1 (MQ=255) cTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCAtata > 1:5394407/1‑51 (MQ=40) cTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCAtata > 1:3030606/1‑51 (MQ=40) cTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCAtata > 1:4302608/1‑51 (MQ=40) tCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCATATAg < 1:3413899/51‑1 (MQ=40) tCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCATATAg > 1:1511038/1‑51 (MQ=38) tCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCATATAg > 1:4359272/1‑51 (MQ=38) cAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCATATAgg < 1:5224296/51‑1 (MQ=35) cAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCATATAgg > 1:3803440/1‑51 (MQ=35) aGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCATATAGGt > 1:1615183/1‑51 (MQ=35) | AAGAAGAGACTAACATTCGAATTGTTTGGGTTCGAACGTAAGCCTCAGGTTGTACTGACCCCAAAAAGTTGGACAGTTAAACACGAGGCATATAGGT > REL606/2774385‑2774481 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |